历史概述 1
本书初版刊行前关于物种起源的见解的发展 1
绪论 9
第一章 人工养殖状况下的变异 13
变异性的诸原因 15
特性和器官的使用和不使用的效果；相关变异；遗传 17
人工养殖变种的性状；区别变种和物种的困难；人工养殖变种起源于一个或一个以上的物种 20
家鸽的品种；它们的差异和起源 23
古代所依据的选择原理及其效果 28
无意识的选择 31
人工选择的有利条件 35
第二章 自然状况下的变异 39
个体差异 42
可疑的物种 43
分布广的、分散大的和普通的物种变异最多 49
与小属的物种相比，各地大属的物种变异更频繁 50
正如变种那样，大属里很多物种，存在着紧密的但不均等的互相联系，并且有受到限制的分布区域 52
提要 53
第三章 生存斗争和自然选择的关系 55
当作广义使用的生存斗争这一名词 58
按几何比率的增加 59
抑制增加的性质 61
在生存斗争中所有动植物互相之间的复杂关系 63
生存斗争以在同种个体间及变种间最为剧烈 67
第四章 自然选择——即最适者生存 69
自然选择的力量 71
性的选择 75
自然选择；即适者生存的作用的事例 78
个体杂交 82
通过自然选择产生新类型的有利条件 86
自然选择引致灭绝 90
性状分歧 91
通过性状分歧和灭绝，自然选择对一个共同祖先的后代可能发生的作用 94
论生物体制倾向进步的程度 100
性状的趋同 103
提要 105
第五章 变异的法则 109
环境改变的影响 111
受自然选择所控制的器官增加使用和不使用的效果 112
风土驯化 116
相关变异 118
生长的补偿与节约 120
重复的、残迹的、体制低下的构造有更多的机会产生变异 121
比起近似物种里的同一部分，任何一个物种的异常发达的部分都更易于有高度变异的倾向 122
物种的性状比属的性状更有机会变异 125
副性征易起变异 126
不同的种会呈现类似的变异，所以一个变种常会具备它的近缘种的性质，或者重现它祖先的若干性质 127
提要 133
第六章 学说的难点 135
论过渡变种的不存在或稀有 137
论具备特殊特性和构造的生物之起源和过渡 141
极端完善的和复杂的器官 145
过渡的方式 148
自然选择学说的特殊难点 151
外表不很关键的器官受自然选择的影响 156
功利说有多少真实性，美是如何获得的 159
提要：自然选择学说所包括的模式统一法则和生存条件法则 163
第七章 对于自然选择学说的种种异议 167
第八章 本能 199
在人工养殖动物中特性或本能的遗传变化 204
特殊的本能 207
反对将自然选择学说应用在本能上的意见：中性的和不育的昆虫 220
提要 225
第九章 杂种性质 227
不育性的程度 229
支配第一次杂交不育性和杂交种不育性的法则 234
第一次杂交不育性和杂种不育性的起源和原因 239
相互的二型性和三型性 244
变种杂交的可育性及其混种后代的可育性不是普遍的 247
除了可育性之外，杂种与混种的比较 250
提要 252
第十章 论地质纪录的不完全 255
从沉积的速率和剥蚀的范围来推算时间的经过 258
古生物标本的贫乏 262
任何一个地质层中许多中间变种的缺乏 266
全群近似物种的忽然出现 272
近似物种群在已知的最下化石层中的忽然出现 275
第十一章 论生物在地质上的演替 281
灭绝 285
全世界生物类型几乎同时发生变化 289
灭绝物种之间的亲缘及其与现存类型之间的亲缘 292
古代生物类型与现存生物类型相比较的发展情况 297
在第三纪末期同一地域内相同模式的演替 300
前章和本章提要 302
第十二章 地理分布 305
假设的创造之单一中心 310
散布的方法 313
冰期中的散布 318
北方与南方的冰期交替 323
第十三章 地理分布（续前） 331
淡水生物广为分布 333
论海洋岛上的生物 336
两栖类与陆栖哺乳类不见于海洋岛上 339
岛屿生物与最邻近大陆上生物的关系 341
前章和本章提要 346
第十四章 生物的相互亲缘关系：形态学、胚胎学、残迹器官 351
分类 353
同功的类似 361
论连结生物的亲缘关系的性质 365
形态学 368
发生及胚胎学 373
残迹的、萎缩的与不发育的器官 381
提要 386
第十五章 复述与结论 389