原核生物界 MONERA 共234种 1
细菌 Bacteria(78 spp.) 1
放线菌 Actinobacteria(24 spp.) 6
蓝菌（藻） Cyanobacteria[Cyanophyta](131 spp.) 8
原绿菌（藻） Chloroxybacteria(1 sp.) 14
原生生物界 PROTISTA 共5474种 15
硅藻门 Bacillariophyta(1351 spp.) 15
金藻门 Chrysophyta(14 spp.) 55
隐藻门 Cryptophyta(1 sp.) 56
黄藻门 Xanthophyta(3 spp.) 57
甲藻门 Pyrrophyta(260 spp.) 58
裸藻门 Euglenophyta(9 spp.) 68
粘体门 Myxozoa(47 spp.) 69
纤毛虫门 Ciliophora(317 spp.) 71
肉足鞭毛虫门 Sarcomastigophora 85
放射虫 Radiolaria(541 spp.) 85
有孔虫 Foraminifera(2931 spp.) 103
真菌界 FUNGI 共281种 201
酵母 Yeast(61 spp.) 201
其他真菌 Other fungi 204
厦门以北海域种（17 spp.） 204
香港及厦门以南海域种（202 spp.） 205
菌藻类 Mycophycophyta［地衣Lichens］（1 sp.） 212
植物界 PLANTAE 共1443种 213
海藻 Algae 共1029种 213
红藻门 Rhodophyta(576 spp.) 213
褐藻门 Phaeophyta(260 spp.) 231
绿藻门 Chlorophyta(193 spp.) 240
维管植物 Tracheophyta 共414种 251
蕨类植物门 Pteridophyta(11 spp.) 251
裸子植物门 Gymnospermae(3 spp.) 252
被子植物门 Angiospermae 253
双子叶植物纲 Dicotyledoneae(262 spp.) 253
单子叶植物纲 Monocotyledoneae(138 spp.) 264
动物界 ANIMALIA 共15128种 272
海绵动物门 Porifera[Spongia](106 spp.) 272
腔肠动物门或刺胞动物门 Coelenterata or Cnidaria 共1304种 277
水螅虫纲 Hydrozoa(515 spp.) 277
钵水母纲 Scyphomedusae(40 spp.) 294
珊瑚虫纲 Anthozoa 300
群体海葵目 Zoanthidea(30 spp.) 300
海葵目 Actiniaria(83 spp.) 301
角海葵目 Ceriantharia(3 spp.) 304
石珊瑚目 Scleractinia(296 spp.) 305
造礁珊瑚 Zooxanthellate corals(307 spp.) 305
非造礁珊瑚 Azooxanthellate corals(49 spp.) 314
角珊瑚目 Antipatharia(39 spp.) 316
根枝珊瑚目 Stolonifera(1 sp.) 317
苍珊瑚目 Helioporacea(1 sp.) 317
蓝珊瑚目 Helioporacea(3 spp.) 317
柳珊瑚目 Gorgonacea(75 spp.) 318
软珊瑚目 Alcyonacea(115 spp.) 320
海鳃目 Pennatulacea(12 spp.) 325
石花虫目 Telestacea(1 sp.) 326
栉水母动物门 Ctenophora（共9 spp.） 327
有触手纲 Tentaculata(7 sp.) 327
无触手纲 Nuda(2 sp.) 327
扁形动物门 Plathyhelminthes 共765种 329
涡虫纲 Turbellaria(24 spp.) 329
吸虫纲 Trematoda(692 spp.) 330
绦虫纲 Cestoidea(49 spp.) 356
纽形动物门 Nemertinea(52 spp.) 359
动吻动物门 Kinorhyncha(10 spp.) 362
线虫动物门 Nematodae 共143种 363
寄生种（53 spp.） 363
非寄生种（90 spp.） 366
棘头虫动物门 Acanthocephala(32 spp.) 371
轮虫动物门 Rotatoria(17 spp.) 373
曳鳃动物门 Priapulida(2 spp.) 374
环节动物门 Annelida 共972种 375
多毛纲 Polychaeta(924 spp.) 375
寡毛纲 Oligochaeta(43 spp.) 408
蛭纲 Hirudinea(5 spp.) 410
星虫动物门 Sipuncula(43 spp.) 411
螠虫动物门 Echiura(9 spp.) 414
软体动物门 Mollusca 共2902种 416
