前言 1
1 引言 1
2 重构系统发育的分析方法 4
2.1 数量分类学方法 4
2.1.1 相似性系数 5
2.1.2 数量分类方法 9
2.2 分支分类学方法 11
2.2.1 俭约分支分类方法 12
2.2.2 统计分支分类方法 19
2.3 分支分类方法的有效性研究 22
2.3.1 分支分类方法的稳定性分析 23
2.3.2 模拟研究 24
3 分支分类新方法的理论基础 28
3.1 群体遗传分化与系统发育信息 28
3.1.1 系统发育信息的产生和变异 29
3.1.2 系统发育信息的保存 31
3.1.3 系统发育信息的传递 35
3.2 等位基因频率性状状态划分 41
3.3 等位基因频率资料重构系统发育的几个基本原理 43
4.1 分支分析的基本过程 50
4 等位基因频率资料的分支分类新方法 50
4.2 几个问题的探讨 57
4.2.1 等位基因频率的质量性状和数量性状 57
4.2.2 在等位基因频率空间重构系统发育关系 60
4.2.3 祖先类群位点平均杂合性 64
4.2.4 一些具体过程的处理差异 65
4.3 等位基因频率资料的分支分类方法的程序化 67
5 分支分类新方法有效性的模拟研究 70
5.1 系统发育关系(真树)的构建 71
5.2 专题研究：几个因子对系统发育重构的影响 79
5.3 系统发育重构中真树识别 84
5.4 模拟研究结果概述 86
5.5 模拟研究结果的方差分析 100
5.5.1 单因素方差分析 100
5.5.2 多因素方差分析 103
5.6 专题研究：几个重要因素对真树求解能力的影响 107
5.6.1 平行进化与系统发育分析的关系 107
5.6.2 逆转现象与真树求解能力的关系 115
5.6.3 灭绝现象与系统发育分析效率的关系 124
5.6.4 成种事件等位基因突变数和真树求解能力的关系 126
6 总结 130
参考文献 135