第1章 蝴蝶的分类研究 1
1.1 国外蝶类分类研究 1
1.2 国内蝶类分类研究 3
参考文献 4
第2章 蝶类线粒体基因组 7
2.1 蝶类昆虫线粒体基因组 7
2.2 线粒体基因组的研究方法 9
2.2.1 基于物理分离的方法 9
2.2.2 基于常规PCR技术的方法 9
2.2.3 基于LA-PCR技术的方法 9
2.2.4 高通量测序技术 10
2.2.5 线粒体基因组数据的分析方法 10
2.3 蝶类线粒体基因组全序列测序进展 12
2.4 线粒体基因组在蝶类系统发育研究中的应用 17
2.4.1 16S rDNA基因 18
2.4.2 Cytb基因 19
2.4.3 COⅠ和COⅡ基因 20
2.4.4 ND1和ND5基因 22
2.4.5 线粒体基因组全序列 22
参考文献 25
第3章 蝶类的分子系统学研究 37
3.1 分子系统学的研究内容与方法 37
3.1.1 蛋白质水平标记 37
3.1.2 DNA分子标记 38
3.1.3 DNA序列分析 44
3.2 系统发育的推断方法——构建分析系统发育树 45
3.2.1 系统发育树 45
3.2.2 常用的系统发育树 45
3.3 蝶类分子系统学的研究进展 47
参考文献 54
第4章 材料与方法 62
4.1 材料 62
4.2 方法 62
4.2.1 DNA提取 62
4.2.2 引物设计 63
4.2.3 PCR扩增 63
4.2.4 序列的拼接和注释 64
4.3 序列分析及系统发育树的构建 64
4.3.1 序列比对 64
4.3.2 系统发育信号检测 65
4.3.3 系统发育树的构建 65
参考文献 66
第5章 10种蝴蝶的线粒体基因组分析 68
5.1 玉斑凤蝶线粒体基因组 68
5.1.1 线粒体基因组全序列的结构与组成 68
5.1.2 基因间隔与重叠 70
5.1.3 碱基组成特征 70
5.1.4 蛋白质编码基因 71
5.1.5 核糖体RNA和转运RNA 72
5.1.6 A+T富含区 76
5.2 玉带凤蝶线粒体基因组 77
5.2.1 线粒体基因组全序列的结构与组成 77
5.2.2 基因间隔与重叠 79
5.2.3 碱基组成特征 79
5.2.4 蛋白质编码基因 80
5.2.5 核糖体RNA及转运RNA 81
5.2.6 A+T富含区 86
5.3 碧凤蝶线粒体基因组 86
5.3.1 线粒体基因组全序列的结构与组成 86
5.3.2 基因间隔与重叠 88
5.3.3 碱基组成特征 88
5.3.4 蛋白质编码基因 89
5.3.5 核糖体RNA和转运RNA 90
5.3.6 A+T富含区 94
5.4 金斑喙凤蝶（广西亚种）线粒体基因组 95
5.4.1 线粒体基因组全序列的结构与组成 95
5.4.2 基因间隔与重叠 97
5.4.3 碱基组成特征 97
5.4.4 蛋白质编码基因 97
5.4.5 核糖体RNA和转运RNA 97
5.4.6 A+T富含区 101
5.5 燕凤蝶线粒体基因组 102
5.5.1 线粒体基因组全序列的结构与特征 102
5.5.2 基因间隔与重叠 104
5.5.3 碱基组成特征 104
5.5.4 蛋白质编码基因 104
5.5.5 核糖体RNA和转运RNA 105
5.5.6 A+T富含区 109
5.6 箭环蝶线粒体基因组 110
5.6.1 线粒体基因组全序列的结构与特征 110
5.6.2 基因间隔与重叠 112
5.6.3 碱基组成特征 112
5.6.4 蛋白质编码基因 113
5.6.5 核糖体RNA和转运RNA 114
5.6.6 A+T富含区 118
5.7 蓝点紫斑蝶线粒体基因组 119
5.7.1 线粒体基因组全序列的结构与组成 119
5.7.2 基因间隔与重叠 121
5.7.3 碱基组成特征 121
5.7.4 蛋白质编码基因 122
5.7.5 核糖体RNA和转运RNA 124
5.7.6 A+T富含区 128
5.8 枯叶蛱蝶线粒体基因组 129
5.8.1 线粒体全序列的结构与组成 129
5.8.2 基因间隔与重叠 131
5.8.3 碱基组成特征 131
5.8.4 蛋白质编码基因 131
5.8.5 核糖体RNA和转运RNA 133
5.8.6 A+T富含区 137
5.9 黄斑弄蝶线粒体基因组 140
5.9.1 线粒体基因组全序列的结构与组成 140
5.9.2 基因间隔与重叠 142
5.9.3 碱基组成特征 142
5.9.4 蛋白质编码基因 143
5.9.5 核糖体RNA及转运RNA 144
5.9.6 A+T富含区 148
5.10 青斑蝶线粒体基因组 149
5.10.1 线粒体基因组全序列的结构与组成 149
5.10.2 基因间隔与重叠 151
5.10.3 碱基组成与特征 151
5.10.4 蛋白质编码基因 152
5.10.5 核糖体RNA和转运RNA 153
5.10.6 A+T富含区 157
参考文献 158
第6章 基于16S rRNA和16S rRNA+Wingless基因联合序列蝶类的系统发育 162
6.1 材料与方法 163
6.1.1 材料 163
6.1.2 系统发育树的构建 164
6.2 结果与分析 165
6.2.1 基于16S rRNA序列构建的NJ、MP和BI系统发育树 165
6.2.2 基于16S rRNA+Wingless基因联合序列构建的NJ、MP和BI系统发育树 165
6.3 讨论 172
6.3.1 总科级分类单元的系统关系 172
6.3.2 科级分类单元的系统关系 172
6.3.3 不同数据集和构树方法间的差异 173
6.3.4 外群的选择 173
参考文献 174
第7章 基于线粒体基因组全序列鳞翅目的系统发育分析 177
7.1 材料与方法 178
7.1.1 物种选取 178
7.1.2 系统发育树的构建 180
7.2 结果与分析 180
7.3 讨论 186
7.3.1 总科级分类单元的系统关系 186
7.3.2 科级分类单元的系统关系 186
参考文献 188
第8章 基于线粒体基因组全序列与核基因EF-1α序列的蝶类系统发育分析 191
8.1 材料与方法 192
8.1.1 物种选取 192
8.1.2 数据分析及系统发育树的构建 193
8.2 结果与分析 194
8.3 讨论 208
8.3.1 科级分类单元的系统发育关系 208
8.3.2 不同数据集及构树方法的影响 208
参考文献 210
第9章 基于线粒体基因组全序列与无翅基因（Winglees）序列蝶类的系统发育分析 212
9.1 材料与方法 213
9.1.1 物种的选取 213
9.1.2 系统发育树的构建 214
9.2 结果与分析 214
9.2.1 基于线粒体蛋白质编码基因核苷酸序列构建的NJ、MP和BI系统发育树 215
9.2.2 基于线粒体蛋白质编码基因＋Wingless基因的核苷酸联合序列构建的NJ、MP和BI系统发育树 215
9.2.3 基于线粒体蛋白质编码基因的氨基酸序列构建的NJ、MP和BI系统发育树 215
9.2.4 基于线粒体蛋白质编码基因＋Wingless基因的氨基酸联合序列构建的NJ、MP和BI系统发育树 216
9.3 讨论 222
9.3.1 总科级分类单元的系统关系 222
9.3.2 科级分类单元的系统关系 223
参考文献 224