第1章 生物软件选择指南 1
1.1 生物科学工作者常用软件 1
1.1.1 实验准备阶段 1
1.1.2 实验实施阶段 2
1.1.3 实验结果输出阶段 8
1.2 因特网上的生物软件资源 9
1.2.1 通过搜索引擎进行搜索 10
1.2.2 通过生物信息学数据库进行查找 11
1.2.3 通过生物资源主题网站进行查找 13
1.2.4 软件的索取、安装及使用 14
第2章 综合序列分析 16
2.1 综合序列分析软件Lasergene 16
2.1.1 引言 16
2.1.2 用GeneQuest发现新基因 18
2.1.3 用Protean进行蛋白质结构分析 23
2.1.4 用MegAlign进行序列比对和构建进化树 26
2.1.5 序列组装、引物设计、限制图谱和序列编辑 29
2.2 综合序列分析软件BioEdit 29
2.2.1 引言 29
2.2.2 File：文件菜单 30
2.2.3 Edit：编辑菜单 30
2.2.4 Sequence：序列菜单 32
2.2.5 Alignment：排列菜单 32
2.2.6 View：视图菜单 32
2.2.7 Accessory Application：应用程序菜单 32
2.2.8 RNA：RNA序列分析菜单 33
2.2.9 World Wide Web：网络菜单 34
2.2.10 Options：选项菜单 36
2.2.11 Window：窗口菜单 36
2.2.12 Help：帮助菜单 36
2.3 综合序列分析在线程序 37
2.3.1 EMBOSS 37
2.3.2 SeWeR 41
参考文献 42
第3章 用BLAST进行序列相似性搜索 43
3.1 引言 43
3.2 局部比对搜索基本工具BLAST 46
3.2.1 BLAST简介 46
3.2.2 BLAST检索的基本知识 47
3.2.3 BLAST检索工具的分类 49
3.2.4 BLAST检索中采用的数据库 53
3.2.5 BLAST检索的步骤 54
3.2.6 通过BLAST搜索发现序列的生物学意义 58
3.2.7 用BLAST发现新基因 59
参考文献 62
第4章 用Clustal（X/W）进行多序列比对 63
4.1 引言 63
4.2 Clustal X 64
4.2.1 Clustal X功能详解 64
4.2.2 用Clustal X进行蛋白质多序列比对 72
4.3 Clustal W 74
第5章 进化树构建 76
5.1 引言 76
5.1.1 进化树构建的基本程序 76
5.1.2 进化树构建的方法选择 77
5.1.3 进化树构建的软件选择 78
5.1.4 数据分析及结果推断 80
5.1.5 总结 81
5.2 PHYLIP——免费的集成的系统分析软件包 81
5.2.1 概述 81
5.2.2 实例：用PHYLIP软件包构建GPD蛋白家族的系统进化树 82
5.3 MEGA4——免费的本地建树工具 85
第6章 序列格式转换 90
6.1 常见的分子序列格式 90
6.2 序列格式转换软件 95
6.2.1 SeqVerter 1.3 95
6.2.2 ForCon 1.0 96
6.2.3 序列格式转换在线程序READSEQ 99
第7章 序列信息递交 102
7.1 引言 102
7.2 用BankIt递交新基因序列 103
7.3 用Sequin递交新基因序列 108
第8章 引物设计 115
8.1 引言 115
8.2 通用引物设计软件Primer Premier 5.00 116
8.2.1 Primer Premier 5.00的序列编辑窗口 117
8.2.2 Primer Premier 5.00的引物设计窗口 117
8.2.3 Primer Premier 5.00的引物检索结果输出窗口 119
8.2.4 Primer Premier 5.00的引物编辑窗口 121
8.2.5 用Primer Premier 5.00进行巢式PCR引物设计 121
8.2.6 用Primer Premier 5.00进行简并引物设计 122
8.2.7 Primer Premier 5.00的其他功能 122
8.2.8 Primer Premier 5.00程序存在的不足 123
8.3 通用引物在线设计程序Primer 3 123
8.3.1 Prier 3概述 123
8.3.2 实例：应用Primer3设计针对p53基因mRNA编码区的特异引物 123
