第Ⅰ部分 学术规范与背景知识 3
第1章 可视化数据及其学术规范 3
1.1 可视化数据的精确表示 4
1.1.1 误表示发生的时机 5
1.1.2 图像的种类 7
1.1.3 创作者须知 8
1.1.4 使用标准与参考值 8
第2章 图像通用规则 11
2.1 规则 12
2.2 图像获取阶段 13
2.2.1 准备样本 13
2.2.2 优化成像系统 14
2.2.3 关闭自动过滤功能 14
2.2.4 位深度 15
2.2.5 裁切 18
2.2.6 明场图像白平衡的颜色 19
2.2.7 噪声图像与帧平均 21
2.2.8 存档 23
2.2.9 操作规程 23
2.3 后期处理阶段 24
2.3.1 全局修正及应用 24
2.3.2 裁切与修齐 25
2.3.3 颜色模式变换 25
2.3.4 改变位深度 27
2.3.5 颜色校正 28
2.3.6 数码相机中的彩色噪声 28
2.3.7 合并及图像栈功能 29
2.3.8 标志、文字、标尺 31
2.4 适应输出阶段 31
2.4.1 减少位深度 31
2.4.2 白色（或黑色）极限 32
2.4.3 调整图像大小 32
2.4.4 颜色模式的变换：从RGB到CMYK 35
2.4.5 文件格式 36
2.4.6 说明文档 36
2.5 后期处理中禁止的操作 37
2.5.1 污点修正 37
2.5.2 从一幅图像向另一幅图像移取特征 38
2.5.3 有目的地操作可视化数据 38
2.5.4 改变图像大小（子采样） 38
2.5.5 使用亮度／对比度工具 39
2.5.6 复制／粘贴操作 39
第3章 特定图像类型的规则 41
3.1 测量OD/I的图像 42
3.1.1 平板扫描仪上的电泳样本 43
3.1.2 图像获取 43
3.1.3 后期处理 47
3.1.4 使用照相机／扫描光束系统获取测量OD/I的图像 47
3.1.5 图像获取 48
3.1.6 后期处理 51
3.2 表示性图像 54
3.2.1 图像获取 55
3.2.2 后期处理 57
3.2.3 适应输出 60
3.3 用于量化和可视化的图像 61
3.3.1 可视化 62
3.3.2 图像获取 63
3.3.3后期处理 64
第Ⅱ部分 输入、校正与输出 71
第4章 获取最佳输入 71
4.1 用标准（复式）显微镜获取图像 72
4.1.1 精确表示 72
4.1.2 均匀照明 73
4.1.3 减少噪声 73
4.1.4 显微镜设置 73
4.1.5 在相机或获取软件中获取图像 74
4.2 激光共聚焦扫描系统 83
4.2.1 按照用途分类的共焦成像 84
4.2.2 共焦系统的成像步骤 85
4.3 平板扫描仪 88
4.3.1 平板扫描仪的预扫描设置 89
4.3.2 通用的扫描过程 91
4.3.3 关于扫描的几点提示 93
4.4 立体显微镜成像 94
4.4.1 控制眩光与照明 95
4.4.2 关于复杂样本成像的几点提示 97
4.5 环境成像 98
4.5.1 曝光时间与光圈 98
4.5.2 照明 98
4.5.3 校准相机 102
4.6 PowerPoint及其他程序中的图像 102
4.6.1 将复制粘贴作为（低劣的）解决方法 103
4.6.2 保持分辨率不变的最佳方法 104
第5章 Photoshop设置与标准过程 109
5.1 颜色和对比度匹配的方法 110
5.2 颜色设置 113
5.2.1 非同步 114
5.2.2 工作空间 114
5.2.3 颜色管理方案 115
5.2.4 转换选项 116
5.3 标准过程 117
5.3.1 输出色阶和Color Sampler工具 118
5.3.2 寻找黑色和白色参考点 118
5.3.3 设置白色和黑色输出色阶 118
第6章 打开图像与初始化步骤 123
6.1 图像校正流程表 124
6.2 打开图像 126
6.2.1 Bridge数据库程序（适用于CS2和CS3） 126
6.2.2 Smart Object或复制图像 127
6.2.3 打开时存在问题的文件 128
6.2.4 在Adobe Camera Raw中打开图像 131
