第1章 两派权威学者进化史观的差异 1
1.1 辛普森：达尔文以后的进化研究 3
1.2 木村资生：从拉马克到中立学说 6
第2章 19世纪达尔文后的两位伟大进化论学者 19
2.1 对魏斯曼和海克尔具有影响的19世纪思潮 19
2.1.1 达尔文的进化理论的确立 19
2.1.2 自然神论和因果联系决定论 19
2.2 成就魏斯曼和海克尔的科学背景 23
2.2.1 细胞学取得的成果 23
2.2.2 胚胎学取得的成果 25
2.2.3 古生物学状况：特创论当道 27
2.2.4 遗传学状况：混合遗传观念主导 27
2.3 魏斯曼 28
2.3.1 魏斯曼关于遗传问题的见解 30
2.3.2 魏斯曼《生殖质说——一种遗传理论》的序言 32
2.3.3 魏斯曼的生殖质假说 36
2.3.4 魏斯曼的进化思想 37
2.4 海克尔 38
2.4.1 海克尔其人 38
2.4.2 海克尔绘制出第一个“生物进化系统树” 39
2.4.3 海克尔系统树中的“缺失的环节” 41
2.4.4 海克尔认为全部生物最早的共同祖先是Monera 42
2.4.5 原虫说 45
2.4.6 海克尔的“原虫说”在马克思主义哲学上的价值 46
2.4.7 海克尔的重演说 47
2.4.8 一元论哲学的倡导者 50
第3章 达尔文主义的低谷时期 53
3.1 新拉马克主义 53
3.2 定向进化理论 54
3.3 德弗里斯的突变论 55
3.4 生物统计学派与孟德尔学派的论争 57
第4章 进化的综合理论 59
4.1 进化的综合理论的主要特点 59
4.2 进化的综合理论有两个发源地 60
4.3 数理群体遗传学（或称群体遗传学） 61
4.4 进化遗传学 66
4.4.1 突变类型的概念 67
4.4.2 基因突变 67
4.4.3 基因重组 68
4.4.4 染色体畸变 68
4.4.5 碱基置换 70
4.4.6 插入与缺失 72
4.4.7 基因组重复 74
4.4.8 基因作用的多效性 75
4.4.9 突变与生存率关系的相对性 76
4.5 遗传多样性 76
4.5.1 遗传多样性的概念 76
4.5.2 爱尔兰大饥荒 76
4.5.3 群体的命运视基因库的情况而定 77
4.5.4 基因水平转移是增加遗传多样性的有效方式 77
4.5.5 物种的历史长短与遗传多样性的大小有关 77
4.5.6 基因组分析技术的进步会发现许多异常多样性 79
4.5.7 保持作物和家畜的遗传多样性 79
第5章 生物多样性与分类学发展 80
5.1 人类对生物多样性的认识源远流长 80
5.2 古希腊、古罗马及我国的古代学者对物种多样性的认识 81
5.3 世界上第一个植物园、动物园、博物馆的诞生，有力地推动了人们对物种多样性的认识 82
5.4 分类学是人类最早认识物种多样性的学问，林耐的伟大贡献 83
5.4.1 植物学和动物学由于林耐而到达了一种近似的完成 83
5.4.2 《自然体系》是林耐最重要的著作 84
5.4.3 林耐创立了二名法及人为分类体系 85
5.4.4 林耐派遣其弟子奥斯贝克来中国采集 86
5.4.5 林耐的先驱们 87
5.4.6 林耐的世界观与历史唯物主义评价 88
5.4.7 林耐的荣誉与晚年 89
5.5 人为分类向自然分类的过渡 89
5.6 分类学向系统分类学的转变 91
5.7 迈尔与斯特宾斯 91
第6章 物种与物种形成 93
6.1 定义物种概念的困难 93
6.2 生物学种概念 94
6.3 综合理论权威学者们论物种概念 95
6.4 对迈尔种定义的批评与质疑 96
6.5 生殖隔离的起源 97
6.6 生殖隔离机制的种类 98
6.6.1 生殖前隔离 99
6.6.2 交配后隔离 100
6.6.3 特殊环境条件下，异种间的生殖隔离可以消除 101
6.7 物种数目与物种分化的关系 101
6.8 物种分化的样式 102
6.8.1 物种分化的总样式 102
6.8.2 物种分化的古典样式：异域性种分化 102
6.8.3 同域性种分化 103
6.8.4 邻域性种分化 105
6.8.5 原域性种分化 105
第7章 古生物学发展与辛普森的重大贡献 106
7.1 对古生物的认识过程 106
7.1.1 前古希腊时期及古希腊时期 106
