第一章 分子流行病学研究相关知识 1
第一节 分子流行病学的研究内容 3
第二节 分子流行病学的生物学标志 4
第三节 单核苷酸多态性 6
第四节 分子流行病学的研究设计 9
第五节 常用的技术方法 10
第六节 哈迪温伯格平衡 11
第二章 分子流行病学研究相关数据库介绍 17
第一节 PDGene数据库 19
第二节 ImMunoGeneTics数据库 21
第三节 Immuno Polymorphism数据库 23
第四节 Human Gene Mutation数据库 28
第五节 HuGE Nayigator数据库 30
第六节 PrognoScan数据库 33
第七节 PROGgeneV2数据库 38
第三章 分子流行病学研究报告规范 43
第一节 加强观察性流行病学研究报告质量规范 45
第二节 加强遗传学关联研究报告规范 49
第三节 肿瘤标志物预后研究报告规范 52
第四节 加强遗传风险预测研究规范 54
第五节 加强免疫基因组学研究的报告规范 57
第六节 加强传染性疾病的分子流行病学报告规范 59
第四章 分子流行病学研究方法学质量评价工具 65
第一节 方法学质量评价工具现状 67
第二节 随机试验的方法学质量评价工具 67
第三节 非随机试验的方法学质量评价工具 70
第四节 分析性研究的方法学质量评价工具 72
第五节 病例系列的方法学质量评价工具 74
第六节 诊断准确性试验方法学质量评价工具 76
第五章 分子流行病学研究系统评价/Meta分析方法 79
第一节 系统评价/Meta分析的内涵 81
第二节 系统评价/Meta分析的制作步骤 84
第三节 Meta分析的效应量与模型 90
第四节 Meta分析的图形解读 92
第五节 基因表达基因芯片数据的Meta分析 94
第六章 遗传关联性研究的Meta分析方法 107
第一节 Meta分析的分类及制作要点 109
第二节 Meta分析中对HWE的处理 110
第三节 Meta分析的异质性来源 110
第四节 Meta分析的多重检验校正方法 114
第五节 Meta分析基因模型的选择 118
第七章 分子流行病学研究系统评价/Meta分析报告规范 127
第一节 报告规范的产生背景 129
第二节 系统评价与Meta分析优先报告条目 130
第三节 观察性研究Meta分析的报告规范 132
第四节 人类基因组流行病学网络指南 134
第五节 PLoS One遗传关联性研究Meta分析的清单 139
第六节 Sagoo等的标准 140
第八章 分子流行病学研究文献检索方法 143
第一节 检索常用方法和途径 145
第二节 资源类型及检索策略设计 147
第三节 PubMed数据库及实际操作举例 150
第四节 Embase数据库及实际操作举例 158
第五节 SCI数据库及实际操作举例 164
第六节 全文获取方案及注意事项 167
第九章 分子流行病学研究系统评价/Meta分析选题 173
第一节 选题的基本要素 175
第二节 检索注册平台选题 176
第三节 选题实例剖析 183
第十章 PROSPERO注册平台及示例 197
第一节 注册特点及范围 199
第二节 研究方案的组成及注册实例展示 202
第三节 注册平台的检索 221
第十一章 病因性研究系统评价/Meta分析案例剖析 227
第一节 单核苷酸多态性与疾病易感性/严重程度 229
第二节 甲基化与疾病易感性/严重程度 238
第三节 基因多态性与药物功效 244
第四节 多重检验校正之假阳性结果报告率法 264
第五节 方法学研究 282
第六节 全基因组关联研究 293
第七节 基因芯片研究 332
第八节 基因多态性与疾病的诊断 338
第十二章 应用Stata软件实现Meta分析 347
第一节 Stata软件操作简介 349
第二节 Stata软件实现Meta分析的方法 353
第三节 数据准备及实现分析 360
第十三章 应用R软件实现Meta分析 375
第一节 程序包安装、加载及卸载 377
第二节 数据集创建、读取与图形参数设定 382
第三节 应用meta程序包实现 389
第四节 应用metafor程序包实现 400
第五节 应用rmeta程序包实现 418
第六节 应用MetaOmics程序包 426
第十四章 应用非编程软件实现Meta分析 433
第一节 应用RevMan 5.3软件实现 435
第二节 应用Comprehensive Meta-Analysis软件实现 451