数量生态学 R语言的应用PDF电子书下载
- 电子书积分:11 积分如何计算积分?
- 作 者:(加)博卡德等著;赖江山译
- 出 版 社:北京:高等教育出版社
- 出版年份:2014
- ISBN:9787040394726
- 页数:275 页
第1章 绪论 1
1.1 为什么需要数量生态学? 1
1.2 为什么用R? 2
1.3 本书的读者群和结构 2
1.4 如何使用本书 3
1.5 数据集 4
1.5.1 Doubs鱼类数据集 4
1.5.2 甲螨数据集 5
1.6 关于R帮助资源的提醒 6
1.7 现在是时候了 7
第2章 探索性数据分析 8
2.1 目标 8
2.2 数据探索 8
2.2.1 数据提取 8
2.2.2 物种数据:第一次接触 9
2.2.3 物种数据:进一步分析 10
2.2.4 物种数据转化 16
2.2.5 环境数据 22
2.3 小结 27
第3章 关联测度与矩阵 28
3.1 目标 28
3.2 关联测度的主要类别(简短概述) 28
3.2.1 Q模式和R模式 29
3.2.2 Q模式下对称或非对称的系数:双零问题 29
3.2.3 定性或定量数据的关联测度 30
3.2.4 概括 30
3.3 Q模式:计算对象之间的距离矩阵 30
3.3.1 Q模式:定量的物种数据 31
3.3.2 Q模式:二元(有-无)物种数据 33
3.3.3 Q模式:定量数据(除物种多度数据外的数据) 37
3.3.4 Q模式:二元数据(除物种有-无数据外的数据) 39
3.3.5 Q模式:混合类型、包括分类(定性多级)变量 40
3.4 R模式:计算变量之间的依赖矩阵 42
3.4.1 R模式:物种多度数据 42
3.4.2 R模式:物种有-无数据 43
3.4.3 R模式:定量和序数数据(除物种多度外的数据) 43
3.4.4 R模式:二元数据(除物种多度外的数据) 45
3.5 物种数据的预转化 45
3.6 小结 46
第4章 聚类分析 48
4.1 目标 48
4.2 聚类概述 48
4.3 基于连接的层次聚类 50
4.3.1 单连接聚合聚类 50
4.3.2 完全连接聚合聚类 52
4.4 平均聚合聚类 53
4.5 Ward最小方差聚类 55
4.6 灵活聚类 56
4.7 解读和比较层次聚类结果 56
4.7.1 引言 56
4.7.2 同表型相关 57
4.7.3 寻找可解读的聚类簇 60
4.8 非层次聚类 73
4.8.1 k-均值划分 74
4.8.2 围绕中心点划分(PAM) 76
4.9 用环境数据进行比较 80
4.9.1 用外部数据进行类型比较(方差分析途径) 80
4.9.2 双类型比较(列联表分析) 82
4.10 物种集合 83
4.10.1 组内数据简单统计 83
4.10.2 Kendall共性系数(W) 84
4.10.3 基于有-无数据的物种集合 87
4.10.4 IndVal:物种指示值 88
4.11 多元回归树:约束聚类 90
4.11.1 引言 90
4.11.2 计算(原理) 90
4.11.3 使用mvpart和MVPARTwrap程序包运行MRT 92
4.11.4 组合MRT和IndVal 96
4.11.5 作为时序型(chronological)聚类方法的MRT 97
4.12 另类途径:模糊聚类 99
4.12.1 使用cluster程序包内fanny()函数进行c-均值模糊聚类 99
4.13 小结 103
第5章 非约束排序 104
5.1 目标 104
5.2 排序概述 104
5.2.1 多维空间 104
5.2.2 降维空间内的排序 105
5.3 主成分分析(PCA) 106
5.3.1 概述 106
5.3.2 使用rda()函数对Doubs环境数据进行PCA分析 107
5.3.3 转化后的物种数据PCA分析 116
5.3.4 PCA应用领域 117
5.3.5 使用 PCA()函数进行PCA分析 118
5.4 对应分析(CA) 118
5.4.1 引言 118
5.4 2 使用vegan包里的cca()函数进行CA分析 119
5.4.3 使用CA()函数进行对应分析 123
5.4.4 弓形效应和去趋势对应分析(DCA) 124
5.4.5 多重对应分析(MCA) 125
5.5 主坐标分析(PCoA) 125
5.5.1 引言 125
5.5.2 利用cmdscale包和vegan包对Doubs数据进行PCoA分析 126
5.5.3 使用 pcoa()函数对Doubs数据进行PCoA分析 128
5.6 非度量多维尺度分析(NMDS) 130
5.6.1 引言 130
5.6.2 鱼类数据NMDS分析 131
5.7 手写排序函数 134
