第1章 禾谷多黏菌传麦类病毒 1
1.1 大麦黄花叶病毒属（Bymovirus） 2
1.1.1 Bymovirus属成员病害症状、病毒粒子形态和细胞病理学特征 2
1.1.2 大麦黄花叶病毒（Barley yellow mosaic virus,BaYMV） 2
1.1.3 大麦和性花叶病毒（Barley mild mosaic virus,BaMMV） 6
1.1.4 小麦黄花叶病毒（Wheat yellow mosaic virus,WYMV）和小麦梭条斑花叶病毒（Wheat spindle streak mosaic virus,WSSMV） 8
1.1.5 燕麦花叶病毒（Oat mosaic virus,OMV） 15
1.1.6 Bymovirus属成员相互关系及结构特征分析 19
1.2 真菌传杆状病毒属（Furovirus） 26
1.2.1 土传小麦花叶病毒（Soil-borne wheat mosaic virus,SBWMV） 26
1.2.2 中国小麦花叶病毒（Chinese wheat mosaic virus,CWMV） 28
1.2.3 燕麦金色条纹病毒（Oat golden stripe virus,OGSV）和欧洲小麦花叶病毒（European wheat mosaic virus,EWMV） 30
1.2.4 Furovirus属成员特征和系统进化关系 33
1.3 Furovirus属、Bymovirus属成员与禾谷多黏菌介体间的相互关系 37
1.3.1 禾谷多黏菌的分类地位 37
1.3.2 介体与病毒的关系 38
1.3.3 多黏菌传毒相关蛋白 39
1.4 麦类作物对Furovirus属和Bymovirus属成员的抗性机理研究 43
1.4.1 小麦对SBWMV的抗性机理 43
1.4.2 大麦对BaYMV和BaMMV的抗性机理 43
1.4.3 小麦对WSSMV的抗性机理 44
第2章 一些十字花科作物上的芜菁花叶病毒基因组差异及同源重组的证据 48
2.1 芜菁花叶病毒（Turnip mosaic virus,TuMV）分离物基因组3′端序列差异 48
2.2 系统进化树分析 52
第3章 马蹄莲和芋艿上芋花叶病毒的分子鉴定和序列差异分析 54
3.1 芋花叶病毒（Dasheen mosaic virus,DsMV）病样 54
3.2 DsMV-M13普通生物学特征 55
3.3 DsMV-M13基因组结构 56
3.4 DsMV分离物序列比较 59
3.5 DsMV-M13和马铃薯Y病毒属（Potyvirus）其他成员的比较 59
第4章 长豇豆线状病毒病原的分子鉴定 65
4.1 长豇豆病害线状病毒病原普通生物学特征 65
4.2 菜豆普通花叶病毒（Bean common mosaic virus,BCMV）长豇豆R和Y分离物基因组结构特征 66
4.3 基因组全序列差异 67
4.4 系统进化树分析 68
第5章 大豆和半夏上的大豆花叶病毒鉴定和分子差异 72
5.1 大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus,SMV）Y5株系 72
5.1.1 SMV Y5株系普通生物学特征 72
5.1.2 SMV Y5株系的基因组结构 73
5.2 SMV杭州大豆分离物基因组结构 73
5.3 杭州半夏植株上的SMV分离物（SMV-P） 73
5.3.1 SMV-P与SMV Y5株系在大豆品种反应上的差异 73
5.3.2 半夏病症、病毒粒子形态学和细胞病理学特征 74
5.3.3 SMV-P基因组部分序列特征 74
5.4 SMV分离物基因组3′端部分序列差异及系统进化树分析 75
5.5 SMV分离物基因组序列与致病性差异的可能关系 77
第6章 玉米和甘蔗花叶病害线状病毒病原的分子鉴定 80
6.1 甘蔗和玉米花叶病害症状、病毒粒子形态和细胞病理学特征 81
6.1.1 病害田间症状 81
6.1.2 病毒粒子形态及细胞病理学特征 81
6.2 病原的分子鉴定 81
6.2.1 基因组全序列及结构特征分析 82
6.2.2 甘蔗花叶病毒（Sugarcane mosaic virus,SCMV）亚组成员序列比较 84
6.2.3 进化树分析和分类学思考 91
6.2.4 SCMV亚组成员分离物序列重组分析 93
6.3 我国玉米和甘蔗花叶病毒病原鉴定问题思考 93
第7章 大蒜线状病毒分子鉴定 96
7.1 大蒜花叶病害症状、病毒粒子形态和细胞病理学特征 96