7.1.2 中世纪时期 107
7.1.3 文艺复兴时期 107
7.1.4 17世纪到18世纪初 108
7.1.5 布丰对化石的见解 108
7.2 研究化石的学问与进化论同时登场，两者一开始就激烈冲突 109
7.2.1 法国国立自然史博物馆的三位学者 109
7.2.2 古生物学和地质学迎来发展的隆盛期 111
7.3 在达尔文进化论启迪下一些古生物学家朝着正确方向前进 113
7.4 特创论古生物学家猛烈攻击达尔文学说 114
7.5 描述古生物学为后来进化论的发展积累了丰富的资料 117
7.6 新拉马克主义和定向进化理论兴起 117
7.7 辛普森使古生物学成为进化综合理论的中坚力量 120
7.7.1 辛普森其人 120
7.7.2 辛普森通过马科动物研究，批判新拉马克主义和定向进化理论 121
第8章 自然选择 127
8.1 适应度 127
8.2 正选择与负选择 128
8.3 自然选择作用的三种方式 128
8.3.1 稳定化选择 128
8.3.2 方向性选择 129
8.3.3 分裂化选择 130
第9章 进化的规模 132
9.1 小进化 133
9.2 中进化 136
9.2.1 夏威夷群岛上生息着非常多的果蝇种类 136
9.2.2 夏威夷群岛形成的地质学背景 137
9.2.3 唾腺染色体研究阐明了翅膀有图案果蝇的系统关系 138
9.2.4 翅膀有图案的果蝇的种分化机制 140
9.3 大进化 141
9.3.1 突变与跳跃理论 141
9.3.2 适应带转移与量子进化理论 141
9.3.3 同源异形基因的突变与大进化 144
9.3.4 生物大量灭绝 152
第10章 分子进化的中立理论 154
10.1 传统的进化综合理论受到严厉挑战 154
10.2 分子进化序说（木村资生） 155
第11章 中立理论的发展 168
11.1 支持中立理论的证据 168
11.1.1 分子进化速度的一定性 168
11.1.2 置换速度依功能的重要程度而有所差异 168
11.1.3 较之非同义置换，同义置换的速度大 169
11.1.4 不具有功能的DNA区域进化速度快 169
11.2 中立理论及大致中立理论的发展 169
第12章 人类基因组计划完成，进化学步入新时代 176
12.1 基因组概念的由来与演变 176
12.2 实施人类基因组计划的技术前提 176
12.3 人类基因组计划酝酿经过 177
12.4 人类基因组计划启动及重要成果 178
12.5 人基因组的特征 179
12.5.1 具有蛋白质信息的基因数意外地少 179
12.5.2 在人的基因组中看到有细菌基因存在 179
12.5.3 在人的基因组中还有转座子基因 180
12.5.4 在人的基因组中有大量重复DNA序列 180
12.5.5 单核苷酸多态性 180
12.5.6 碱基的缺失或插入 180
12.5.7 人的突变率 180
12.5.8 变异速度 181
第13章 进一步认识人类自身 182
13.1 人类基因组研究的哲学意义 182
13.2 基因组和表型组的研究相结合才能更好认识进化 182
13.3 达尔文关于人类起源的见解 183
13.4 黑猩猩与大猩猩孰与人类最近？ 184
第14章 人类进化的化石研究 187
14.1 人类的特征 187
14.2 最古的人类 188
14.3 南方古猿阶段 190
14.3.1 南方古猿属（Australopithecus）含6个种 191
14.3.2 傍人属（Paranthropus）是粗壮型的南方古猿 195
14.4 人属的特点、起源与扩张 197
14.4.1 人属的一般特点 197
14.4.2 人属的起源 199
第15章 智人是如何进化来的 210
15.1 智人的概貌 210
15.2 尼安德特人 210
15.2.1 尼安德特人的发现 210
15.2.2 尼安德特人被认定为智人 211
15.2.3 尼安德特人的起源、分布与灭绝 211
15.3 现代人（Homo sapiens sapiens） 213
15.3.1 现代人的特征 214
15.3.2 现代人的起源 217
参考文献 231
附录 进化学史年表 235
人名索引 241
结束语 246