第一卷 《本草纲目》正文标题索引 1
一、正文标题笔画索引 1
二、正文标题拼音索引 29
第二卷 药物及相关名词索引 60
一、笔画检字表 60
二、拼音检字表 71
三、药物及相关名词索引 84
第三卷 方剂名称索引 412
一、笔画检字表 412
二、拼音检字表 416
三、方剂名称索引 421
第四卷 人名、书名及引用文献索引 531
一、笔画检字表 531
二、拼音检字表 534
三、人名、书名及引用文献索引 538
第五卷 病证(症)名称索引 632
一、笔画检字表 632
二、拼音检字表 636
三、病证(症)名称索引 640
附：病证(症)名称分类简表 857
附录： 903
一、汉语拼音方案 903
二、《本草纲目索引》繁简字(正异体)对照表 904
三、中国历代常用药物计量单位及换算 909