7.2 香石竹潜隐病毒属（Carlavirus）成员的分子鉴定 97
7.2.1 大蒜潜隐病毒（Garlic latent virus,GarLV）浙江ZJ1分离物基因组全序列测定及其编码蛋白功能推测 98
7.2.2 GarLV分离物的分子差异 99
7.2.3 GarLV分离物的系统进化树分析 101
7.3 马铃薯Y病毒属（Potyvirus）成员的分子鉴定 103
7.3.1 洋葱黄矮病毒（Onion yellow dwarf virus,OYDV）分离物的分子差异及系统进化树分析 103
7.3.2 韭葱黄条病毒（Leek yellow stripe virus,LYSV）分离物的分子差异及系统进化树分析 104
7.3.3 OYDV和LYSV分子差异与地理分布及寄主的可能关系 109
7.4 葱属X病毒属（Allexivirus）的分子鉴定 110
7.4.1 大蒜X病毒（Garlic virus X,GarV-X） 110
7.4.2 大蒜E病毒（Garlic virus E,GarV-E） 112
7.4.3 Allexivirus属成员基因组编码蛋白功能 112
7.4.4 Allexivirus属成员编码蛋白的比较及系统进化树分析 113
7.4.5 我国一些大蒜病样中Allexivirus属成员的鉴定 119
7.5 注释 119
第8章 薤线状病毒的分子鉴定 123
8.1 薤花叶病毒（Scallion mosaic virus,ScaMV） 123
8.1.1 ScaMV基因组全序列特征 124
8.1.2 Potyvirus属成员的分子差异及ScaMV的分类地位 124
8.2 薤X病毒（Scallion virus X,ScaVX） 130
8.2.1 ScaVX基因组全序列特征 130
8.2.2 马铃薯X病毒属（Potexvirus）成员的分子差异及ScaVX的分类地位 131
8.3 注释 141
第9章 大葱和分葱上的葱黄条病毒分子鉴定和差异分析 143
9.1 症状、病毒粒子形态及细胞病理学特征 143
9.2 葱黄条病毒（Shallot yellow stripe virus,SYSV）基因组部分序列特征 143
9.3 SYSV分离物分子差异及系统进化关系 144
9.4 侵染葱属植物的Potyvirus属成员进化关系 145
第10章 莴苣线状病毒的分子鉴定 148
10.1 症状、病毒粒子形态及细胞病理特征 148
10.2 莴苣花叶病毒（Lettuce mosaic virus,LMV）浙江分离物基因组序列特征 148
10.3 LMV分离物的分子差异 149
10.4 系统进化树分析 150
10.5 注释 151
第11章 水仙线状病毒病原的分子鉴定 153
11.1 马铃薯Y病毒科（Potyviridae）成员的分子鉴定 153
11.2 Carlavirus属成员的分子鉴定 155
第12章 人参果上的马铃薯M病毒分子鉴定 159
12.1 马铃薯M病毒（Potato virus M,PVM）人参果分离物基因组序列特征 159
12.2 与其他相关病毒分离物的同源性比较和系统进化分析 160
第13章 其他线状植物病毒的分子鉴定 164
13.1 小麦花叶病毒属（Tritimovirus） 164
13.1.1 雀麦线条花叶病毒（Brome streak mosaic virus,BrStMV） 164
13.1.2 小麦线条花叶病毒（Wheat streak mosaic virus,WSMV） 165
13.2 黑麦草花叶病毒属（Rymovirus） 166
13.2.1 冰草花叶病毒（Agropyron mosaic virus,AgMV） 166
13.2.2 黑麦草花叶病毒（Ryegrass mosaic virus,RgMV） 166
13.3 马铃薯Y病毒属（Potyvirus） 167
13.3.1 芹菜花叶病毒（Celery mosaic virus,CeMV） 167
13.3.2 马铃薯A病毒（Potato virus A,PVA） 168
13.3.3 甘薯羽状斑驳病毒（Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV） 169
13.3.4 菜豆黄花叶病毒（Bean yellow mosaic virus,BYMV） 171
13.3.5 菜豆普通花叶病毒花生条纹株系（Bean common mosaic virus-strain Peanut stripe virus,BCMV-PStV） 172
