第1章 海洋环境中的微生物 1
1 海洋微生物及其多样性 2
2 生物的基本结构和生命的进化 4
3 海洋微生物的大小 8
4 海洋微生物的主要特征 10
5 海洋环境及其理化因素 17
6 海洋微生物的栖息环境 21
参考文献 28
第2章 海洋原核生物的结构与生物学特性 29
1 海洋原核细胞的形态结构 29
2 原核生物的一般构造及特性 30
3 原核生物的特殊构造及特性 38
4 营养方式及能量产生过程 44
5 生长及营养物质 49
6 极端环境条件下的海洋原核生物 60
参考文献 66
第3章 海洋细菌 68
1 细菌分类系统 68
2 海洋细菌的多样性和主要类群 72
3 不产氧的光合细菌（Anoxygenic phototrophic bacteria） 75
4 产氧的光合细菌——蓝细菌（Cyanobacteria） 78
5 化能自养菌（Chemolithotrophs） 81
6 假单胞菌属（Pseudomona）、交替单胞菌属（Alteromonas）和希瓦氏菌属（Shewanella） 85
7 肠杆菌科（The Enterobacteriaceae） 85
8 弧菌科（Vibrionaceae） 86
9 立克次氏体（Rickettsia） 102
10 螺旋菌（Spirilla） 102
11 出芽的和有柄的变形菌门细菌（Budding and stalked Proteobacteria） 106
12 浮霉菌门（Planctomycetes）——有柄的细菌 107
13 变形菌门中的硫和硫酸盐还原细菌 107
14 革兰氏阳性菌（Gram-positive bacteria） 108
15 噬纤维菌属-黄杆菌属-拟杆菌属组（The Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides group,CFB group） 111
16 疣微菌门（Verrucomicrobia） 111
17 螺旋体门（Spirochaetes） 112
18 深度分支的极端嗜热菌（Deeply branching hyperthermophile） 112
参考文献 113
第4章 海洋古菌 116
1 古菌域（Archaea）的系统发生类群 116
2 广域古菌门（Euryarchaeota） 119
3 泉生古菌门（Crenarchaeota） 123
4 初生古菌门（Korarchaeota） 127
5 纳米古菌门（Nanoarchaeota） 127
6 海洋古菌的互养共栖（syntrophic）关系 128
参考文献 129
第5章 海洋真核微生物 131
1 真核微生物主要类群 131
2 真核细胞的结构和功能 132
3 原生动物（Protozoan） 134
4 真核微藻类 138
5 海洋真菌（Fungi） 143
参考文献 145
第6章 海洋病毒 147
1 海洋病毒在海水中的存在 148
2 海洋病毒的形态及病毒感染细胞的观察 149
3 病毒和似病毒粒子的计数 150
4 病毒失活 152
5 病毒的宿主专一性及溶源性（lysogeny） 153
6 感染海洋浮游生物的病毒 155
7 感染海水养殖动物的病毒 157
参考文献 160
第7章 海洋微生物在海洋生态系统中的作用 162
1 海洋微生物学观点上的重要改变 162
2 海洋微生物在生物地球化学循环中的作用 164
3 生产力 167
4 海洋食物链中的微食物环 172
5 微生物在近岸海水富营养化（eutrophication）中的作用 178
6 微生物的活动和气候 178
参考文献 179
第8章 海洋环境中活的非可培养（VBNC）状态细菌 181
1 VBNC状态细菌的发现 182
2 诱导细菌进入VBNC状态的环境因素 186
3 VBNC状态细菌的生物学特性 189
4 VBNC状态病原菌的致病性 192
5 VBNC状态细菌的复苏研究 193
6 细菌进入VBNC状态的内在机制 195
7 VBNC状态细菌的检测方法 195
8 对细菌VBNC状态概念的争议 199
9 细菌VBNC状态的理论及实际意义 199
参考文献 203
第9章 鱼类的微生物病害 206
1 病害诊断 207
2 细菌性传染病 208
3 病毒性传染病 218
4 鱼类传染性病害的控制 221
参考文献 237
第10章 海洋微生物的利与弊 239
1 有益菌在海水养殖中的应用 240
2 海洋微生物产生的活性物质 262
3 海洋污染物的生物降解和生物修复 268
4 海洋微生物在生物附着（bioattachment）中的作用 271
5 生物污损（biofouling）和防污损（antifouling） 274
6 金属的微生物腐蚀（microbiofouling corrosion） 277
7 微生物及其共生动物对木材的腐损（decay） 281
参考文献 281
第11章 海洋微生物的采样技术 284
1 水样的采集 284
2 泥样的采集 290
3 检样的贮存 291
参考文献 292
第12章 海洋细菌的定性和定量检测技术 293
1 显微镜镜检计数法 294
2 培养计数法 302
3 免疫学检测法 305
4 分子生物学方法 307
5 分子生物学和免疫学结合的方法 311
参考文献 312
第13章 海洋微生物的分离与培养技术 315
1 海洋异养细菌的分离与培养 315
2 海洋弧菌的分离与培养 317
3 海洋蓝细菌的分离与培养 318
4 海洋硫杆菌的分离与培养 320
5 光合细菌的分离与培养 322
6 海洋硝化细菌的分离与培养 323
7 石油降解菌的分离与培养 324
8 海洋发光细菌的分离与培养 325
9 海洋甲基营养菌（rnethylotrophs）的分离与培养 326
10 海洋螺旋体的分离与培养 327
11 海洋噬纤维菌（Cytophaga sp．）的分离与培养 327
12 海洋固氮菌的分离与培养 328
13 海洋放线菌的分离与培养 328
14 海洋酵母菌的分离与培养 329
15 其他常见海洋微生物培养基配方 329
16 海洋微生物培养新技术 331
17 海洋微生物的保存方法 333
参考文献 335
第14章 海洋细菌的分类与鉴定技术 337
1 海洋细菌主要生理生化特征的鉴定方法 338
2 数值分类学及其在细菌鉴定中的应用 346
3 几种常用细菌快速鉴定系统及其应用 347
4 海洋细菌的基因特征分类法 349
5 展望 351
参考文献 352
附录Ⅰ 常见海洋原核微生物名称索引 355
附录Ⅱ 常见海洋微生物名词索引 363