第一部分 传记 3
查尔斯·达尔文 3
1.地质学家达尔文 5
2.达尔文成为一名进化论者 8
3.自然选择 12
4.“物种起源” 15
5.一致性 21
6.“起源”之后 25
7.哲学上的问题 29
8.达尔文革命 36
罗纳德·艾尔默·费希尔爵士 47
1.早期生活与教育 47
2.在洛桑：高度活跃的时期 48
3.在伦敦的大学学院 57
4.在生命终结之时 58
霍尔丹与现代遗传学理论的诞生 61
1.引言 61
2.历史背景 63
3.霍尔丹的数学理论 68
4.《进化的原因》 79
5.余波 86
6.历史的重建 88
休厄尔·赖特 110
1.简要的传记 111
2.同系繁殖 112
3.统计学与通径分析 114
4.发育遗传学 115
5.群体遗传学 117
6.动态平衡理论 118
7.哲学 121
8.作为一个普通人的赖特 123
木村资生 126
1.简要的传记 127
2.群体遗传学 130
3.中性学说 131
4.作为一个普通人的木村 132
第二部分 进化 137
自然选择 137
1.适合度 139
2.自然选择解释了什么 141
3.适应论 143
4.驱动力与原因 151
中性论 158
1.中性理论：一些历史背景 159
2.理论的接受 161
3.木村对于中性进化的论证 163
4.中性理论的检验 164
5.中性论以及适应性进化：分子以及表现型的层面 166
6.在中性理论的语境中什么是漂变 168
选择的层级 172
1.引言 172
2.从生物体到基因和群体 173
3.基因与生物：复制者、互动者以及其他“单元” 175
4.群体选择与个体选择 177
5.利他性与选择的层级的问题 179
6.多元论与实在论 182
7.群体作为语境，群体作为超个体 186
8.进化历史中的转变 189
什么是演化性 202
1.后生生物和团藻类：两种不同的进化命运 202
2.团藻类差异的限制 204
3.适合度：一种演化性的模型 206
4.演化性、个体与环境 209
中性论 222
1.引言 222
2.割裂的进化论 223
3.亚生物的生物学 227
4.个体发育参与的三个等级 229
5.结论：纵观这些等级 242
进化与规范性 248
1.简介 248
2.达尔文的影子 251
3.最终的思想 263
进化伦理学 268
1.引言 268
2.背景假定 272
3.利他性的进化 275
4.生殖对策以及双重标准理论 277
5.生殖策略与性别角色 280
6.道德与婚姻的妥协 284
7.增强规范与控制规范 286
8.悬而未决问题的争论 288
第三部分 遗传学 303
遗传分析 303
1.引言 303
2.从遗传因子到基因：孟德尔到乔纳森 306
3.遗传的染色体理论 314
4.作为分析策略的遗传连锁 321
5.基因——遗传的原子：从马勒到沃森和克里克 328
6.从基因型到表型再到模式化的见解 339
7.群体遗传学支持达尔文学说 347
8.打开的潘多拉盒子：法则中的瑕疵 350
9.总结 355
群体遗传学的发展 380
1.早期：祖系遗传规律 382
2.统计的达尔文学说与孟德尔式因子 387
3.从统计的生物学到数学的群体 391
4.基因与选择：综合的确立 397
5.辩论的细节 402
进化生物学中的最大化原理 409
1.引言 409
2.物理学中的极值原理 409
3.作为适合度最大化的进化：（1）费希尔的“基本原理” 411
4.作为适合度最大化的进化：（2）对于基本原理的误解 414
5.作为适合度最大化的进化：（3）还需要提到的内容 416
6.作为熵最大化的进化 417
7.重建进化：简约法则与奥卡姆剃刀定律 418
8.进化的重建：最小量进化的方法 420
生物学中的还原论 425
1.后实证主义者的理论间还原 425
2.理论间的反还原论 430
3.历史的还原论 436
4.在进化生物学中补完“为什么必需的解释” 441
特征、基因以及编码 448
1.基因的唯一性 448
2.关注的起因 452
3.失败的开端与死胡同 458
4.一种更好的想法 468
5.勉为其难 475
6.编码的所及范围 479
第四部分 分类学 487
物种、分类学与系统分类学 487
1.引言 487
2.物种 489
3.分类学多元论 497
4.林奈式等级 502
同源与同形 516
1.引言 516
2.相似性 517
3.等级与胚胎发育 519
4.同源与同形的再概念化 519
5.同源与类似性描述 520
6.同形 524
7.同源发生（Homogeny）与同形 524
8.趋同 527
9.平行性（Parallelism） 528
10.逆转（Reversals） 529
11.雏形与残迹 530
12.返祖 531
13.连续统一体 532
种族的生物学概念 553
1.引言 553
2.类型学种族概念 554
3.种族的地理学概念 560
4.反对人类生物学种族的全局性论点 563
5.种族的生态学与系统发生学概念 568
6.结论 580
第五部分 特殊论题 589
进化生物学的形式化 589
0.引言 590
1.通向伽利略式的科学理论观路径 590
2.进化理论的复杂结构 610
3.构成当代进化理论的一些组成理论的形式化 612
4.回顾模型与理论 628
功能 636
1.生物学功能问题 636
2.有机体、人工品以及主体 637
3.选择效应解释 642
4.选择效应解释的问题 647
5.功能障碍 649
6.目标指向性 652
7.康德的映射论 658
8.自然主义 659
心理表征的生物学方法 664
1.意向性问题 664
2.功能以及语义规范 666
3.分界线 669
4.弥合分歧：神经科学 672
5.目的论语义学存在的一些问题 676
先天性 686
1.乔姆斯基的“刺激贫乏” 694
2.渠化与表观遗传景观 696
人工生命 708
1.历史与方法 709
2.当代人工生命研究的三种例证 712
3.人工生命研究的哲学意义 716
4.结语 726
索引 733