绪论 1
第一章 Medline——蛋白质、核酸与三维结构数据库检索 5
第一节 简介 8
第二节 Entrez 可检索的数据库 12
第三节 词条检索 13
一、字段说明符 14
二、字段解释 15
三、布尔检索 22
四、截词检索 26
五、范围检索 26
第四节 搜索参数选项 28
一、显示方式选项 28
二、其他选项 32
第五节 替代符号 32
第六节 流水号检索 33
一、GenBank 登录号与序列标识符(GI 号) 34
二、用于 UID 中的 Fasta 格式 35
第二章 基因和基因组序列分析 37
第一节 NCBI BLAST 电子邮件服务器的介绍 50
一、访问 NCBI BLAST 电子邮件服务器 50
二、BLAST 电子邮件检索请求示例 50
三、NCBI BLAST 电子邮件服务器检索的可选程序 51
四、NCBI BLAST 电子邮件服务器可用数据库 52
五、NCBI BLAST 电子邮件服务器指令表 54
六、利用 NCBI BLAST 电子邮件服务器检索的序列格式 57
七、序列标识符 59
八、检索请求的呈递与等候 60
九、向 GenBank 呈递新的数据或更新修订 60
第二节 BLAST 程序使用详解 61
一、BLAST 程序算法 61
二、BLAST 序列对比分值方案 62
三、邻域(the neighborhood，T) 64
四、HSP 分值阈 65
五、Karlin-Altschul 统计学 66
七、P 值、比对分值及信息 68
六、SUM 统计学和 Poisson 统计学 68
八、匹配报告中的选择度 69
九、搜索敏感度 70
十、遗传代码 72
十一、设置参数 73
十二、控制输出 80
十三、环境变量 80
十五、输出示例与详解 81
十四、支持功能 81
十六、原因不明的故障 89
第三节 BLAST 常见问题解答 91
一、最常见的问题 91
二、BLAST 程序 95
三、查询格式 97
四、数据库结构 98
五、选项 参数 98
六、输出 99
七、检索策略 102
八、电子邮件服务器 103
九、其他资源 105
第四节 其他核酸与蛋白质序列分析 E-mail 服务器简介 105
一、EMBL FASTA 蛋白质与 DNA 序列同源性检索 105
二、GRAIL GENQUEST 序列分析、组合与比较系统 108
三、DDBJ FASTA 序列同源性检索 108
四、DDBJ malign 序列多重比对检索 110
五、DDBJ BLAST 序列同源性检索 111
六、DDBJ SSEARCH 序列同源性检索 112
七、DDBJ SSTHREAD 蛋白质二级结构预测 113
八、NCBI RETRIEVE 序列检索服务 114
九、EMBL BLITZ 蛋白质序列同源性检索服务 116
十、BLOCK 序列分析 116
十一、EBI 网络文件服务器 117
十二、Predict Protein 蛋白质结构预测 119
十三、nnpredict 蛋白质二级结构预测 120
十四、CBRG 序列分析 121
十五、EST 报告 122
十六、未知蛋白质序列功能分析 123
十七、生物医学数据库 126
第一节 邮件列表简介 147
第三章 访问医学与生物学邮件列表 147
第二节 查找订阅医学与生物学邮件列表 148
一、使用 Listserv 列表服务器查找邮件列表 148
二、使用 WWW 列表服务器查找邮件列表 148
三、使用 Liszter 列表服务器 149
四、订阅、停订以及检索所有邮递表 149
第三节 Internet 上的医学与生物学邮件列表简介 150
第四章 访问医学与生物学新闻组 154
第一节 新闻组简介 154
第二节 查找新闻组 158
一、使用 reference.com 158
四、使用 liszt 搜索 159
五、访问 dejanews 159
六、查询中文新闻组，可使用中文搜索引擎 Cseek 159
三、nova.edu 159
二、使用搜索引擎 159
七、新闻组的完整列表 160
第三节 阅读新闻组 160
一、使用 Gopher mail 服务器 160
二、使用 Agora 服务器 161
三、通过 WWW 方式 161
四、获取常见问题解答(FAQ) 161
第五节 一些主要的医学和生命科学新闻组 163
第四节 如何将邮件投递给新闻组 163
第五章 访问医学与生物学 WWW 资源 169
第一节 简介 WWW E-mail 服务器 169
第二节 主要 WWW E-mail 服务器 170
一、主要 WWW E-mail 服务器地址与性能表 170
二、几个 WWW E-mail 服务器的具体用法 171
第三节 一些医学与生物学 WWW 网址推荐 172
一、医学网络搜寻器 172
二、免费 Medline 检索 173
三、网络虚拟环境的应用 175
五、医学各专业常用网址 176
四、网络医学专业期刊 176
第六章 通过 E-mail 访问 WWW 的各类检索引擎 196
一、检索 Yahoo 196
二、检索 Altavista 198
三、检索 Excite 198
四、检索 InfoSeek 199
五、检索 Lycos 199
六、检索 DogPile 200
七、用于访问 WWW 检索引擎的 WWW 服务器简介 201
第七章 访问医学与生物学 FTP 资源 205
第一节 FTP 简介 205
第二节 E-mail 访问匿名 FTP 站点 206
一、使用 Agora，getweb，w3mail 邮件服务器 207
二、使用 FTPmail 服务器 207
三、使用 Gophermail 服务器 208
第三节 注册 FTP 站点的访问 211
第四节 一些 FTPmail 服务器的地址 212
第五节 如何查找 FTP 站点上的文件 214
第六节 一些医学与生物学 FTP 资源介绍 215
【附录】一些实用的 E-mail 技巧 221
一、了解 FTPmail WEBmail 服务器工作状态 221
二、通过 E-mail 学习从初级到高级的 Internet 教程 221
三、E-mail 常用的脸谱及其含义 221
四、查找研究人员的 E-mail 地址 222
1.使用 Whois 服务器 222
2.使用 MIT 服务器 222
3.使用 Netfind 222
五、使用 Archie 查找软件 223
六、查找医学杂志的文献全文 224
七、查询癌症信息(Cancermail) 224
八、用 E-mail 发传真 226
九、Internet 用国家(地区)和组织代码表 227
十、测试收发 E-mail 的功能 231
十一、韦伯(Webster)字典查询 231
十二、E-mail 常用的缩略词及其含义 231
十三、如何获取最新和最好的生物学文献 232
十四、检索基因和蛋白质序列专利信息 233