第1章 介绍：共生和共生总基因组概念 1
共生总基因组概念 1
历史回顾 2
概念和定义 3
要点 5
参考文献 6
第2章 原核生物和真核生物的起源 8
关于原始细胞起源的推测 8
原核生物和真核生物的起源 10
病毒的起源 12
多细胞生物体的起源 13
要点 15
参考文献 16
第3章 微生物区系的丰度和多样性 20
微生物区系的丰度 20
微生物区系的多样性 21
无脊椎动物的微生物区系 23
脊椎动物的微生物区系 24
植物的微生物区系 26
影响微生物区系丰度和多样性的因素 28
要点 30
参考文献 30
第4章 微生物区系在共生总体上下代间的传递 36
无脊椎动物 38
脊椎动物 39
植物 41
微生物区系的传递和社会行为 42
传递和共生总体概念 43
要点 43
参考文献 44
第5章 微生物区系是共生总体适应性的一部分 48
微生物区系防御病原体 50
微生物区系为宿主提供营养 51
微生物区系影响动物和植物的发育 54
肥胖 57
微生物区系影响动物行为 58
细菌在交配偏好和物种形成中发挥作用 59
微生物区系与解毒 60
温度适应 61
微生物区系温暖它们的宿主 62
共生总体是一个独特的生物实体 63
要点 63
参考文献 64
第6章 共生总体的变异 70
达尔文学说与拉马克学说 70
共生总体的变异模式 72
微生物的扩增 73
新共生体的获得和“卫生假说” 75
基因水平转移 76
获得性遗传（拉马克学说） 78
要点 78
参考文献 79
第7章 病毒是共生总体适应性和进化的一部分 83
共生总体中病毒的丰度和多样性 83
病毒的传递 85
病毒是生物体适应性和进化的一部分 86
要点 89
参考文献 90
第8章 共生总体的进化 94
介绍 94
进化的选择水平和漂变 95
共生总体的随机漂变和进化 97
合作和欺骗 98
合作的进化 100
共生总基因组和物种形成 103
复杂生物进化中的竞争与合作 105
要点 106
参考文献 107
第9章 病原菌共生体 112
人类传染性疾病 113
植物传染性疾病 117
病毒病原体 119
细菌病原体进入非结瘤共生体的进化实验 120
兔黏液瘤病：宿主-寄生物共进化的一个案例 121
人类微生物区系和非传染性疾病 121
从进化角度考虑共生总体中病原体的作用 123
要点 125
参考文献 126
第10章 益生元、益生菌、合生素和噬菌体治疗 131
介绍 131
益生元：通过扩增自身菌群来改变共生总体 132
益生菌：通过摄取外来菌群来改变共生总体 133
合生素 135
噬菌体治疗 136
要点 139
参考文献 140
第11章 结语 146
概要 146
需要进一步分析微生物多样性 146
共生总体中微生物区系的生理及其他功能 148
免疫系统与微生物共生体间的互作 148
微生物对人类、动物和植物共生体健康的贡献 149
共生总体的变异和进化 150
生物学或微生物学教学 151
参考文献 152