第一章 绪论 1
第一节 生物技术的含义 1
一、生物技术的定义 1
二、生物技术的种类及其相互关系 1
第二节 生物技术发展简史 2
一、传统生物技术的产生 2
二、现代生物技术的发展 2
第三节 现代生物技术发展概况 4
第四节 植物生物技术的性质、地位和任务 5
一、植物生物技术的性质、地位 5
二、植物生物技术的任务 5
第二章 园艺植物组织培养 7
第一节 植物组织培养的原理 7
一、细胞全能性及实现途径 7
二、细胞的脱分化与再分化 7
三、器官发生 8
四、体细胞胚胎发生 9
五、长期培养物形态发生潜力的丧失 10
第二节 植物组织培养基本技术 11
一、研究型植物组织培养实验室的组建 11
二、培养基及其配制 12
三、外植体的类型与选择 18
四、无菌操作技术 20
第三节 组织培养技术在园艺植物上的应用 22
一、植物离体繁殖 22
二、脱毒苗的培育与病毒检测 30
三、胚培养 35
四、胚乳培养 38
五、单倍体诱导与单倍体育种 40
六、种质资源离体保存 47
第三章 原生质体培养与体细胞杂交 56
第一节 原生质体培养与体细胞杂交的意义 56
一、原生质体的概念 56
二、原生质体培养与体细胞杂交意义 56
第二节 原生质体的分离与纯化 57
一、原生质体的分离 57
二、原生质体的纯化 60
三、原生质体的活力测定 60
第三节 原生质体培养 61
一、原生质体培养的方法 61
二、影响因素 64
第四节 原生质体融合 66
一、体细胞杂交的意义 67
二、原生质体融合的方法 67
三、原生质体再生和植株再生 69
四、体细胞杂种的鉴定和选择 70
第五节 原生质体培养及其融合在园艺植物上的应用 71
一、原生质体培养及其融合在园艺植物上的研究现状 71
二、原生质体培养及其融合在园艺植物上的应用 74
三、体细胞杂交面临的问题 76
第四章 园艺植物基因工程 78
第一节 基因工程的基本原理 78
一、基因工程技术的诞生 78
二、基因工程的基本操作过程 79
第二节 基因工程的工具酶 81
一、限制性内切酶 81
二、甲基化酶 85
三、DNA聚合酶 86
四、其他酶 88
第三节 基因克隆载体 91
一、质粒克隆载体 92
二、病毒（噬菌体）克隆载体 97
三、染色体定位整合载体 101
四、人工染色体克隆载体 101
五、几种特殊用途的载体 105
第四节 基因分离与克隆 105
一、目的基因分离 105
二、DNA分子重组的方法 113
三、目的基因导入大肠杆菌宿主细胞 115
第五节 植物转基因技术 116
一、植物基因工程载体 116
二、受体细胞 116
三、重组DNA导入受体微生物细胞的途径 117
四、植物转基因的方法及其操作 120
第六节 转基因植株的检测 125
一、选择标记基因及其检测 126
二、报告基因检测法 126
三、目标基因整合检测 127
四、目标基因表达检测 128
五、田间检测 128
第七节 RNAi技术 129
一、什么是RNAi 129
二、RNAi的发现 129
三、RNAi的作用机制 130
四、RNAi的特点 131
五、RNAi的功能 132
六、RNAi实验技术要点 133
七、RNAi技术的应用 137
第八节 转基因植物的安全性评价 137
一、转基因植物安全性评价的主要内容 138
二、转基因食品安全性评价研究 141
三、提高转基因作物安全性的措施 144
第九节 基因工程技术在园艺植物上的应用 150
一、概况 150
二、园艺植物基因工程主要应用 151
三、存在的问题 153
四、展望 156
第五章 园艺植物分子标记技术 158
第一节 分子标记概述 158
一、遗传标记与分子标记的概念 158
二、DNA分子标记主要类型 162
第二节 常用分子标记技术原理及其操作 163
一、RFLP标记 163
二、RAPD标记 169
三、AFLP标记 176
四、SSR标记 179
五、STS标记 182
六、SNP标记 182
七、染色体原位杂交技术 183
八、SCAR标记 184
九、SSCP标记 186
十、ISSR标记 187
十一、SRAP标记 188
十二、REMAP和IRAP标记 189
十三、TRAP标记 192
十四、DGGE技术 192
十五、其他的标记形式 193
第三节 数据的处理 194
一、DNA数据的收集与数字化 194
二、统计学处理 196
三、连锁作图的数据分析方法 196
第四节 分子标记的获得 201
一、质量性状分子标记的获得 201
二、数量性状的分子标记 203
第五节 分子标记的应用 204
一、分子遗传图谱的构建 204
二、遗传多样性与种质鉴定 207
第六节 分子标记辅助选择 214
一、分子标记辅助选择技术的基本原理及策略 214
二、MAS的基本方法 219
三、MAS在育种中的应用 224
四、采用MAS时应注意的一些问题 224
第七节 DNA分子标记的应用前景及尚需解决的问题 224
一、应用前景 224
二、尚需解决的问题 225
第六章 蛋白质组学及其研究 227
第一节 概论 227
一、蛋白质组学研究的研究意义和背景 227
二、蛋白质组学研究的策略和研究内容 228
三、蛋白质组学研究技术 229
第二节 蛋白质组学研究的原理与方法 231
一、蛋白质的分离 231
二、2-DE以及相关技术 231
三、蛋白质的分析鉴定 234
四、蛋白质相互作用组学分析技术 241
第三节 蛋白质组研究技术 243
一、蛋白质样品制备 243
二、蛋白质双向电泳技术 244
第四节 蛋白质组学在园艺植物科学研究中的应用及存在的问题与发展趋势 247
一、蛋白质组学在园艺植物科学研究中的应用 247
二、存在的问题 249
三、发展趋势 249
第七章 植物生物信息学 251
第一节 生物信息学及其发展简史 251
一、生物信息学概念 251
二、生物信息学发展史 251
三、生物信息学的研究目标和任务 253
四、生物信息学的研究意义 255
第二节 生物信息数据库与查询 256
一、基因和基因组数据库（核酸序列数据库） 256
二、蛋白质数据库 260
三、功能数据库 265
四、其他数据库资源 266
第三节 序列分析和多序列比对 267
一、序列两两比对 268
二、多序列比对 272
第四节 核酸与蛋白质结构和功能的预测分析 273
一、针对核酸序列的预测方法 273
二、蛋白质的预测方法 276
第五节 分子系统发生 278
一、分子进化钟 278
二、系统发生树 278
第六节 生物信息学资源在园艺植物研究中的应用 284
一、新基因克隆中的引物设计 286
二、预测新序列的功能 286
三、获取物种品种的特征信息进行种质资源研究和品种鉴定 286
四、构建分子亲缘关系树并进行谱系分析 287
五、展望 287
附录 289
附录一 常用贮存液的配制 289
附录二 几种园艺植物常用培养基的成分表 291
附录三 植物DNA的提取 292
附录四 几种重要的转基因方法操作过程 296
附录五 PCR扩增过程中常见的问题及解决方法 299
附录六 蛋白质提取与纯化技术 301
附录七 一些常见的生物信息学网址 304
附录八 GenBank和EMBL中的17个子数据库名称和含义 306