第一章 分子识别的理化基础 1
第二章 分子识别为基础的计算机辅助药物设计 16
第一节 计算机辅助药物设计 16
第二节 基于分子识别对蛋白质结构预测 25
第三章 DNA作为药物靶标的分子识别基础 30
第一节 DNA分子的高级结构特征 31
第二节 小分子药物与DNA不同作用方式中的分子识别 33
第四章 RNA的分子识别与反义技术 52
第一节 RNA分子结构与功能概述 52
第二节 反义核酸与反基因策略中的分子识别 56
第三节 反义技术应用中的分子识别 58
第五章 三链核酸的分子结构及其反基因策略中的分子识别 66
第一节 三螺旋DNA的分子结构特征 66
第二节 三螺旋DNA的稳定性研究 69
第三节 三链DNA的功能及应用 72
第六章 G-四链体核酸的结构及功能的分子机制 79
第一节 G-四链体DNA的结构 79
第二节 G-四链体的生物学功能 85
第三节 G-四链体在药物研究中的分子识别 90
第七章 小分子干扰RNA生物效应中的分子识别 102
第一节 RNA干扰的机制 102
第二节 RNAi在抗肿瘤抗病毒应用中的分子识别 107
第八章 酶学研究中两个重要进展和分子识别 112
第一节 核酶 112
第二节 抗体酶 115
第九章 以蛋白酶为靶的合理药物设计中的分子识别 119
第一节 概述 119
第二节 丝氨酸蛋白酶抑制剂设计中的分子识别 122
第三节 病毒3C蛋白酶抑制剂的设计中的分子识别 125
第四节 B-内酰胺水解酶抑制剂设计中的分子识别 127
第五节 腺苷高半胱氨酸水解酶抑制剂中的分子识别 128
第六节 HIV相关酶抑制剂设计中的分子识别 130
第十章 以受体为靶的药物设计中的分子识别 136
第一节 受体的基本概念 137
第二节 以受体为靶的药物分子设计 139
第十一章 核酸与蛋白质的相互作用中的分子识别 148
第一节 核酸与蛋白质相互作用的分子基础 148
第二节 能与蛋白质结合的DNA结构域模式 149
第三节 蛋白质与RNA相互作用中的分子识别 153
第四节 蛋白质与核酸的非特异性与特异性相互作用 155
第五节 第五节 以核酸和蛋白质相互作用为基础HIV-1 Tat-TAR结合抑制剂设计中的分子识别 158
第十二章 分子识别的研究方法 169
第一节 DNA与小分子作用方式的分子机制研究方法 170
第二节 测定小分子与DNA结合强度的光谱滴定方法 174
第三节 小分子药物与DNA作用的特异性研究 177
第四节 研究蛋白质-核酸相互作用的技术 181