第一章 当代生物学哲学研究概况 1
第一节 什么是生物学哲学？ 1
第二节 当代生物学哲学的主要议题 4
第三节 生物学哲学的历史演变 8
第四节 对未来的展望 22
第二章 生物学个体性概念 24
第一节 问题缘起——生物学个体的划界难题 26
一、无性繁殖生物 31
二、集合实体 34
三、共生群落 36
四、基因型的嵌合体与镶嵌体 37
五、世代交替 38
第二节 相关研究的发展历程 40
一、从达尔文革命到20世纪60年代：生物学家们的自发思辨 41
二、从20世纪60年代到90年代：关于“生物学个体”概念的讨论 46
三、从20世纪90年代至今：关于生物学个体性概念的讨论 51
第三节 关于生物学个体性相关问题的逻辑分析 56
一、对个体性相关问题的结构分析 56
二、生物学个体的一般性划界标准 62
三、“人类个体性”的类比与借喻 74
四、根据具体的生物学属性而定义的划界标准 79
第四节 生命世界中的层级与个体 85
一、层级与等级 85
二、谱系学层级与个体概念 87
三、生态学层级与进化跃迁 89
第三章 进化视角下的个体性：从达尔文到现代综合运动 93
第一节 从个体性的视角看达尔文革命 94
一、前达尔文进化思想 94
二、达尔文革命的内涵 95
三、达尔文留下的重要问题 99
第二节 韦斯曼学说中的个体概念 104
一、种质学说和韦斯曼主义 104
二、“内选择”与“种质选择”观点 107
第三节 进化综合体系的建立 109
第四章 进化视角下的个体性：当代生物学思想的发展 115
第一节 自然选择单位与层次问题 117
一、达尔文留下的问题 117
二、自然选择单位与层次的讨论 118
三、关于选择单位与层次讨论的理论意义和作用 123
第二节 经典进路与“多层次选择”模型 126
一、经典进路的建立 126
二、“多层次选择”模型与“无等级层级” 128
三、两种多层次选择模型（MLS1与MLS2） 130
第三节 复制子进路 134
一、基因概念的来龙去脉 134
二、道金斯的复制子与运载器概念 136
三、赫尔的复制子与作用子概念 138
四、复制子进路的应用、发展与受到的批评 143
第四节 达尔文式个体概念 148
一、达尔文式个体概念的提出 148
二、达尔文式群体概念 149
三、空间表征法 155
四、繁殖概念的分析 158
第五节 生物学个体性的进化跃迁 164
一、进化跃迁概念的理论背景 164
二、巴斯：“个体性的进化” 167
三、梅纳德·史密斯和绍特马里：“进化中的大跃迁” 168
四、格里塞默：“过程的层级” 172
五、米绍：“适应度的交易”与“个体性的跃迁” 173
六、克拉克：基于经典进路的抽象化表征 175
第六节 总结 178
第五章 有机体概念：多视角下的综合 181
第一节 关于有机体的传统观点 181
第二节 “进化个体”与“生理学个体”的关系 190
第三节 免疫学语境中的个体性概念 193
一、免疫学的起源和早期思想范式 194
二、传统免疫学的“自我—非我”模型 196
三、从免疫自我到“免疫连续性”标准 197
第四节 自然选择模式在免疫学个体性建构中的运用 200
第五节 发育框架与进化框架的综合 204
一、科学史上发育学与进化生物学的关系 205
二、发育系统理论 208
三、进化发育生物学框架 213
第六章 微生物世界中的个体划界问题 218
第一节 微生物学、进化生物学与生物学哲学的历史关系 218
一、第一阶段：1862年之前 219
二、第二阶段：1862—1945年 220
三、第三阶段：1946—1977年 222
四、第四阶段：1978—1994年 224
五、第五阶段：1995年至今 225
六、生物学哲学的微生物视野 227
第二节 微生物个体性概念的历史变迁 229
一、微生物形象的变迁 229
二、微生物个体性概念的变迁：从单层次图景到多层次图景 231
第三节 多层次图景下的微生物群落个体性问题 234
一、共时性问题 234
二、历时性问题 237
第七章 共生复合体的个体性问题 244
第一节 共生研究的历史 245
第二节 两种生命图景在共生研究中的冲突与融合 248
一、两种生命图景的差异与冲突 249
二、两种生命图景的融合 255
第三节 共生功能体的个体性分析 257
一、共生功能体的界定及分类 257
二、共时性问题 260
三、历时性问题 265
第八章 本书总结：生物学个体性的表征及其本体论问题 269
第一节 生命世界的多样性与复杂性及其表征 269
第二节 杰克·威尔逊的多元实在论 275
第三节 非本质主义一元实在论 279
第四节 反实在论观点 283
第五节 本质主义一元实在论 284
第六节 被遗忘的历史维度 289
第七节 总结 293