1．工业生物转化的历史——梦想与现实 1
1.1 从“醋花”（flower of vinegar）到重组E.coli——微生物生物转化的历史 1
1.2 从胃液到淀粉糖化酶T——酶促生物转化（enzymatic biotransformations）的历史 10
1.3 从酒瓶到现代化设备——生物化学工程的历史 19
1.4 生物转化相比较于传统化学的优势 23
2．酶的分类 31
2.1 酶的命名 31
2.2 酶的分类 33
2.2.1 EC 1氧化还原酶（oxidoreductases） 33
2.2.2 EC 2转移酶（transferases） 37
2.2.3 EC 3水解酶（hydrolases） 39
2.2.4 EC 4裂合酶（lyases） 42
2.2.5 EC 5异构酶（isomerases） 43
2.2.6 EC 6连接酶（ligases） 46
3．逆合成生物催化 48
3.1 烷烃（alkanes） 48
3.2 烯烃（alkenes） 48
3.3 胺（amines） 49
3.4 醇（alcohols） 49
3.5 醛（aldehydes） 51
3.6 酮（ketones） 51
3.7 环氧化物（epoxides） 52
3.8 二醇（diols） 52
3.9 羧酸（carboxylic acids） 53
3.10 酯（esters） 54
3.11 酰胺（amides） 54
3.12 亚胺（imines） 55
3.13 氨基酸（amino acids） 55
3.14 羟基酸（hydroxy acids） 57
3.15 α-羟基酮（α-hydroxy ketones） 58
3.16 β-羟基醛、酮或羧酸（β-hydroxy aldehydes,ketones或carboxylic acids） 59
3.17 氰醇、半硫缩醛和半缩醛胺（cyanohydrins,hemithioacetals和hemiaminals） 60
3.18 亚砜和砜（sulfoxides和sulfones） 60
3.19 卤化物（halides） 61
3.20 芳香化合物（aromatics） 61
3.21 环式化合物（cyclic compounds） 62
3.22 糖类（carbohydrates） 62
3.23 过氧化物（peroxides） 63
3.24 异构体（isomers） 63
3.25 逆合成生物转化的例子 64
3.25.1 例1 64
3.25.2 例2 65
4．通过分子工程进行工业酶的优化 69
4.1 介绍 69
4.2 向自然学习 70
4.3 利用细菌表达宿主生产酶 70
4.4 通过分子工程技术改进酶 73
4.4.1 理性酶设计 73
4.4.2 定向进化 74
4.4.3 随机突变方法 75
4.5 识别改进的酶变体 79
4.6 结论和未来的展望 81
5．生物反应工程基础 89
5.1 定义 89
5.1.1 过程定义 89
5.1.2 单元操作的定义 94
5.2 生物催化剂动力学 96
5.2.1 生物催化剂的类型 96
5.2.2 酶结构 97
5.2.3 动力学 97
5.3 反应器的基本类型及操作方式 102
5.3.1 质量和能量平衡 104
5.4 生物催化剂的循环与回收 106
5.4.1 包埋（entrapment） 107
5.4.2 交联（cross-linking） 108
5.4.3 共价结合（covalent binding） 109
5.4.4 膜过滤 109
5.5 反应参数 110
5.6 生物反应器的放大 110
5.7 最近的发展与趋势 111
6．生物转化过程 115
7．工业生物转化的量化分析 450
索引 455
酶的索引（按拼音顺序） 455
菌株的索引（按拼音顺序） 462
公司的索引（按英文字母顺序） 469
开始材料的索引（按拼音顺序） 476
产品的索引（按拼音顺序） 488