第一部分 培养物的确认和直接检测探针 1
第1章 荧光原位杂交在微生物学诊断中的应用 2
第2章 用于培养菌确认和细菌感染直接检测的DNA探针：技术综述 25
第3章 商品化试剂盒在临床微生物实验室的应用：方法选择和质量保证 35
第二部分 核酸扩增技术 48
第4章 体外扩增技术的发展 49
第5章 核酸体外扩增技术 52
第6章 实时PCR 88
第7章 核酸扩增方法：实验室设计和操作 109
第8章 分子定量的方法：结果的标准化、分析和实验室质量控制 121
第三部分 突变检测和诊断测序 169
第9章 突变筛查策略：综述 170
第10章 突变扫描 175
第11章 突变检测：基于PCR的方法 184
第12章 自动化DNA测序 193
第13章 分子种系发生分析 203
第四部分 分子分型方法 229
第14章 近10多年来细菌分型的进展：个人回顾 230
第15章 脉冲场凝胶电泳 233
第16章 基于PCR扩增的微生物分型 250
第17章 用可变数目串联重复序列进行细菌基因分型 285
第18章 多位点测序分型（MLST）：菌株鉴定、菌群生物学和进化遗传模式的研究工具 299
第19章 自动化核糖体分型 311
第20章 流行病学中的分子亚型：图谱模式可比性问题和数据解释 329
第五部分 检测方法学 339
第21章 扩增产物的检测 340
第22章 凝胶电泳、Southe杂交和限制性酶切片段长度多态性分析 345
第23章 扩增子检测与鉴定的微孔板检测系统 354
第24章 应用多色分子信标方法检测病原体 359
第25章 荧光共振能量转移系统 369
第26章 利用质谱技术和蛋白质组学方法进行诊断和疫苗筛选 386
第六部分 细菌病原体检测和鉴定 400
第27章 理想方法——应用核酸扩增技术检测和鉴定细菌性病原体 401
第28章 杜克嗜血杆菌、苍白密螺旋体和生殖道支原体的PCR检测 436
第29章 16S rDNA序列测定在临床微生物实验室细菌鉴定中的应用 453
第30章 广谱PCR在细菌检测及鉴定方面的应用 474
第31章 微生物耐药基因及耐药相关突变的检测 490
第32章 基因组信息在细菌感染诊断、管理和控制中的应用：以金黄色葡萄球菌基因组研究为例 514
第33章 与生物恐怖有关的病原体检测 528
第七部分 病毒检测和鉴定 537
第34章 DNA病毒检测 538
第35章 RNA病毒检测 554
第36章 病毒载量测定 601
第37章 病毒基因分型 619
第38章 人类1型免疫缺陷性病毒（HIV-1）药物敏感性的表型测定 633
第39章 新出现病毒病原体 667
第40章 分子病毒学的现在和未来 684
第八部分 病原真菌检测和鉴定 692
第41章 病原真菌的分子检测与鉴定 693
第42章 基于序列分析的真菌鉴定和分类 705
第43章 真菌抗药性的分子检测 717
第九部分 寄生虫检测和鉴定 728
第44章 寄生虫病分子诊断学的发展、应用与未来 729
第45章 分子技术在隐孢子虫检测、种属鉴定与基因分型方面的应用 733
第46章 疟疾检测和抗药性遗传标记鉴定的分子方法 759
第十部分 阵列技术的应用 780
第47章 杂交阵列技术 781
第十一部分 宿主遗传学和药物基因组学 809
第48章 人类基因组、遗传多态性和疾病管理 810
第49章 细胞色素P-450的遗传多态性、药物转运载体和感染性疾病的管理 826
第50章 宿主对微生物感染的易感性与癌症 847
第51章 基因组学和DNA变异：微生物感染性疾病易感性和感染结果的决定因素 857
第十二部分 实验室标准化、能力验证、质控标准和监控 870
第52章 诊断分子微生物学的外部质量评价和能力验证 871
第53章 实验室质控品和标准品 878