第1章 概论 1
§1.1 生物学走向21世纪 1
§1.2 关于理论物理与理论生命科学的一些思考 14
§1.3 复杂性与生命现象 19
第2章 蛋白质与生物大分子 28
§2.1 蛋白质分子运动 28
§2.2 蛋白质中的自折叠单元 35
§2.3 分子模拟计算中的理论物理学问题 40
§2.4 生物大分子结构的理论分析与模拟 45
§2.5 生物分子的计算机模拟和结构、动力学、热力学 61
§2.6 复杂生物体系的理论计算和药物设计 69
§2.7 同源蛋白质三级结构的预测 119
§2.8 蛋白质结构层次中的超二级结构 148
第3章 基因序列 154
§3.1 DNA序列的几何学理论及其生物学意义 154
§3.2 密码一序列一构象一动力学：一条可能的理论生物学路线 169
§3.3 RNA结构的语言与代数拓扑特征 174
§3.4 基因组序列的大尺度同源分析 190
§3.5 符号序列的复杂性刻画 200
第4章 生物膜 209
§4.1 膜蛋白 209
§4.2 生物膜液晶模型 215
§4.3 轴对称类脂双层膜泡形状方程 223
第5章 生物数学模型 236
§5.1 免疫和肿瘤生长的非线性研究 236
§5.2 心脑可激媒质非线性电动力学 245
§5.3 分子马达——噪声驱动定向运动的一个模型 257
附录 267
生物凝聚态 267
八十自述 269
彭桓武先生科研教育工作60年 280
彭桓武先生著作目录 286