第1章 什么是化学基因组学？ 1
第2章 芯片上的化学基因组学 4
引言 4
将计算机技术应用到化学基因组学 4
蛋白质结构 4
蛋白质的同源模建 8
选择适当的小分子 13
蛋白质功能的预测 14
案例研究 17
同源模型构建 17
基于蛋白质序列的方法 24
基于蛋白质结构的方法 27
参考文献 29
第3章 化学基因组学过程的优化 35
引言 35
化学基因组学的化合物库 36
化学基因组学化合物库的设计 36
化合物质量 38
数据分析及整合 42
筛选进展：化学基因组学途径 44
靶点的产生 44
分析平台 44
离子通道筛选的化学基因组学方法 47
确立设计一个持久有效的分析过程 49
重要的动力学因素 50
分析过程的稳定性以及验证 50
小结 51
HTS技术及过程 51
选择HTS平台 52
该途径的量度（n个靶点×y个化合物） 52
假阳性和假阴性可接受的比率 53
合适的精密度和准确性 53
来自不同筛选阶段的数据信息 55
HTS平台与化合物处理的整合 56
结论 56
致谢 57
参考文献 57
第4章 化学基因组学中基于微芯片技术的高通量筛选 60
引言 60
微阵列 61
转录组学（transcriptomics）：DNA阵列 61
化学基因组学：小分子阵列 64
蛋白质组学：大分子阵列 67
基于细胞的阵列：细胞组学方法 69
微流体 71
小结与展望 75
致谢 75
参考文献 75
第5章 小分子在化学基因组学中的应用：有前景的高通量方法 81
引言 81
小分子在化学基因组学／蛋白质组学中：单一化合物方法与文库方法 84
单个化合物作为探询配体 85
化合物库 87
库的设计与选择 101
化学基因组学中小分子探针的设计 101
基于组合片段的设计 101
动态配体自组装 103
用于产生选择性GPCR配体的多结合位点方法 103
用于设计筛选片段的Graffinity方法 103
基于片段的高通量结晶 104
ADME倾向性的设计：透膜小分子库 104
复用与高通量技术 105
高通量基于细胞的检测（细胞阵列） 105
反向双杂交体系 105
平行亲和柱分离 106
平行凝胶排阻色谱法（parallel size-exclusion chromatography）：复杂混合物中快速亲和选择 106
化学微阵列 106
组合tehtering用液相平行合成 112
小结 115
致谢 115
参考文献 115
第6章 用于快速蛋白质鉴定的多功能光探针 120
引言 120
主要光活性基团的化学性质 121
提高光亲和标记通量的生物素化重氮甲烷 123
在固态基质上的光亲和标记 125
参考文献 128
第7章 定义脂质组：一个新的治疗靶标 131
引言 131
治疗学中主要的脂质组学靶标 135
磷酸肌醇 135
神经鞘脂类 140
溶血磷脂类 142
脂质组分析的方法 145
分析型脂质组学 146
功能性脂质组学 148
结语 152
参考文献 153
第8章 多巴胺能神经递质相关的基因多态性的药物毒理学表现 166
多巴胺系统的概述 166
多巴胺的合成、功能和代谢 166
主要多巴胺能系统及与精神病理学的关联 167
多巴胺系统的遗传药理学 169
鉴定基因多态性的方法 170
多巴胺受体 170
多态的多巴胺D2受体基因 172
多巴胺D2受体的遗传药理学 173
多巴胺D3受体基因的多态性 173
多巴胺D3受体基因的遗传药理学 174
高多态的多巴胺D4受体基因 175
多巴胺D4受体的遗传药理学 177
多巴胺转运体 177
多巴胺转运体及其变异体 179
多巴胺转运体的遗传药理学 180
参考文献 180
第9章 用于药学产业中DNA专利申请评估的近似线性配对算法 189
引言 189
结果 193
结论 204
参考文献 205