1．DNA序列、转录因子和染色质结构 1
1.1 转录的重要性 1
1.2 染色质结构及其重构 2
1.2.1 染色质结构与基因调控 2
1.2.2 染色质重构因子 4
1.2.3 组蛋白修饰 5
1.3 DNA序列组分 9
1.3.1 基因启动子 9
1.3.2 参与转录基本过程的序列 10
1.3.3 参与受调控转录的序列 11
1.3.4 远程作用的序列 15
1.3.5 负向作用的DNA序列 20
1.3.6 结合在不同位点的因子之间的相互作用 21
1.4 结论 23
参考文献 24
2．研究转录因子的方法 29
2.1 导论 29
2.2 DNA-蛋白质相互作用研究方法 29
2.2.1 DNA迁移率变动分析 29
2.2.2 DNAseI足迹法 33
2.2.3 甲基化干涉检验 37
2.2.4 体内足迹分析 38
2.3 纯化及克隆转录因子的方法 42
2.3.1 蛋白质纯化 42
2.3.2 基因克隆 46
2.4 克隆基因的使用 51
2.4.1 转录因子的结构域作图 51
2.4.2 确定未知因子的DNA结合特性 55
2.4.3 鉴定转录因子的靶基因 57
2.5 结论 62
参考文献 63
3．RNA聚合酶和基本转录复合体 68
3.1 RNA聚合酶 68
3.2 稳定的转录复合体 70
3.3 RNA聚合酶Ⅰ 71
3.4 RNA聚合酶Ⅲ 73
3.5 RNA聚合酶Ⅱ 76
3.5.1 RNA聚合酶Ⅱ基本转录复合体的逐步组装 76
3.5.2 RNA聚合酶全酶 80
3.6 TBP：通用转录因子？ 81
3.7 转录延伸 88
3.8 结论 90
参考文献 91
4．DNA结合转录因子家族 96
4.1 导论 96
4.2 同源异型域 97
4.2.1 果蝇发育中的转录因子 97
4.2.2 同源异型框 98
4.2.3 同源异型框中通过螺旋-转角-螺旋基序的DNA结合 100
4.2.4 通过不同同源异型蛋白间的相互作用调节DNA的结合特性 108
4.2.5 其他生物中的同源异型域转录因子 112
4.2.6 POU蛋白 114
4.2.7 Pax蛋白 124
4.3 双半胱氨酸双组氨酸型锌指结构 126
4.3.1 含双半胱氨酸双组氨酸指结构的转录因子 126
4.3.2 通过双半胱氨酸双组氨酸指结构的DNA结合 128
4.4 多半胱氨酸型锌指 131
4.4.1 核受体 131
4.4.2 通过多半胱氨酸锌指结构的DNA结合 133
4.5 碱性DNA结合域 142
4.5.1 亮氨酸拉链和碱性DNA结合域 142
4.5.2 螺旋-环-螺旋基序和碱性DNA结合域 147
4.5.3 含碱性DNA结合域因子的二聚化 149
4.6 其他DNA结合基序 151
4.7 结论 152
参考文献 154
5．由转录因子激活的基因表达 161
5.1 激活结构域 161
5.2 激活结构域的特性 163
5.2.1 酸性结构域 163
5.2.2 富含谷氨酰胺结构域 166
5.2.3 富含脯氨酸结构域 166
5.2.4 不同激活结构域间的功能联系 167
5.3 激活结构域和基本转录复合体之间的相互作用 168
5.3.1 激活因子和基本转录复合体 168
5.3.2 促进因子结合 170
5.3.3 增强因子活性 173
5.4 激活结构域和其他调控蛋白的相互作用 177
5.4.1 中介子复合体 177
5.4.2 TAF 180
5.4.3 CBP和其他辅激活子 187
5.4.4 转录激活因子的多靶点 193
5.5 转录激活因子对染色质结构的影响 195
5.5.1 染色质重构因子的作用 195
5.5.2 对组蛋白修饰的影响 203
5.5.3 通过染色质结构变化和促进基本转录复合体的转录激活 207
5.6 促进转录延伸 212
5.7 结论 217
参考文献 221
6．转录因子对基因表达的抑制 229
6.1 转录的抑制 229
6.2 间接抑制 230
6.2.1 通过掩盖其DNA结合位点抑制激活因子结合 230
6.2.2 通过形成非DNA结合复合体抑制激活因子结合 235
6.2.3 激活因子的淬火 237
6.2.4 激活因子的降解 238
6.3 直接抑制 239
6.3.1 转录抑制的机制 239
6.3.2 由DNA结合转录因子的直接抑制 240
6.3.3 通过连接基本转录复合体的因子的直接抑制 247
6.4 通过改变染色质结构的抑制 251
6.4.1 抑制子对染色质的影响 251
6.4.2 小RNA与转录抑制 257
6.5 转录延伸的抑制 259
6.6 结论 263
参考文献 265
7．对转录因子合成的调控 271
7.1 转录因子调控 271
7.2 转录因子的合成调控 271
7.2.1 MyoD转录因子 272
7.2.2 同源异型框转录因子 281
7.3 调控转录因子合成的机制 294
7.3.1 转录的调控 294
7.3.2 RNA剪切的调控 297
7.3.3 翻译的调控 304
7.4 结论 307
参考文献 308
8．对转录因子活性的调控 312
8.1 转录因子活性受调控的证据 312
8.2 通过蛋白-配体结合的调控 314
8.2.1 配体结合调控的范例 314
8.2.2 核受体 317
8.3 通过蛋白质蛋白质相互作用的调控 325
8.3.1 蛋白质-蛋白质相互作用对转录因子活性的抑制 325
8.3.2 蛋白质-蛋白质相互作用对转录因子的激活 335
8.3.3 蛋白质-蛋白质相互作用对转录因子功能的改变 335
8.4 通过蛋白质修饰的调控 337
8.4.1 转录因子修饰 337
8.4.2 磷酸化 337
8.4.3 乙酰化 347
8.4.4 甲基化 348
8.4.5 泛素化和SUMO蛋白质修饰化 350
8.5 通过蛋白质降解和加工的调控 358
8.6 调控活性的作用 362
8.7 结论 364
参考文献 366
9．转录因子与人类疾病 373
9.1 转录因子突变引起的疾病 373
9.2 癌症 380
9.3 细胞癌基因与癌症 382
9.3.1 Fos，Jun和AP1 382
9.3.2 v-erbA和甲状腺激素受体 388
9.3.3 myc癌基因 392
9.3.4 其他致癌性转录因子 399
9.4 抑癌基因与癌症 403
9.4.1 抑癌基因的特性 403
9.4.2 p53 404
9.4.3 视网膜母细胞瘤蛋白 413
9.4.4 其他抑癌性转录因子 420
9.5 转录因子与人类疾病的治疗 425
9.6 结论 435
参考文献 437
10．结束语与展望 449
索引 453