第1章 绪论 1
1.1 核酸碱基的正常结构与异构体研究 4
1.2 碱基与电子作用的研究 6
1.3 碱基质子化的研究 9
1.4 碱基与溶剂水分子作用的研究 11
1.5 碱基与金属离子作用的研究 13
1.6 碱基与其它客体分子作用的研究 17
1.7 小结 19
1.8 我们的工作 19
参考文献 21
第2章 研究方法及其理论基础 30
2.1 第一性原理与Hartree-Fock近似 31
2.2 从头计算方法（ab initio Method） 33
2.3 密度泛函方法（DFT） 35
2.4 分子力学方法和分子动力学方法 38
2.5 Gaussian98（03）程序 40
2.5.1 程序功能 41
2.5.2 结构优化与频率分析 41
2.5.3 分子轨道分析 48
2.5.4 自然键轨道分析 48
2.5.5 分子中的原子（AIM）分析 50
2.5.6 分子间相互作用的研究方法 52
2.5.7 过渡态的寻找计算 56
参考文献 56
第3章 碱基-BH3复合物的研究 59
3.1 引言 59
3.2 胸腺嘧啶-BH3复合物 60
3.2.1 计算方法 60
3.2.2 结果与讨论 61
3.2.3 小结 70
3.3 鸟嘌呤-BH3复合物 70
3.3.1 计算方法 70
3.3.2 结果与讨论 71
3.3.3 小结 81
3.4 腺嘌呤-BH3复合物 82
3.4.1 计算方法 82
3.4.2 结果与讨论 83
3.4.3 小结 90
3.5 胞嘧啶-BH3复合物 91
3.5.1 计算方法 93
3.5.2 结果与讨论 93
3.5.3 小结 99
3.6 尿嘧啶-BH3复合物 100
3.6.1 计算方法 101
3.6.2 结果与讨论 101
3.6.3 小结 106
参考文献 107
第4章 碱基-BX3（X=F,Cl）复合物的研究 111
4.1 引言 111
4.2 鸟嘌呤-BX3（X=F,Cl）复合物 112
4.2.1 计算方法 112
4.2.2 结果与讨论 113
4.2.3 小结 125
4.3 腺嘌呤-BX3（X=F,Cl）复合物 126
4.3.1 计算方法 126
4.3.2 结果与讨论 126
4.3.3 小结 136
4.4 胞嘧啶-BX3（X=F,Cl）复合物 136
4.4.1 计算方法 136
4.4.2 结果与讨论 137
4.4.3 小结 149
4.5 尿嘧啶-BX3（X=F,Cl）复合物 150
4.5.1 计算方法 150
4.5.2 结构与讨论 151
4.5.3 小结 163
参考文献 163
第5章 碱基-CO复合物的研究 165
5.1 引言 165
5.2 计算方法 166
5.3 结果与讨论 166
5.3.1 复合物的几何结构 172
5.3.2 复合物的结合能与稳定性 173
5.3.3 复合物的振动分析 174
5.3.4 自然键轨道分析 175
5.3.5 复合物的AIM分析 176
5.4 小结 176
参考文献 177
第6章 碱基-NO复合物的研究 179
6.1 引言 179
6.2 计算方法 180
6.3 结果与讨论 181
6.3.1 复合物的几何结构 186
6.3.2 复合物的结合能与稳定性 187
6.3.3 复合物的振动分析 188
6.3.4 自然键轨道分析 189
6.3.5 复合物的AIM分析 190
6.4 小结 190
参考文献 191
第7章 主要结论与展望 193
7.1 主要结论 193
7.2 展望 196