多板纲 Polyplacophora［双神经纲Amphineura］（39 spp.） 416
双壳纲 Bivalvia［瓣鳃纲Lamellibranchia］（878种） 418
掘足纲 Scaphopoda(28 spp.) 452
腹足纲 Gastropoda 共1856种 453
前鳃亚纲 Prosobranchia(1385 spp.) 453
后鳃亚纲 Opisthobranchia(453 spp.) 498
肺螺亚纲 Pulmonata(18 spp.) 515
头足纲 Cephalopoda(101 spp.) 516
节肢动物门 Arthropoda 共3809种 521
肢口纲 Merostomata(4 spp.) 521
海蜘蛛纲 Pycnogonida(4 spp.) 521
蛛形纲 Arachnoidea(56 spp.) 522
昆虫纲 Insecta(366 spp.) 524
甲壳纲 Crustacea 共2617种 539
鳃足亚纲 Branchiopoda 539
无甲目 Anostraca(1 sp.) 539
枝角目 Cladocera(34 spp.) 539
介形亚纲 Ostracoda(184 spp.) 541
桡足亚纲 Copepoda(594 spp.) 549
台湾南湾和基隆沙港记录种（2001—2007） 566
蔓足亚纲 Cirripedia(192 spp.) 578
软甲亚纲 Malacostraca 585
糠虾目 Mysidacea(107 spp.) 585
涟虫目 Cumacea(17 spp.) 589
原足目 Tanaidacea(4 spp.) 589
等足目 Isopoda(95 spp.) 590
端足目 Amphipoda 共512种 595
钩虾亚目 Gammaridea(361 spp.) 595
？亚目 Hyperiidea(134 spp.) 607
麦杆虫亚目 Caprellidea(16 spp.) 612
英高虫亚目 Ingolfiellidea(1 sp.) 613
磷虾目 Euphausiacea(46 spp.) 614
十足目 Decapoda 共1384种 615
枝鳃亚目 Dendrobranchiata 615
对虾总科 Penaeoidea(99 spp.) 615
樱虾总科 Sergestoidea(15spp.) 620
腹胚亚目 Pleocyamata 620
蝟虾次目 Stenopodidea(3 spp.) 620
真虾次目 Caridea(310 spp.) 620
螯虾次目 Astacidea(13 spp.) 631
蝼蛄虾次目 Thalassinidea(20 spp.) 631
龙虾次目 Palinuridea(37 spp.) 632
歪尾次目 Anomura(181 spp.) 637
短尾次目 Brachyura(820 spp.) 645
口足目 Stomatopoda(60 spp.) 670
苔藓动物门 Bryozoa[Ectoprocta](526 spp.) 674
内肛动物门 Entoprocta(9 spp.) 695
腕足动物门 Brachiopoda(9 spp.) 696
帚虫动物门 Phoronida(4 spp.) 697
毛颚动物门 Chaetognaths(37 spp.) 698
棘皮动物门 Echinodermata 共624种 700
海百合纲 Crinoidea(54 spp.) 700
海参纲 Holothuroidea(110 spp.) 702
海星纲 Asteroidea(109 spp.) 705
海胆纲 Echinoidea(113 spp.) 709
蛇尾纲 Ophiuroidea(238 spp.) 713
半索动物门 Hemichordata［口索动物门Stomochordata鳃孔动物门Branchiotrema］（6 spp.） 723
尾索动物门 Urochordata 共125种 724
有尾纲 Appendiculata[Copeiata](26 spp.) 724
海樽纲 Thaliacea(34 spp.) 725
海鞘纲 Ascidiacea(65 spp.) 727
脊索动物门 Chordata 共3621种 731
头索动物亚门 Cephalochordata(4 spp.) 731
脊椎动物亚门 Vertebrata 共3617种 732
圆口纲 Cyclostomata[Marsipobranchii](9 spp.) 732
软骨鱼纲 Chondrichthyes(237 spp.) 732
硬骨鱼纲 Osteichthyes(2780 spp.) 740
两栖纲 Amphibia(1 sp.) 827
爬行纲 Reptilia 共24种 828
龟鳖目 Testudiformes(5 spp.) 828
蛇目 Serpentiformes(19 spp.) 828
鸟纲 Aves(524 spp.) 829
兽纲［哺乳纲］ Mammalia(42 sp.) 847
拉丁学名索引 851