第1章 概论 1
1.1 本章简介 1
1.2 序列测定 1
1.3 什么是生物信息学 3
1.4 序列和结构 4
1.5 基因组计划 5
1.6 人类基因组计划现状 7
1.7 生物信息学的重要性 8
1.8 模式识别和结构功能预测 10
1.9 蛋白质折叠问题 12
1.10 分子伴侣 13
1.11 序列分析 14
1.12 同源性和相似性 15
1.13 生物信息学研究中的挑战性问题 17
1.14 本章小结 20
1.15 进一步阅读指南 21
第2章 信息网络 24
2.1 本章简介 24
2.2 因特网 24
2.3 IP地址 25
2.4 因特网上的实用工具 26
2.5 万维网 27
2.6 网络浏览器 27
2.7 HTTP，HTML和URL 29
2.8 欧洲分子生物学网络组织 31
2.9 美国国家生物技术信息中心——NCBI 38
2.10 网络导游 39
2.11 本章小结 41
2.12 进一步阅读指南 41
2.13 有关网址 42
第3章 蛋白质数据库 43
3.1 本章简介 43
3.2 生物信息数据库 43
3.3 序列数据库 45
3.4 蛋白质序列复合数据库 52
3.5 蛋白质序列二次数据库 55
3.6 蛋白质序列模式复合数据库 75
3.7 结构分类数据库 75
3.8 本章小结 79
3.9 进一步阅读指南 80
3.10 有关网址 82
第4章 基因组信息资源 83
4.1 本章简介 83
4.2 DNA序列数据库 83
4.3 特定基因组资源 91
4.4 本章小结 95
4.5 进一步阅读指南 95
4.6 有关网址 96
第5章 DNA序列分析 97
5.1 本章简介 97
5.2 DNA序列分析的意义 97
5.3 基因结构与DNA序列 99
5.4 DNA序列分析 102
5.5 EST数据库搜索 108
5.6 寻找基因的两种途径 112
5.7 细胞表达谱 113
5.8 cDNA文库和EST 114
5.9 EST序列数据库 115
5.10 EST数据对DNA数据库的影响 120
5.11 EST序列分析示例 124
5.12 本章小结 129
5.13 进一步阅读指南 130
第6章 双序列比对 131
6.1 本章简介 131
6.2 数据库检索和数据库搜索 131
6.3 字母表和复杂度 133
6.4 算法和程序 133
6.5 双序列比对简例 133
6.6 子序列 134
6.7 同一性和相似性 135
6.8 点阵图 142
6.9 局部相似性和整体相似性 145
6.10 整体比对算法 146
6.11 局部比对算法 150
6.13 基于双序列比对的数据库搜索 153
6.12 动态规划算法 153
6.14 本章小结 159
6.15 进一步阅读指南 160
第7章 多序列比对 162
7.1 本章简介 162
7.2 多序列比对的意义 162
7.3 多序列比对的定义 163
7.4 调和序列 164
7.5 算法复杂性 165
7.6 手工比对方法 166
7.7 同步法 168
7.8 步进法 168
7.9 多序列比对数据库 170
7.10 基于多序列比对的数据库搜索 174
7.11 本章小结 175
7.12 进一步阅读指南 176
第8章 二次数据库搜索 177
8.1 本章简介 177
8.2 二次数据库搜索的意义 177
8.3 二次数据库的内容 178
8.4 本章小结 198
8.5 进一步阅读指南 199
第9章 数据库搜索实例 200
9.1 本章简介 200
9.2 基本方法 200
9.3 判断搜索结果 219
9.4 结构和功能分析 220
9.5 本章小结 226
9.6 进一步阅读指南 227
10.2 序列分析软件包 228
第10章 序列分析软件包 228
10.1 本章简介 228
10.3 商业数据库 232
10.4 商业软件包 232
10.5 综合软件包 233
10.6 其他DNA序列分析软件 237
10.7 内联网软件包 238
10.8 因特网软件包 240
10.9 本章小结 243
10.10 进一步阅读指南 243
10.11 有关网址 244
中译版参考书目 245
词汇表(汉英部分) 247
词汇表(英汉部分) 262
译后记 277