第1章 分子模拟的数学基础 1
1.1 级数 1
1.2 积分的概念和方法 3
第2章 分子模拟的生物信息学基础 13
2.1 序列比对 13
2.2 序列分析 17
2.3 蛋白质结构预测 17
2.4 基因芯片技术 24
2.5 各种数据库和网络资源 26
参考文献 27
第3章 分子模拟的物理和化学基础 28
3.1 原子间与分子间作用力 28
3.2 分子力场 32
3.3 几种常见的分子力场 38
3.4 多体问题和有效成对势能 39
3.5 溶剂介电质模型 42
3.6 量子化学计算的基本原理 45
3.7 密度泛函理论 51
参考文献 54
第4章 分子模拟基本算法 57
4.1 统计力学基础 57
4.2 Monte Carlo模拟 59
4.3 分子模拟 65
4.4 从头算分子动力学简介 77
4.5 QM／MM简介 79
4.6 能量优化算法与过渡态求解 84
参考文献 86
第5章 蛋白质结构预测 90
5.1 同源模建 91
5.2 反相折叠方法 109
5.3 从头折叠法 111
5.4 常用的网站 112
5.5 常用软件 114
参考文献 116
第6章 药物设计的统计方法 117
6.1 早期的探索 117
6.2 二维定量构效关系 117
6.3 三维定量构效关系 121
6.4 更高维定量构效关系 134
6.5 数据统计分析方法 136
参考文献 147
第7章 药物设计的信息系统 149
7.1 化学信息系统 149
7.2 组合化学信息管理系统 151
7.3 生物信息数据库和软件 153
7.4 数据库搜索技术 160
参考文献 163
第8章 药物代谢与精准医学 165
8.1 细胞色素P450酶简介 166
8.2 细胞色素P450酶在生物信息学、功能基因组学及代谢组学中的研究 174
8.3 单核苷酸多态性与精准医学 177
8.4 人类细胞色素P450酶中单核苷酸多态性的精准预测 185
8.5 单核苷酸多态性对细胞色素P450酶活性的影响 201
参考文献 227
第9章 药物组合与多靶标药物设计 230
9.1 化学相似性系综法预测蛋白-配体相互关系 230
9.2 基于化学倾向性的蛋白-配体关系预测 242
9.3 基于药物作用网络和信号通路的药物对组合研究 257
参考文献 275
第10章 计算机辅助药物设计应用实例 279
10.1 抗SARS的药物设计 279
10.2 HIV蛋白酶抑制剂的筛选 302
10.3 流感病毒神经氨酸酶抑制剂的研究 309
10.4 定量构效关系与噁唑烷酮抗菌药物的设计 337
参考文献 351
第11章 花椒素的发现及其药理药效 355
11.1 阿尔茨海默病与烟碱乙酰胆碱受体 355
11.2 花椒素的发现和结构改造 360
11.3 花椒素抗老年痴呆的研究 374
11.4 花椒素的安全性 380
11.5 花椒素对皮肤的抗衰老作用 381
11.6 小结 386
附录 18个小分子的结构 386
参考文献 388
索引 391
彩图 393