13.3.6 马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY） 172
13.3.7 百合斑驳病毒（Lily mottle virus,LMoV） 173
13.3.8 小西葫芦黄花叶病毒（Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV） 175
13.4 香石竹潜隐病毒属（Carlavirus） 177
13.4.1 百合无症病毒（Lily symptomless virus,LSV） 177
13.4.2 马铃薯S病毒（Potato virus S,PVS） 178
第14章 长叶车前花叶病毒上海分离物的分子特征及其与油菜花叶病毒的相似性 181
14.1 长叶车前花叶病毒（Ribgrass mosaic virus,RMV）上海分离物的基因组序列特征 181
14.2 相关病毒序列同源性比较 182
14.3 侵染十字花科植物的烟草花叶病毒属（Tobamovirus）成员系统进化树分析 183
第15章 我国玉米粗缩病、小麦绿矮病和水稻黑条矮缩病病原的分子鉴定 186
15.1 水稻黑条矮缩病毒（Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV）浙江水稻分离物 187
15.1.1 基因组全序列特征 187
15.1.2 RBSDV基因组各片段的结构及编码蛋白可能功能 188
15.2 我国玉米粗缩病和小麦绿矮病病原均为RBSDV 195
15.2.1 基因组片段S7序列分析 196
15.2.2 基因组片段S8序列分析 196
15.2.3 基因组片段S9序列分析 197
15.2.4 基因组片段S10序列分析 197
15.2.5 系统进化分析 197
15.3 呼肠孤病毒科（Reoviridae）成员系统进化关系 199
第16章 马铃薯Y病毒属成员的基因组全序列的扩增方法 202
16.1 马铃薯Y病毒属（Potyvirus）简并引物的设计 202
16.1.1 Potyvirus属基因组编码蛋白氨基酸序列的多重序列比较分析 203
16.1.2 Potyvirus属成员简并PCR引物的设计 225
16.2 Potyvirus属成员基因组全序列PCR扩增流程 226
16.2.1 模板RNA制备 226
16.2.2 第一链cDNA合成 226
16.2.3 基因组RNA 3′端序列的快速扩增 227
16.2.4 简并引物PCR 229
16.2.5 病毒基因组RNA 5′端序列的快速扩增（5′-RACE） 229
第17章 线状植物病毒概论 232
17.1 马铃薯Y病毒科（Potyviridae） 232
17.1.1 马铃薯Y病毒属（Potyvirus） 235
17.1.2 大麦黄花叶病毒属（Bymovirus） 242
17.1.3 甘薯病毒属（Ipomovirus） 242
17.1.4 桑橙病毒属（Macluravirus） 242
17.1.5 黑麦草花叶病毒属（Rymovirus） 243
17.1.6 小麦花叶病毒属（Tritimovirus） 243
17.2 马铃薯X病毒属相似病毒（“Potex-like”viruses） 243
17.2.1 马铃薯X病毒属（Potexvirus） 243
17.2.2 香石竹潜隐病毒属（Carlavirus） 246
17.2.3 葱属X病毒属（Allexivirus） 248
17.2.4 凹陷病毒属（Foveavirus） 249
17.3 发形病毒属（Capillovirus） 250
17.4 纤毛病毒属（Trichovirus） 251
17.5 葡萄病毒属（Vitivirus） 251
17.6 长线形病毒科（Closteroviridae） 251
17.6.1 长线形病毒属（Closterovirus） 252
17.6.2 毛形病毒属（Crinivirus） 253
17.6.3 热休克蛋白70类似蛋白 254
17.7 一些病毒编码蛋白的主要功能 254
17.7.1 外壳蛋白（coat protein,CP） 254
17.7.2 复制酶（replicase） 255
17.7.3 运动蛋白（movement protein,MP） 255
17.7.4 辅助蛋白（auxiliary protein） 256
附录Ⅰ：本研究测定的重要植物病毒序列 262
附录Ⅱ：本研究发表的主要论文 378
附录Ⅲ：本研究获得的资助 385