第一章 进化的分子基础 1
1.1 生命的进化树 1
1.2 进化机制 2
1.3 基因的结构与功能 3
1.4 DNA序列的突变 7
1.5 密码子使用频率 9
第二章 氨基酸序列的进化演变 15
2.1 氨基酸差异和不同氨基酸的比例 16
2.2 泊松校正(PC)和T距离 18
2.3 自展法的方差和协方差 22
2.4 氨基酸的替代矩阵 24
2.5 突变率和替代率 26
第三章 DNA序列的进化演度 29
3.1 两个序列间的核苷酸差异 29
3.2 核苷酸替代的估计 31
3.3 T距离 37
3.4 进化距离的数值估计 39
3.5 核苷酸序列的对位排列 39
3.6 进化距离估计中有关序列间隔的处理 42
第四章 同义与非同义的核苷酸替代 44
4.1 进化通径方法 45
4.2 基于Kimura双参数模型的方法 55
4.3 密码子3个不同位置的核苷酸替代 60
4.4 用于密码子替代模型的似然法 60
第五章 系统发育树 64
5.1 系统发育树的种类 65
5.2 拓扑差异 72
5.3 构树方法 73
6.1 UPGMA 76
第六章 系统发育推断：距离法 76
6.2 最小二乘（LS）法 81
6.3 最小进化（ME）法 87
6.4 邻接（NJ）法 91
6.5 用于系统发育重建的距离测度 98
第七章 系统发育推断：最大简约法 100
7.1 寻找最大简约（MP）系统树 101
7.2 MP树的搜索策略 106
7.3 一致树 113
7.4 分支长度的估计 115
7.6 用于蛋白质数据的MP法 116
7.5 加权简约法 116
7.7 共享的遗传特征 122
第八章 系统发育推断：最大似然法 128
8.1 ML法的计算过程 128
8.2 核苷酸替代模型 133
8.3 蛋白质似然法 139
8.4 ML方法的理论基础 141
8.5 给定拓扑结构的参数估计 142
第九章 系统树的精确性和统计检验 144
9.1 最优原理和拓扑结构误差 145
9.2 内部分支检验 147
9.3 自展检验 150
9.4 拓扑结构差异的检验 153
9.5 不同构树方法的优缺点 155
第十章 分子钟与线性树 164
10.1 分子钟假说 164
10.2 相对速率检验 168
10.3 系统发育检验 172
10.4 线性树 178
第十一章 祖先核苷酸与氨基酸序列 181
11.2 祖选序列推断：贝叶斯方法 182
11.1 祖先序列推断：简约法 182
11.3 祖先分支中的同义与非同义替代 189
11.4 趋同进化和平行进化 194
第十二章 遗传多态性和进化 202
12.1 遗传多态性的进化意义 202
12.2 等位基因频率数据的分析 204
12.3 再分群体中的遗传变异 207
12.4 多个基因座位的遗传变异 214
12.5 DNA多态性 218
12.6 检测自然选择的统计检验 226
第十三章 用遗传标记构建群体树 232
13.1 等位基因频率数据的遗传距离 233
13.2 限制性酶的DNA序列分析 241
13.3 PAPD数据分析 250
第十四章 展望 255
14.1 统计方法 255
14.2 基因组计划 256
14.3 分子生物学与进化 258
参考文献 259
附录 295