8.4 简并引物在线设计程序GeneFisher 127
8.4.1 简并引物设计过程及原则 127
8.4.2 简并引物设计程序GeneFisher 128
第9章 质粒绘图 134
9.1 质粒绘图软件WinPlas 134
9.1.1 WinPlas的操作界面 134
9.1.2 WinPlas的操作方法 137
9.1.3 WinPlas的操作实例 142
9.2 质粒作图在线程序PlasMapper 2.0 143
9.2.1 PlasMapper 2.0的基本功能与操作方法 143
9.2.2 PlasMapper 2.0程序运行实例 146
参考文献 147
第10章 用ANTHEPROT进行蛋白质序列分析 148
10.1 引言 148
10.2 工具栏与基本功能 149
10.2.1 工具栏 149
10.2.2 基本功能 150
10.3 蛋白质序列编辑功能 151
10.4 蛋白质基本分析功能 152
参考文献 158
第11章 用同源建模服务器SWISS-MODEL进行蛋白质三维结构预测 159
11.1 SWISS-MODEL 159
11.2 运行实例：用SWISS-MODEL服务器进行蛋白三维模型构建工作 161
11.2.1 实例之一：用首选模式进行牛血清白蛋白的同源建模与结构解析 161
11.2.2 实例之二：利用项目模式进行蛋白的同源建模 168
11.2.3 实例之三：利用比对模式进行蛋白的同源建模 171
11.2.4 实例之四：寡聚蛋白的同源建模 172
11.3 蛋白质分子结构预测方法 173
11.3.1 同源建模 174
11.3.2 反相折叠 175
11.3.3 从头预测 176
参考文献 176
第12章 蛋白质结构比对 178
12.1 蛋白质结构分类 178
12.1.1 按结构域分类 178
12.1.2 系统性分类 179
12.2 蛋白质结构比对工具 182
12.2.1 VAST——矢量比对工具 182
12.2.2 DALI距离矩阵（distance matrix alignment） 183
12.2.3 Structure 184
12.2.4 SSAP 186
第13章 用RasMol/PyMOL/Swiss-PdbViewer进行生物分子三维结构显示和分析 187
13.1 引言 187
13.1.1 分子坐标表示方法 188
13.1.2 分子表面 189
13.1.3 分子图形显示模型 190
13.1.4 蛋白质结构测定方法 191
13.2 RasMol 192
13.2.1 RasMol的操作窗口 192
13.2.2 RasMol的命令行窗口 197
13.2.3 RasMol应用实例 198
13.3 RasTop简介 205
13.4 Swiss-PdbViewer 206
13.4.1 Swiss-PdbViewer简介 206
13.4.2 Swiss-PdbViewer运行实例 207
13.5 PyMOL 215
13.5.1 PyMOL简介 215
13.5.2 PyMOL应用实例 216
第14章 计算机辅助基因识别 224
14.1 引言 224
14.2 GENSCAN——基因预测的首选工具 225
14.2.1 影响GENSCAN预测准确度的因素 226
14.2.2 GENSCAN的操作流程 228
14.3 WebGene——基因结构分析和预测工具集 230
14.4 GeneBuilder——基因结构预测系统 230
14.5 ORF Finder——NCBI的开放阅读框（ORF）识别工具 233
14.6 CpGPlot/CpGReport/Isochore——EMBL的CpG岛计算工具 233
14.7 tRNAscan-SE——tRNA基因识别工具 235
第15章 计算机辅助疫苗设计 238
15.1 引言 238
15.1.1 计算机辅助疫苗设计技术诞生的时代背景 238
15.1.2 计算机辅助疫苗设计技术的原理与方法 238
15.1.3 计算机辅助疫苗设计的产业前景 240
15.2 IMGT工具包 241
15.3 蛋白酶体酶切位点的预测 244
15.3.1 NetChop 3.0服务器 244
15.3.2 ProPrac 244
15.4 MHC结合区域的预测 245
15.5 T细胞表位的预测 246
15.6 免疫学数据库 247
参考文献 248