第1章 什么是生物信息学 1
前言 1
1.1 生物数据与生物计算 2
1.2 生物信息学与生物实验 4
1.3 期刊和会议 5
1.4 生物信息学参考书 6
第2章 计算机和互联网 11
2.1 计算机和操作系统 12
2.2 语言和软件 14
2.3 互联网和浏览器 19
2.3.1 TCP/IP和IP地址 19
2.3.2 gopher服务器 20
2.3.3 WWW和HTML 20
2.3.4 浏览器和URL 22
2.3.5 文件的下载和上载 24
2.4 常见的文件类型 25
2.3.6 网上“搜索器” 25
2.5 文件的压缩和解压 27
2.6 电子邮件 28
2.7 远程计算机 30
2.7.1 telnet--登录到远程计算机 30
2.7.2 ftp--远程文件传送 30
2.8 多种平台共存的工作环境 32
第3章 生物学引论 35
3.1 地球上的自然史 35
3.2 生物的分类 36
3.3 模式生物 38
3.4 构成生物的四类分子 40
3.4.1 单糖、双糖和多糖 40
3.4.2 脂肪酸 40
3.4.3 核苷酸和核酸 41
3.4.4 氨基酸和蛋白质 42
3.4.5 遗传密码 44
3.5 分子生物学的中心法则 45
3.5.1 DNA的复制 46
3.5.2 DNA到mRNA的转录 47
3.5.3 mRNA翻译为蛋白质 48
3.5.4 mRNA的反转录与cDNA 50
3.5.5 蛋白质的剪接 50
3.5.6 蛋白质的折叠 51
3.6 基因工程技术简介 53
3.6.1 限制性内切酶 53
3.6.2 分子克降 54
3.6.3 聚合酶链反应(PCR) 55
3.6.4 超速离心、凝胶电泳和印迹法 56
3.6.5 DNA测序方法 57
3.7 进一步阅读书籍 59
4.1.1 国外生物信息中心 61
第4章 生物信息数据库 61
4.1 重要生物信息中心简介 61
4.1.2 国内的生物信息网点 69
4.2 数据库和序列的格式 72
4.2.1 数据库格式 72
4.2.2 序列文件格式 76
4.2.3 多序列格式 76
4.2.4 其他序列格式 79
4.3 数据库检索工具 79
4.3.1 Entrez检索工具 79
4.3.2 SRS检索工具 81
4.3.3 DBGET/LinkDB检索工具 81
4.4 数据库目录 82
4.5 综合数据库 84
4.6 DNA序列和结构数据库 86
4.7 RNA序列和核糖体数据库 94
4.8 基因图谱数据库 101
4.9 人类基因组有关数据库 103
4.9.1 人类基因组测序中心 103
4.9.2 人类基因组有关数据库 108
4.10 其他物种基因组数据库 114
4.10.1 原核生物基因组 115
4.10.2 真菌基因组 120
4.10.3 原生生物和线虫基因组 121
4.10.4 昆虫基因组 122
4.10.5 鱼类数据库 123
4.10.6 啮齿动物基因组 123
4.10.7 细胞器数据库 124
4.10.8 拟南芥基因组 126
4.10.9 病毒数据库 127
4.11 蛋白质序列数据库 127
4.12 蛋白质结构和分类数据库 137
4.13 比较基因组学和蛋白质组学数据库 150
4.14 基因表达数据库 151
4.15 基因突变、病理和免疫数据库 153
4.16 代谢途径和细胞调控数据库 159
4.17 与农林牧有关数据库 162
4.17.1 农作物 163
4.17.2 家畜、家禽和鱼类 167
4.18 生物医学文献数据库 169
4.19 其他数据库 170
第5章 服务、软件和算法 171
5.1 软件和服务目录 172
5.2 序列分析算法概要 174
5.2.1 序列联配基本概念 175
5.2.2 半经验的直观算法 180
5.2.3 动态规划算法 180
5.2.4 神经网络和隐马可夫链 181
5.2.5 语言学方法 183
5.3 BLAST、FASTA和类似服务 184
5.3.1 BLAST服务 185
5.3.2 FASTA服务 192
5.3.3 与BLAST和FASTA有关的后处理程序 197
5.3.4 BLITZ服务 198
5.3.5 GenQuest服务 199
5.4 多序列联配程序 200
5.5 亲缘树的计算和图示 202
5.5.1 距离和相异性 204
5.5.2 亲缘树算法简介 205
5.5.3 亲缘树计算软件 206
5.6 与DNA测序和基因工程有关的软件 208
5.7 DNA序列分析程序 210
5.8 蛋白质结构和功能预测 220
5.9 显示蛋白质和核酸结构的程序 225
5.10 大规模基因表达的算法 226
5.11 细胞过程模拟 227
5.12 向数据库提交序列的软件和服务 228
5.13 商业性生物信息资源 229
5.13.1 商业性软件 229
5.13.2 一些公司网页 231
5.14 其他网上生物医学信息资源 233
5.14.1 网上论坛：BIOSCI新闻组 233
5.14.2 网上医学信息资源 236
5.14.3 网上期刊和出版社 237
5.14.4 会议消息和会议文集 238
5.14.5 讲义和课程 240
5.14.6 一些有益的个人网页 241
5.14.7 法律、伦理和社会影响 242
5.15 生物信息资源的近期发展动向 242
索引 247