第一章 蛋白质组学概论 1
第一节 蛋白质组概念 1
第二节 蛋白质组学产生背景 1
第三节 蛋白质组学研究内容 3
第四节 蛋白质组学的研究方法 4
第五节 蛋白质组学研究技术 4
第六节 蛋白质组学研究的最终目标 4
第七节 蛋白质组学的研究意义及应用 5
第八节 蛋白质组学发展趋势 6
参考文献 7
第二章 蛋白质组分离技术 10
第一节 双向电泳 10
第二节 高效液相色谱 18
第三节 蛋白质芯片 21
参考文献 25
第三章 蛋白质组鉴定技术 28
第一节 生物质谱技术 28
第二节 生物质谱的应用 33
第三节 展望 37
参考文献 37
第四章 定量蛋白质组学分析 41
第一节 荧光双向差显凝胶电泳（DIGE）技术 41
第二节 同位素亲和标签技术 43
第三节 同位素标记相对和绝对定量（iTRAQ）技术 48
参考文献 51
第五章 蛋白质与蛋白质的相互作用 53
第一节 酵母双杂交技术 53
第二节 串联亲和纯化技术 55
参考文献 58
第六章 蛋白质组学相关的生物信息学 60
第一节 2-D数据库 60
第二节 支持质谱数据的蛋白质鉴定的数据库 61
第三节 分析蛋白与蛋白相互作用的数据库 62
第四节 基于质谱技术的计算蛋白质组学 63
参考文献 69
第七章 不同水平上的蛋白质组学 71
第一节 组织、器官水平上蛋白质组学 71
第二节 亚细胞水平上蛋白质组学 72
参考文献 85
第八章 植物遗传多样性分析 89
第一节 种间的遗传变异性 89
第二节 种内的遗传变异性 90
第三节 品种鉴定 90
参考文献 91
第九章 植物发育相关蛋白质组学 93
第一节 与发育性状相关突变体差异蛋白质组分析 93
第二节 与种子发育过程相关的蛋白质组分析 94
第三节 外源植物激素处理对植物发育过程蛋白质表达的影响 96
参考文献 97
第十章 种子蛋白质组学研究 99
第一节 种子蛋白质及其分类 99
第二节 种子蛋白质与蛋白质组的研究内容 100
第三节 展望 105
参考文献 106
第十一章 植物非生物逆境相关蛋白质组学 111
第一节 植物热休克蛋白质组的鉴定与分析 111
第二节 植物冷响应蛋白质组的鉴定与分析 111
第三节 植物耐旱相关蛋白质组的鉴定与分析 114
第四节 植物耐盐相关蛋白质组的鉴定与分析 115
第五节 植物营养逆境响应的蛋白质组的鉴定与分析 127
第六节 植物对其他逆境响应的蛋白质组的鉴定与分析 128
参考文献 129
第十二章 植物生物逆境相关蛋白质组鉴定与分析 134
第一节 植物与病原菌互作的蛋白质组鉴定 134
第二节 植物抗虫蛋白质组的鉴定与分析 136
第三节 豆科植物与根瘤菌互作的蛋白质组鉴定与分析 136
参考文献 138
第十三章 蛋白标记遗传作图与候选蛋白 141
第一节 蛋白标记遗传作图 141
第二节 蛋白数量位点（PQL）和候选蛋白 143
参考文献 144
第十四章 蛋白质组学相关技术实验操作指南 147
第一节 双向电泳实验操作技术 147
第二节 蛋白质质谱分析操作技术 176
参考文献 179
附录1 双向电泳完整的操作步骤 180
附录2 聚丙烯酰胺凝胶电泳凝胶的配置 183
附录3 细胞样品的一般处理步骤 185
附录4 组织样品的一般处理步骤 186
附录5 蛋白质和蛋白质组相关数据库 187
英文缩略词表 196