第1章 Gephi简介 1
1.1 Gephi是做什么的 2
1.1.1 Gephi分析怎样的“网络” 2
1.1.2 Gephi怎样“分析”网络 3
1.2 Gephi基本情况 3
1.2.1 Gephi特性 3
1.2.2 Gephi开发简史 4
1.2.3 Gephi的基本链接 4
1.3 Gephi创始人访谈：符号学的重要性 4
第2章 Gephi的安装 13
2.1 下载Gephi 14
2.2 安装Gephi 16
2.3 Java运行时环境管理 20
2.3.1 Gephi需要Java运行环境的支持 20
2.3.2 检查Java版本 21
2.3.3 Java的下载与安装 22
2.3.4 Java虚拟机无法启动的处理 26
第3章 Gephi的界面与编辑工具 27
3.1 Gephi的启动界面 28
3.2 Gephi主界面 29
3.2.1 图窗体 29
3.2.2 4个编辑工具的位置 30
3.3 4个编辑工具的基本介绍 31
3.3.1 布局 31
3.3.2 统计 32
3.3.3 外观 32
3.3.4 滤波 32
3.4 Gephi的整体操作流程 33
第4章 图窗体的编辑工具和设置工具 35
4.1 图窗体编辑工具 37
4.1.1 全屏显示 38
4.1.2 鼠标选取范围尺寸调整 41
4.1.3 单选 43
4.1.4 矩形选取 44
4.1.5 移动 45
4.1.6 单节点涂色 46
4.1.7 节点大小调整 47
4.1.8 关联节点涂色 49
4.1.9 新建节点 50
4.1.10 新建边 51
4.1.11 节点距离（最短路径） 52
4.1.12 节点范围（距离涂色） 53
4.1.13 节点属性 55
4.2 图窗体设置工具 56
第5章 数据 66
5.1 Gephi图形的记录方式 67
5.1.1 图形实例 67
5.1.2 图形在文件中是如何存储的 67
5.1.3 图形在Gephi数据资料界面中如何记录 68
5.2 数据资料的输入 69
5.2.1 输入节点 69
5.2.2 输入边 71
5.3 CSV数据的导入与导出 73
5.3.1 节点CSV数据 74
5.3.2 边CSV数据 77
5.4 随机图生成 78
5.5 动态数据 80
第6章 外观 82
6.1 节点 85
6.2 边 89
6.3 更新带来的变化 91
第7章 布局 93
7.1 布局的基本操作界面 94
7.2 默认布局 97
7.2.1 Force Atlas布局 98
7.2.2 Force Atlas 2布局 99
7.2.3 Fruchterman Reingold布局 100
7.2.4 Noverlap布局 100
7.2.5 OpenOrd布局 101
7.2.6 Rotate布局 101
7.2.7 Yifan Hu布局 101
7.2.8 Yifan Hu比例布局 102
7.2.9 扩展／收缩布局 102
7.2.10 标签调整布局 103
7.2.11 随机布局 103
7.3 6种力引导布局的比较 104
7.3.1 使用Force Atlas布局 105
7.3.2 使用Force Atlas 2布局 105
7.3.3 使用Fruchterman Reingold布局 106
7.3.4 使用OpenOrd布局 107
7.3.5 使用Yifan Hu布局 107
7.3.6 使用Yifan Hu比例布局 108
第8章 过滤 109
8.1 过滤的操作界面 110
8.1.1 4个与过滤有关的工具 111
8.1.2 过滤的分类选择工具 112
8.1.3 过滤的查询工具 112
8.2 过滤的使用方法 113
8.2.1 动态 113
8.2.2 属性 114
8.2.3 拓扑 119
8.2.4 操作分类 139
8.2.5 边 147
第9章 统计 153
9.1 统计的界面 154
9.2 统计的运行方式 158
9.3 统计的介绍 163
9.3.1 网络概述 163
9.3.2 节点概述 185
9.3.3 边概述 187
9.3.4 动态 190
第10章 Gephi的预览界面 195
10.1 预览显示区操作区域 196
10.2 预览显示区底部工具区域 196
10.3 预览设置区底部工具区域 197
10.4 预览设置区操作区域 201
第11章 Gephi的颜色选取工具 205
11.1 Choose a Color 206
11.1.1 HSB 207
11.1.2 RGB 213
11.1.3 Hex 214
11.2 节点、边、标签的颜色设置 215
11.3 颜色渐变选取条 218
11.3.1 渐变选取的作用 218
11.3.2 颜色定义点的添加与删除 219
11.3.3 颜色定义点颜色的选取 220
11.4 分区 221
11.5 多选项卡的颜色选取框 222
第12章 Gephi空间坐标 224
12.1 Gephi的X、Y、Z空间坐标 225
12.2 编辑节点的坐标 226
第13章 CSV与Gephi 229
13.1 什么是CSV 230
13.2 从什么地方可以得到CSV 231
13.3 创建一个CSV文件导入到Gephi 231
13.4 举例：创建“西游记爱慕关系CSV数据”并导入到Gephi 232
13.4.1 在Excel中创建节点与边的数据 232
13.4.2 导出为CSV文件 233
13.4.3 导入到Gephi中 234
13.5 Gephi对特殊格式的CSV文件的支持 237
13.5.1 特殊格式一 238
13.5.2 特殊格式二 239
13.5.3 特殊格式三 239
13.6 Gephi对矩阵形式的CSV文件的支持 240
第14章 动态图 242
14.1 用动态图实现两个例子 243
14.1.1 例子1——生命 243
14.1.2 例子2——婚姻关系 243
14.2 Gephi动态数据的特性 244
14.3 编辑节点和边的动态数据 245
14.3.1 生命数据的编辑 245
14.3.2 婚姻数据的编辑 246
14.4 动态展示 247
14.4.1 基本展示方法 247
14.4.2 动态数据设置方法 248
第15章 Gephi的插件管理 250
15.1 旧版Gephi商店介绍 251
15.2 新版Gephi商店介绍 256
15.3 Gephi插件管理程序 257
第16章 Gephi编程 261
16.1 参与Gephi开发 262
16.1.1 获取Gephi源代码 262
16.1.2 编译Gephi源代码 268
16.1.3 修改Gephi源代码 270
16.2 开发Gephi插件 271
16.2.1 Gephi源代码概述 271
16.2.2 开发一个Gephi布局插件 273
16.3 Gephi Toolkit 281
16.3.1 Gephi Toolkit介绍 281
16.3.2 使用Gephi Toolkit开发自己的图应用程序 282
附录A 代码 288
附录B 为Gephi提供算法基础的论文 298