第一章 导言——马注与《清真指南》 1
一 马注学术活动的时代背景 2
二 中国传统文化在马注之前的发展 5
三 马注活跃时期的中国伊斯兰教 12
四 马注的生平和学术活动 19
五 马注的《清真指南》 32
第二章 马注与伊斯兰苏非主义 46
一 马注时代苏非主义的发展 47
二 真光 57
三 宝藏 62
四 客旅 71
五 栈道 76
六 功修 82
七 神智 88
第三章 马注与中国传统文化 93
一 16世纪以来的穆斯林学人 94
二 无极太极 98
三 三纲五常 105
四 修齐治平 113
五 格物致知 117
六 典籍典故 119
七 中医中药 129
八 评儒释道 134
九 后人评议马注 142
第四章 本体论 148
一 真一 148
二 原有 154
三 本然 158
四 保养 164
五 体-用 171
六 隐-显 176
七 代理 182
第五章 宇宙论（上） 190
一 余光说 190
二 无极说 201
三 大命说 211
四 仙笔说 218
五 余光与“无极”-“大命”-“仙笔” 224
第六章 宇宙论（下） 232
一 造化 233
二 先天后天 242
三 宇宙万有 252
四 世界 263
五 四行 270
第七章 认识论 277
一 认主 278
二 体认-教道-认己 282
三 形认理认 291
四 返照 301
五 经权 307
六 语词概念 312
第八章 命性观 317
一 命 318
二 性 324
三 命-性 336
四 心 348
五 复命 360
第九章 天道观 367
一 教派归属 368
二 真赐 374
三 天命 378
四 戒律 388
五 前定 391
六 至圣 396
七 谟民 401
第十章 人道观 408
一 持身之道 409
二 施济 414
三 寻学 418
四 尊师重道 423
五 教育 429
六 从教人员 439
结束语 447
后记 454