6.2.5 打开多幅图像，合并为一幅图像 133
6.2.6 用于合成或分层的图像栈 136
6.2.7 打开多幅图像进行照片合并（照片缝合） 139
6.3 预校准修正 140
6.3.1 Indexed Color（转换为RGB Color） 141
6.3.2 校正不均匀照明 141
6.3.3 问题图像 145
6.3.4 减少噪声 148
第7章 颜色校正与最终步骤 157
7.1 明场颜色校正与RGB颜色转换为CMYK 158
7.1.1 精确的颜色校正 158
7.1.2 参考区域 159
7.1.3 色调与饱和度 159
7.1.4 彩色噪声 160
7.1.5 白色或灰色吸管方法 160
7.1.6 与参考图像的颜色匹配 163
7.1.7 其他手动或自动颜色校正方法 167
7.1.8 降低饱和度、修正色调，使图像符合CMYK标准 172
7.1.9 彩色边缘现象与彩色噪声的消除 175
7.2 明场图像彩色模式到灰度模式的变换 175
7.3 单色暗场图像 177
7.3.1 设置黑白极限与亮度匹配 178
7.3.2 单色图像转换为灰度图像 180
7.3.3 彩色化灰度图像 181
7.3.4 修正现有的颜色 182
7.3.5 显示共区域化／共存 183
7.3.6 使图像符合CMYK标准 183
7.3.7 彩色化、脱色动作 187
7.4 利用伪彩色和彩色化将灰度图像转换为彩色图像 188
7.3.1 根据颜色表伪彩色化图像 188
7.4.2 色调分离 190
7.5 灰度图像的调色 191
7.6 锐化 192
7.6.1 Unsharp Mask锐化方法 193
7.6.2 High Pass锐化方法 194
7.7 Gamma 196
第8章 制作插图／图解与适应输出 199
8.1 制作插图或图解 200
8.1.1 自动的保留分辨率法 201
8.1.2 手动的保留分辨率法 203
8.1.3 自动的出版分辨率法 204
8.1.4 手动的出版分辨率法 205
8.1.5 匹配图像背景 208
8.1.6 为插图添加文字 209
8.1.7 对齐文本、编号及符号 212
8.1.8 将文本和直线图层合并为单个图层 215
8.1.9 符号、形状及箭头 216
8.2 编辑图表 217
8.3 图像中的局部图 218
8.4 针对输出的重采样（Image Size） 219
8.5 锐化、Gamma、CMYK Color及保存插图 221
8.6 输出 223
8.6.1 喷墨打印 223
8.6.2 激光打印 229
8.6.3 电子文档 230
第Ⅲ部分 分割与量化 237
第9章 从背景中提取相关特征 237
9.1 使用Photoshop还是体视学来分割图像 238
9.1.1 体视学 238
9.1.2 计算机辅助图像测量 239
9.1.3 混用两种方法 239
9.1.4 手动测量 240
9.2 计算机辅助测量中分割图像的过程 240
9.2.1 针对需要的校正检查图像 242
9.2.2 特征聚集或求平均特征 244
9.2.3 彩色图像：寻找对比度最高的灰度通道或者根据颜色选择 245
9.2.4 识别特征与背景的边界 249
9.2.5 应用High Pass滤镜 249
9.2.6 使用Threshold进行二值化 251
9.2.7 修改二值化的图像 252
9.2.8 参考区域 256
9.2.9 使用相关图像测试分割过程 257
9.2.10 直方图和线性直方图匹配 257
9.2.11 创建动作（或脚本）将所有步骤自动化 259
9.3 手动分割 260
9.3.1 使用网格分割图像 260
9.3.2 创建小的、固定的选区 261
9.3.3 使用Lasso或Magic Wand工具手动选择 262
第10章 测量图像 265
10.1 测量所选择的特征 266
10.2 在旧的Photoshop版本中获取测量值 272
10.3 在Photoshop中测量共区域化／共存 273
10.4 使用数据库／电子表格程序来区分特征 274
参考文献 277