第一章 总论 1
第一节 种质资源研究现状 1
一、形态学 1
二、细胞遗传学 2
三、生化遗传学 2
四、分子种群遗传学 3
五、功能基因 4
六、组学 5
第二节 遗传改良研究 5
一、杂交育种 5
二、选择育种 7
三、分子标记辅助育种 7
四、雌核发育育种 7
五、多倍体育种 8
第三节 种质资源保护存在的问题及保护策略 9
一、种质资源保护存在的问题 9
二、种质资源保护策略 9
第二章 团头鲂种质资源 11
第一节 团头鲂形态学特征 11
一、梁子湖团头鲂雌雄生长特征 11
二、梁子湖、鄱阳湖和淤泥湖团头鲂的形态学比较 15
三、团头鲂形态性状对体重的影响效果分析 24
第二节 群体遗传结构 29
一、线粒体基因组 29
二、微卫星标记 40
三、相关序列扩增多态性 46
第三章 团头鲂分子标记的开发与应用 50
第一节 微卫星分子标记的开发 50
一、群体构建及测序分析 51
二、微卫星分布特征及EST-SSR标记的开发 53
三、微卫星多重PCR体系的构建 54
第二节 SNP标记的开发 56
一、基于转录组测序的SNP标记开发 56
二、基于简化基因组测序的SNP标记开发 58
第三节 基于微卫星标记的亲子鉴定 59
一、家系构建及亲子鉴定方法 59
二、亲子鉴定结果与分析 61
第四章 团头鲂经济性状的遗传参数评估 65
第一节 团头鲂经济性状的遗传力评估 65
一、生长性状 65
二、抗病性状 69
第二节 生长性状的育种值评估 73
一、个体单个性状的育种值估算 74
二、个体综合育种值 75
第三节 亲本对子代生长快和生长慢群体的贡献及优良亲本选择 75
一、生长快和生长慢群体的生长表型 76
二、亲子鉴定分析 76
三、亲本对生长快和生长慢群体的贡献分析 77
四、有效群体数量 79
五、亲本育种值分析 79
第四节 不同地理群体间杂交优势和配合力分析 81
一、6月龄生长性状 82
二、20月龄生长性状 87
第五章 团头鲂性状关联分子标记的筛选 93
第一节 生长性状相关的分子标记 93
一、生长性状关联微卫星标记筛选 94
二、生长性状的QTL定位 98
第二节 抗病性状相关的分子标记 101
一、MHC IIa基因序列的测定与SNP分析 102
二、转铁蛋白Tf及其受体TfRl-a基因SNP开发、鉴定及抗病关联分析 104
三、NLRC3-like基因的SNP开发、鉴定及抗病关联分析 106
第三节 耐低氧性状相关的分子标记 108
一、基于转录组的低氧相关SNPs的开发 109
二、fih-1基因耐低氧性状SNPs的开发 111
第六章 团头鲂新品种华海1号的选育 113
第一节 华海1号的选育过程 113
第二节 华海1号的遗传进展及稳定性分析 114
一、遗传进展分析 114
二、染色体遗传稳定性 115
三、群体遗传一致性 115
第三节 华海1号的养殖性能分析 118
一、历年对比试验结果 118
二、历年生产性能对比试验结果 120
第七章 团头鲂三倍体和雌核发育的诱导及鉴定 122
第一节 三倍体的诱导及鉴定 122
一、诱导方法 122
二、倍性的鉴定 123
第二节 团头鲂雌核发育的诱导及形态特征的分析 128
一、诱导方法 129
二、诱导结果及鉴定分析 129
第三节 雌核发育群体的微卫星分析 135
一、微卫星对雌核发育子代的鉴定 135
二、雌核发育后代纯合性的评价 137
三、团头鲂正常群体和雌核发育群体微卫星位点的遗传多样性分析 139
第八章 团头鲂全基因组测序及比较研究 141
第一节 团头鲂全基因组测序与进化分析 141
一、团头鲂全基因组测序 141
二、团头鲂全基因组进化分析 147
第二节 高密度遗传连锁图谱的构建 150
一、群体的建立及遗传连锁图谱构建的方法 150
二、RAD测序数据分析 151
三、SNP分子标记发掘与基因分型 151
四、高密度遗传连锁图谱的构建 152
第三节 不同食性鱼类内源性消化系统的比较基因组学研究 155
一、内源性消化酶基因家族分析 156
二、嗅觉基因家族分析 156
三、味觉受体基因家族结果分析 159
第九章 团头鲂功能基因组的研究 165
第一节 生长性状相关的组学分析 165
一、生长性状相关的转录组分析 165
二、生长性状相关的小RNA组分析 169
第二节 抗病性状相关的转录组分析 178
一、细菌感染后团头鲂肝脏的转录组学研究 178
二、细菌感染后团头鲂肝脏、脾脏、肾脏混合组织转录组学研究 183
三、细菌感染后团头鲂肝脏小RNA组学研究 187
第三节 耐低氧性状相关的转录组分析 199
第四节 肌间骨性状相关的组学分析 211
一、不同组织转录组分析 211
二、不同组织miRNA组分析 222
第十章 团头鲂性状相关基因的结构和功能分析 229
第一节 生长相关基因 229
一、生长相关基因的克隆 229
二、生长相关基因对其生长发育的表达调控 230
第二节 免疫相关基因 238
一、Toll样受体基因 238
二、热激蛋白基因 247
三、MHC II基因 252
四、干扰素调节因子 255
五、白细胞介素6的表达及其启动子活性分析 259
六、补体系统基因 263
七、铁代谢相关基因 268
第三节 耐低氧相关基因 281
一、低氧感受基因——phd和fih 282
二、低氧响应基因——Hif-α家族 289
第四节 其他相关基因 290
一、ghrelin、NPY和CCK基因 290
二、团头鲂MRF家族基因的序列特征和功能分析 295
三、Dmrt家族基因 298
主要参考文献 306