第一章先导化合物 9
1.1筛选途径 9
1.1.1随机筛选和定向筛选 9
1.1.2筛选模型的分类 10
1.1.3基于机理的筛选模型 10
1.1.4生物利用度的简化筛选模型 11
1.1.5基因工程制备筛选模型——重组受体（克隆受体） 11
1.1.6群集筛选 12
1.1.7应用结构概念，预测治疗药物的致癌性 12
1.2化合物库 14
1.2.1天然产物库 14
1.2.2组合化学和化合物组合库 17
1.2.3基因重组库 30
1.3生命科学基础 31
1.3.1内源性活性物质 32
1.3.2疾病机理研究 36
1.3.3药物作用的靶点 41
1.3.4药物调控机理 54
1.3.5糖类 56
1.4机体对药物的作用过程 63
1.4.1转运 63
1.4.2代射 69
1.5先导化合物的优化 71
1.5.1结构简化 71
1.5.2不同生物性质的分离 72
1.5.3变副作用为治疗作用 74
1.5.4追加适应症——老药新用 75
1.6立体异构药物和外消旋转换 76
1.6.1立体异构药物的作用差异 76
1.6.2开发单—对映体药物 77
1.6.3外消旋转换 78
主要参考文献 78
阅读材料 79
第二章药物设计原理和方法 80
2.1类似物 80
2.1.1概述 80
2.1.2生物电子等排取代 80
2.1.3环类似物 81
2.1.4烃链同系化、环的大小改变及环位置异构体 83
2.1.5立体异构体和几何异构体 85
2.1.6先导分子的碎片类似物 85
2.1.7改变原子间的距离 87
2.2拼合原理 88
2.2.1概述 88
2.2.2拼合原理的应用 89
2.3生物电子等排法 91
2.3.1基本概念 91
2.3.2生物电子等排的类型及特点 93
2.3.3经典的电子等排体 93
2.3.4非经典的电子等排体 101
2.4前药原理 105
2.4.1基本概念 105
2.4.2提高生物利用度的前药 106
2.4.3增加水溶性的前药 107
2.4.4延长药物作用时间的前药 110
2.4.5利用特异酶降低药物毒副作用的前药 111
2.4.6克服首过效应的前药 112
2.4.7用于定位到达靶器官的前药 113
2.5软药设计 116
2.5.1概述 116
2.5.2软类似物的设计 117
2.5.3活化的软化合物的设计 119
2.5.4用控释内源物质设计天然软药 122
2.5.5活性代谢物的设计 123
2.5.6无活性代谢物的设计 124
阅读材料 126
主要参考文献 126
第三章酶抑制剂和肽拟似物 127
3.1酶抑制剂 127
3.1.1酶抑制剂的类型及实例 128
3.1.2设计原理和方法 140
3.2肽拟似物 159
3.2.1设计原理和方法 160
3.2.2肽拟似物实例 180
主要参考文献 185
阅读材料 186
第四章计算机辅助药物设计 187
4.1药物作用的基本理论 188
4.1.1受体学说及药物－受体相互作用的方式和本质 188
4.1.2药物－受体的相互作用力及其立体因素的影响 191
4.1.3药物－受体相互作用模型 192
4.1.4药物的化学结构与生物活性的关系（SAR） 193
4.1.5定量构效关系（QSAR） 196
4.1.6三维定量构效关系（3D～QSAR） 208
4.2有关理论计算、技术和设备 211
4.2.1理论计算基础 211
4.2.2重要技术 215
4.2.3计算机硬件和软件 222
4.3计算机辅助药物设计的意义 224
4.3.1合理药物设计的概念 224
4.3.2计算机辅助药物设计的产生和作用 225
4.3.3计算机辅助药物设计的特征 226
4.4计算机辅助药物设计的方法学 228
4.4.1三维结构搜寻 229
4.4.2全新药物设计（直接药物设计） 233
4.4.3间接药物设计 238
4.5计算机辅助药物设计应用实例 246
4.5.1抗流感病毒药物设计——基于唾液酸酶结构的直接药物设计 246
4.5.2人体免疫缺陷病毒（HIV）蛋白酶抑制剂的设计——基于靶点结构的三维结构搜寻法直接药物设计 247
4.5.3抗寄生虫药物设计——经同源蛋白模建和三维结构搜寻的直接药物设计 251
4.5.4二氢叶酸还原酶（DHFR）抑制剂的研究——受体受点的确定和原子生成法全新药物设计 252
4.5.5ACE拮抗剂的设计——计算机建立药效基团模型 261
4.5.6 5-HT3受体拮抗剂的研究——间接药物设计 264
主要参考文献 279
阅读材料 281
索引 283