第一章 绪论 1
第一节 遗传流行病学概述 1
一、遗传流行病学的概念 1
二、学科的形成与发展 2
三、我国遗传流行病学的发展简介 5
第二节 研究对象和任务 5
第三节 主要研究方法概述 6
一、家族聚集性研究 6
二、分离分析 7
三、连锁分析 7
四、关联分析 8
第四节 研究进展简介 9
第二章 遗传流行病学的基本概念和原理 11
第一节 遗传学的基本概念 11
一、遗传物质 11
二、细胞的分裂活动 13
三、突变 15
第二节 流行病学的基本概念和原理 16
一、流行病学中的重要概念 16
二、疾病频率的测量 18
三、流行病学研究的类型 18
四、关联的测量 19
五、流行病学中的偏倚 20
第三节 遗传流行病学的基本概念和原理 20
一、孟德尔遗传 20
二、群体遗传学 24
第三章 孟德尔式遗传的原理 27
第一节 基本概念 27
一、家族性、散发、遗传性和拟表型 27
二、表型、基因型和外显率 28
三、显性、隐性、共显性及剂量依赖的加性作用 28
第二节 单一位点的孟德尔式遗传 29
一、孟德尔式遗传定律 29
二、配子及子代基因型的确定 29
三、人群等位基因频率 30
第三节 多位点的孟德尔遗传 31
一、复等位基因位点 31
二、两位点的孟德尔式遗传 32
三、家系谱图的绘制 32
第四节 常染色体遗传病 33
一、常染色体显性遗传病 33
二、常染色体隐性遗传病 35
第五节 伴性遗传 36
一、性染色体的遗传 36
二、以X连锁遗传病为例说明 36
第四章 家族聚集性研究 38
第一节 家族研究的基本概念 38
一、研究表型 38
二、遗传关系和基因同一性 39
三、家族危险性 40
四、疾病家族史 40
五、病例对照和队列研究的重叠 41
第二节 家族研究的设计 41
一、一般原则 42
二、含家族组分的流行病学研究 43
三、以人群为参照的病例研究 47
四、固定亲属组 47
五、养子研究 49
六、家谱图 50
七、家族聚集性的随机化检验 51
第三节 家族聚集性的测量指标 52
一、相对比和率差 52
二、家族史得分 53
三、家族危险性 54
四、亲属间疾病状况的独立性检验 55
第四节 家族聚集性原因的识别 56
一、研究设计 56
二、分析方法 56
三、家族研究中协变量的校正 57
第五节 连续表型的家系关联 58
第五章 遗传度分析 61
第一节 遗传度的概念 61
一、定义 62
二、用简单线性模型估计遗传度 62
第二节 方差组分模型 64
一、遗传方差组分 65
二、环境方差组分 66
三、根据亲属资料估计方差组分 66
四、方差组分估计的一般性方法 70
五、方差组分模型的诠释 72
第三节 通径分析 72
一、通径模型的构建 73
二、通径系数的佑计 75
三、通径模型的诠释 76
第四节 质量性状遗传度的估计 76
一、风险函数的含义 77
二、与方差组分模型的比较 78
三、与通径模型的比较 79
四、多因素模型对再发风险的估计 79
第六章 分离分析 82
第一节 分离分析的基本概念 82
第二节 分离分析中家系的确证和收集 83
一、家系的确证 83
二、序贯抽样 84
第三节 经典分离分析法 85
一、基本原理 85
二、确证校正和估计分离比 86
三、样本含量 89
四、关于确证校正的其他问题 90
第四节 综合分离分析 91
一、定义基本参数 92
二、计算似然函数 92
三、确证校正 102
四、Class D回归模型 102
五、选择最优模型 104
第五节 分离分析的局限性 107
第七章 连锁分析 109
第一节 概述 109
一、连锁分析的概念和原理 109
二、连锁分析的过程 110
三、连锁分析的分类 110
第二节 连锁分析的遗传学基础 110
一、减数分裂 111
二、重组和作图函数 111
三、血缘一致性和状态一致性 114
第三节 连锁分析的方法 115
一、直接计数法 115
二、LOD值法 117
三、亲属对方法 123
四、连锁分析方法的选择 130
五、连锁分析研究设计相关的问题 131
第八章 连锁不平衡定位 133
第一节 连锁不平衡 133
一、连锁不平衡的定义 133
二、导致遗传标记物与致病基因间连锁不平衡的机制 133
三、连锁不平衡的度量 134
第二节 连锁不平衡定位机制 135
一、连锁不平衡定位的基本思想 135
二、对连锁不平衡定位具有重要意义的两种机制 136
第三节 连锁不平衡定位参数模型 139
一、评估致病基因的经验方法 139
二、单体型共享方法 140
三、基于合并的参数方法 141
四、在人类基因组中存在多少连锁不平衡 142
第四节 单体型区块与连锁不平衡 142
一、单体型 142
二、单体型区块 143
三、单体型区块与连锁不平衡 143
第九章 群体遗传学原理 145
第一节 单个位点的基因分布 145
一、大群体中的Hardy-Weinberg平衡 145
二、Hardy-Weinberg平衡定律的应用 146
三、影响群体基因频率的因素 147
四、近婚系数 153
第二节 两个位点的基因分布 154
一、连锁不平衡的起源 157
二、连锁不平衡的衰减 158
三、连锁不平衡的估计 160
第十章 候选基因关联研究 164
第一节 候选基因关联研究中的基本概念 164
一、易感基因与候选基因 164
二、关联和连锁不平衡 165
三、人群分层 166
四、表型和中间表型 166
五、关联研究中表示关联强度的指标 166
第二节 候选基因关联研究的设计类型 167
一、队列研究设计 167
二、病例对照研究设计 169
三、以家庭为基础的关联分析 180
四、基因组关联分析 181
第三节 候选基因关联研究中需要注意的问题 185
一、候选基因的选择 185
二、候选基因关联研究样本量的选择 186
三、基因分型与表型测量 187
四、关联研究结果的解释 189
第十一章 交互作用分析 191
第一节 基本概念与研究设计 191
一、交互作用的基本概念 191
二、主要的研究设计类型 194
第二节 统计分析方法及应用 198
一、Logistic回归模型 199
二、多因子降维法 202
三、组合法 208
四、随机森林法 210
五、集合关联法 211
六、神经网络模型 212
第三节 交互作用的研究前景 215
一、交互作用分析方法所面临的问题 215
二、分析方法的比较与进展 217
三、系统生物学的兴起 218
第十二章 遗传流行病学在医学和公共卫生中的应用 221
第一节 遗传流行病学在临床医学中的应用 221
一、疾病筛查和诊断试验评价 221
二、疾病异质性研究 222
三、疾病自然史研究 223
四、治疗效果和安全性评价 226
第二节 遗传流行病学研究在疾病预防中的应用 226
一、疾病预防的策略 226
二、以家系为基础的预防 228
三、以人群为基础的预防 230
第三节 遗传流行病学在公共卫生监测中的应用 232
第四节 遗传流行病学研究中的伦理学问题 232
索引 234