第一篇 放线菌系统学原理及实验方法 3
第一章 概论 3
1.1 放线菌在微生物系统学中的地位 3
1.2 放线菌生物学的发展 5
1.3 放线菌生物技术的发展 11
1.4 放线菌资源的开发与利用 15
主要参考文献 24
第二章 放线菌系统分类学的过去和现在 27
2.1 国外概况 27
2.2 国内概况 30
2.3 几个值得重视的问题 31
主要参考文献 32
第三章 形态特征和培养特征在分类中的意义 33
3.1 放线菌的基本形态 33
3.2 放线菌形态特征和培养特征的稳定性 36
3.3 形态分化的分子机制 37
主要参考文献 39
第四章 生理生化特性 40
4.1 生理生化实验的内容 40
4.2 实验方法 40
4.3 API细菌数值鉴定系统 47
4.4 Biolog全自动和手动细菌鉴定系统 52
主要参考文献 53
第五章 化学分类原理 54
5.1 细胞壁化学类型 55
5.2 全细胞水解物糖类型 66
5.3 磷酸类脂分析 69
5.4 醌组分分析 74
5.5 枝菌酸分析 79
5.6 脂肪酸分析 80
5.7 全细胞蛋白SDS-PAGE分析 87
5.8 核糖体蛋白双向凝胶电泳（2D-PAGE）分析 90
主要参考文献 91
第六章 分子系统学原理及方法 93
6.1 核酸的提取、分离与纯化 93
6.2 聚合酶链反应 99
6.3 凝胶电泳技术 108
6.4 16S rRNA基因序列分析 119
6.5 DNA(G+C)mol％测定 119
6.6 DNA同源性分析 129
6.7 RNA同源性分析 135
6.8 DNA分子指纹分析 136
6.9 DNA探针及其应用 140
6.10 特异性引物应用于菌株的快速鉴别 143
主要参考文献 147
第七章 生物信息学在放线菌系统学中的应用 150
7.1 提交序列到数据库 150
7.2 16S rRNA系统进化树的构建 155
7.3 RNA二级结构分析在分类学中的应用 189
主要参考文献 199
第八章 多相分类 202
8.1 种的概念 202
8.2 属的概念 202
8.3 哪些菌株值得进行分类鉴定 202
8.4 放线菌分类鉴定的基本程序 203
8.5 有效发表的刊物 205
8.6 如何撰写论文 205
8.7 投稿 207
主要参考文献 207
第二篇 各论 211
第一章 放线菌在原核生物中的地位 211
1.1 放线菌纲的建立 211
1.2 放线菌门的研究进展 213
主要参考文献 218
第二章 放线菌亚目 220
2.1 放线菌科及主要属 220
主要参考文献 231
第三章 丙酸杆菌亚目 234
3.1 丙酸杆菌科及主要属 234
3.2 类诺卡氏菌科及主要属 241
主要参考文献 253
第四章 微球菌亚目 255
4.1 微球菌科及各属 261
4.2 博戈里亚湖菌科及各属 270
4.3 短杆菌科及各属 271
4.4 纤维单孢菌科及各属 273
4.5 皮杆菌科及各属 276
4.6 皮生球菌科及各属 280
4.7 嗜皮菌科及各属 281
4.8 间孢囊菌科及各属 283
4.9 琼斯氏菌科及各属 291
4.10 微杆菌科及各属 292
4.11 原小单孢菌科及各属 309
4.12 稀有杆菌科及各属 314
4.13 血杆菌科及各属 315
4.14 阎氏菌科及各属 315
4.15 布登堡菌科及各属 317
主要参考文献 319
第五章 棒杆菌亚目 323
5.1 棒杆菌科及各属 325
5.2 迪茨氏菌科及各属 330
5.3 戈登氏菌科及各属 332
5.4 分枝杆菌科及各属 336
5.5 诺卡氏菌科及各属 343
5.6 慢反应脂肪酸菌科及各属 351
5.7 冢村氏菌科及各属 352
5.8 威廉姆斯氏菌科及各属 354
主要参考文献 356
第六章 假诺卡氏菌亚目 359
6.1 假诺卡氏菌科及主要属 359
6.2 束丝放线菌科及主要属 372
主要参考文献 379
第七章 链霉菌亚目 381
7.1 链霉菌科及主要属 381
主要参考文献 387
第八章 链孢囊菌亚目 390
8.1 拟诺卡氏菌科及主要属 391
8.2 链孢囊菌科及主要属 396
8.3 高温单孢菌科及主要属 408
主要参考文献 417
第九章 小单孢菌亚目 418
9.1 小单孢菌科及主要属 418
主要参考文献 435
第十章 弗兰克氏菌亚目 436
10.1 弗兰克氏菌亚目各科的系统发育关系 436
10.2 弗兰克氏菌科及主要属 441
10.3 嗜地皮菌科及主要属 443
10.4 中村氏菌科及主要属 447
10.5 鱼孢菌科及主要属 448
10.6 热酸菌科及主要属 449
10.7 “动孢菌科”及主要属 450
主要参考文献 453
第十一章 糖霉菌亚目 455
11.1 糖霉菌科及主要属 455
主要参考文献 457
第十二章 未归类各属 459
12.1 双孢放线菌属 459
12.2 珊瑚放线菌属 460
12.3 卓孢菌属 461
12.4 佩尔泽氏菌属 461
12.5 苏黎世菌属 462
主要参考文献 462
第十三章 高温放线菌科 464
13.1 高温放线菌属 465
13.2 莱斯氏属 466
13.3 黄色高温微杆菌属 466
13.4 清野氏菌属 467
13.5 直丝菌属 467
主要参考文献 468
附录：放线菌科属名录 469