第6章 典范排序 137
6.1 目标 137
6.2 典范排序概述 137
6.3 冗余分析(RDA) 138
6.3.1 引言 138
6.3.2 Doubs数据集RDA分析 139
6.3.3 手写RDA函数 174
6.4 典范对应分析(CCA) 177
6.4.1 引言 177
6.4.2 Doubs数据集CCA分析 178
6.5 线性判别式分析(LDA) 185
6.5.1 引言 185
6.5.2 使用lda()函数进行判别式分析 185
6.6 其他非对称分析 188
6.7 两个(或多个)数据集的对称分析 188
6.8 典范相关分析(CCorA) 189
6.8.1 引言 189
6.8.2 使用CCorA函数进行典范相关分析 189
6.9 协惯量分析(CoIA) 191
6.9.1 引言 191
6.9.2 使用ade4包进行协惯量分析 192
6.10 多元因子分析(MFA) 195
6.10.1 引言 195
6.10.2 使用FactoMineR进行多元因子分析 196
6.11 小结 200
第7章 生态学数据空间分析 202
7.1 目标 202
7.2 空间结构和空间分析:简短概述 202
7.2.1 引言 202
7.2.2 诱导性空间依赖和空间自相关 203
7.2.3 空间尺度 204
7.2.4 空间异质性 205
7.2.5 空间相关或自相关函数和空间相关图 206
7.2.6 空间相关检验的条件 210
7.2.7 模拟空间结构 211
7.3 多元趋势面分析 211
7.3.1 引言 211
7.3.2 练习趋势面分析 212
7.4 基于特征根的空间变量和空间建模 216
7.4.1 引言 216
7.4.2 基于距离的经典MEM(之前被称为PCNM) 216
7.4.3 更广泛的MEM:除地理距离外的权重 234
7.4.4 应该使用正空间相关还是负空间相关? 248
7.4.5 具有方向性的非对称特征向量图(AEM) 248
7.5 另外一种了解空间结构的途径:多尺度排序 254
7.5.1 原理 254
7.5.2 甲螨数据多尺度排序:探索性方法 254
7.5.3 去趋势甲螨物种和环境数据多尺度排序 257
7.6 小结 260
参考文献 261
索引 270
- 《钒产业技术及应用》高峰,彭清静,华骏主编 2019
- 《现代水泥技术发展与应用论文集》天津水泥工业设计研究院有限公司编 2019
- 《英汉翻译理论的多维阐释及应用剖析》常瑞娟著 2019
- 《数据库技术与应用 Access 2010 微课版 第2版》刘卫国主编 2020
- 《区块链DAPP开发入门、代码实现、场景应用》李万胜著 2019
- 《北京生态环境保护》《北京环境保护丛书》编委会编著 2018
- 《你好,生态环境部!》生态环境部编 2019
- 《虚拟流域环境理论技术研究与应用》冶运涛蒋云钟梁犁丽曹引等编著 2019
- 《当代翻译美学的理论诠释与应用解读》宁建庚著 2019
- 《第一性原理方法及应用》李青坤著 2019
- 《断陷湖盆比较沉积学与油气储层》赵永胜等著 1996
- 《海明威书信集:1917-1961 下》(美)海明威(Ernest Hemingway)著;潘小松译 2019
- 《羊脂球 莫泊桑短篇小说选》(法)莫泊桑著;张英伦译 2010
- 《公主小姐不想吃饭》(法)克里斯汀·诺曼·维拉蒙著(法)玛丽安娜·巴尔西隆绘苏迪译 2019
- 《风涛》(日)井上靖著;覃思远译 2019
- 《凯恩斯文集 第13卷 社会、政治和文学论集》严忠志译 2018
- 《液固旋流分离新技术》中国化工学会组织编写;汪华林等著 2019
- 《克里蒙奇钢琴教程》(美)吴菀夷,(加)陈若心编著 2019
- 《社会资本与村庄治理转型的社区机制》张国芳等著 2019
- 《回味从前》周作人,张亦庵,徐蔚南等著 2019
- 《全国高等中医药行业“十三五”创新教材 中医药学概论》翟华强 2019
- 《培智学校义务教育实验教科书教师教学用书 生活适应 二年级 上》人民教育出版社,课程教材研究所,特殊教育课程教材研究中心编著 2019
- 《指向核心素养 北京十一学校名师教学设计 英语 七年级 上 配人教版》周志英总主编 2019
- 《习近平总书记教育重要论述讲义》本书编写组 2020
- 《办好人民满意的教育 全国教育满意度调查报告》(中国)中国教育科学研究院 2019
- 《高等数学试题与详解》西安电子科技大学高等数学教学团队 2019
- 《北京生态环境保护》《北京环境保护丛书》编委会编著 2018
- 《教育学考研应试宝典》徐影主编 2019
- 《语文教育教学实践探索》陈德收 2018
- 《家庭音乐素养教育》刘畅 2018