第1章 点样微阵列探针的生成 1
导言 1
方案 4
1.cDNA克隆集的复制和储存 4
附加方案：使用冷冻菌种 8
2.来自细菌克隆集探针的PCR扩增 9
可选方案：作为扩增模板的质粒DNA的制备 16
3.PCR产物的纯化 17
可选方案：用乙醇沉淀法纯化扩增产物 18
4.PCR产物的观察和评估 19
附加方案：用PicoGreen进行定量 22
5.点样法阵列备用DNA的重新悬浮及储存 23
6.从酵母中分离和扩增用于阵列的材料 25
信息栏 30
克隆集 30
点样微阵列中使用的对照 36
基因组和cDNA文库中T1噬菌体的预防和检测 38
长链寡核苷酸的点样：替代用于表达分析的cDNA阵列 42
酵母探针 44
参考文献 49
因特网资源 51
第2章 玻璃微阵列的点样 53
导言 53
方案 62
1.制备用于微阵列的聚L-赖氨酸玻片 62
2.在玻片上点样 64
3.检查印刷玻片的质量 72
替代方案：利用标记的引物杂交 75
4.鹅毛笔针的保养与清洗 77
信息栏 80
微阵列接触印刷使用的点样仪与点样针 80
用于点样的基底 86
参考文献 89
因特网资源 89
第3章 RNA的表达分析 90
导言 91
PARTⅠ RNA分离 92
导言 92
方案 97
1.来自哺乳动物组织和细胞的总RNA的纯化 97
替代方案：从OCT包埋的病理样品中提取RNA 103
2.用FastPrep仪器从组织中分离总RNA 105
3.用TRIzol从植物组织中分离总RNA 106
4.松树方法分离植物RNA 109
5.用FastTrack分离poly（A）＋RNA 111
6.分离膜结合的多核糖体RNA 115
7.用批量制备色谱法分离poly（A）＋RNA 122
8.用CsCl溶液超速离心分离RNA 124
9.酵母总RNA的纯化 127
替代方案：用锁相胶纯化RNA 130
10.E.coli RNA的纯化 130
11.从单细胞和少量组织中分离和扩增RNA 134
替代方案：组织切片中RNA的原位转录 145
附加方案：切片的吖啶橙染色 147
12.RNA通用参考集 148
PARTⅡ 标记和杂交 152
导言 152
方案 156
13.用反转录酶进行cDNA第一链的荧光标记 156
替代方案：荧光标记的cDNA的纯化和浓缩（Microcon YM-30） 163
14.用氨基-烯丙基染料对DNA进行间接荧光标记 164
15.用于为筛选DNA微阵列筛选产生靶序列的mRNA制备物的扩增 170
附加方案：标记aRNA 178
16.用于表达分析的少量mRNA的扩增 179
17.用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记第二链DNA 188
替代方案：用E.coli DNA聚合酶的Klenow片段标记基因组DNA 191
18.用生物素化核苷标记扩增RNA来与寡核苷酸阵列杂交 192
附加方案：生物素化cRNA的片段化 196
19.未掺入的Cy染料的回收：使用HPLC重新纯化 197
20.杂交和杂交后洗涤 201
附加方案：微阵列玻片的叠放 211
疑难解答指南 211
信息栏 225
Alexa染料 225
细菌微阵列 226
用酚抽提蛋白质和DNA 229
甲酰胺 230
采用胍盐抽提RNA 232
动物细胞及组织的匀浆 233
抑制RNase 234
哺乳动物、植物和细菌的RNA 236
测量DNA染料标记的效率 238
鼠白血病病毒反转录酶 239
oligo-（dT）纤维素 240
RNA的定量 240
RNA操作的特别注意事项 242
RNA的保存和回收 243
参考文献 244
因特网资源 252
第4章 膜点样cDNA阵列 253
导言 253
PART Ⅰ 膜阵列的制备和杂交 254
方案 255
1.膜阵列的点样 255
2.RNA的制备和标记 258
3.靶分子与膜阵列的杂交 260
附加方案：靶分子的清除和膜的重新利用 262
PARTⅡ 数据的分析和解释 264
参考文献 265
因特网资源 266
第5章 组织显微切割 267
导言 267
PART Ⅰ 徒手显微切割和激光俘获显微切割 273
导言 273
方案 275
1.徒手显微切割 275
替代方案：冰冻组织样品的显微切割 278
2.激光俘获显微切割 278
3.免疫-LCM 283
4.应用于表达分析的显微切割组织的处理 284
PARTⅡ 激光压力弹射 288
导言 288
方案 294
5.准备载玻片用于为LMPC进行组织切片 294
6.用于LMPC的石蜡包埋组织切片的制备 295
7.用于LMPC的新鲜冰冻组织切片的制备 297
8.使用Zincfix固定组织的LPC用于mRNA谱分析 298
9.使用液体盖玻片保护组织样品 301
10.激光显微切割和弹射后活细胞的分离 302
参考文献 306
因特网资源 309
第6章 基因组微阵列分析 310
导言 311
PARTⅠ 微阵列检测DNA拷贝数 311
导言 311
方案 314
1.cDNA微阵列比较基因组杂交 314
2.制备BACDNA用于通过连接介导PCR进行CGH 320
3.BAC基因组微阵列CGH 330
4.基于微阵列的DNA拷贝数代表性分析：靶DNA制备 335
5.基于微阵列的DNA拷贝数代表性分析：玻片制备及杂交 342
PARTⅡ 突变检测及SNP基因分型 347
导言 347
方案 349
6.SBE-标签阵列用于SNP基因分型 349
替代方案：为SBE进行多重扩增反应 364
7.Affymetrix标签阵列用于SBE SNP基因分型 368
8.高密度微阵列用于序列变异检测 376
9.SNP阵列用于杂合性缺失分析 386
PARTⅢ 基于微阵列的DNA蛋白质相互作用检测：微阵列上的染色质免疫沉淀 399
导言 399
方案 400
10.应用阵列对酵母基因组上DNA-蛋白质相互作用作图 400
11.酵母基因组的DNA-蛋白质相互作用作图：DNA扩增及标记 405
PARTⅣ SNP序列：作图数据 409
表6-7多重引物集合：SNP作图数据 409
表6-8 Affymetrix HuSNP芯片中的SNP在图谱上的位置 409
参考文献 448
因特网资源 452
第7章 基因芯片生物信息学简介 453
导言 453
PARTⅠ 微阵列表达实验的设计 456
PARTⅡ 图像分析 468
PARTⅢ 标准化 477
PARTⅣ 芯片数据的表示和评价 485
PART Ⅴ LIMS、数据库和数据管理 492
PARTⅥ聚类分析与显示 508
PARTⅦ多维尺度法和自组织图 520
信息栏 528
基因注释 528
在研究人员之间共享微阵列数据 531
参考文献 534
因特网资源 538
第8章 组织微阵列 540
导言 540
方案 543
1.制备组织微阵列 543
附加方案：手工制备组织阵列 548
2.应用组织阵列进行原位杂交 551
3.组织阵列上的免疫组织化学 565
替代方案：抗原去隐蔽和胰蛋白酶消化 576
参考文献 577
因特网资源 579
附录 580
附录1 构建全长基因文库 580
附录2 试剂、缓冲液和培养基 594
附录3 注意事项 614
附录4 供应商 620
DNA微阵列网站 621
中文版索引 622
原著索引 627