1 导论 1
1.1 生物超分子与超分子生物学 1
1.2 生物超分子存在及其意义 3
1.2.1 DNA 复制的超分子体系 4
1.2.2 转录起始阶段的超分子体系 5
1.2.3 蛋白质合成体系 5
1.2.4 蛋白质分解超分子体系 5
1.2.5 分子伴侣体系 5
1.2.6 脂肪酸合成超分子体系 6
1.2.7 能量转换体系 6
1.2.8 运动体系：鞭毛马达 6
1.3 生物超分子工程学 7
1.3.1 生物传感器 8
1.3.2 构建人工细胞膜：肽类分子组合的特性解析 8
参考文献 9
2.1.1 丙酮酸脱氢酶超分子体系基本概况 10
2.1 丙酮酸脱氢酶超分子体系 10
2 生物超分子体系 10
2.1.1.1 2-氧(代)酸脱氢酶多酶复合体家族 11
2.1.1.2 丙酮酸脱氢酶多酶复合体的构成 12
2.1.1.3 丙酮酸脱氢酶多酶复合体催化的反应 14
2.1.2 丙酮酸脱氢酶超分子体系中各组分的结构与功能 16
2.1.2.1 E1的结构与功能 16
2.1.2.2 E2的结构与功能 22
2.1.2.3 E3的结构与功能 26
2.1.2.4 PDK 的结构与功能 31
2.1.2.5 PDP 的结构与功能 36
2.1.2.6 E3BP 的结构与功能 38
2.1.3 人丙酮酸脱氢酶多酶复合体的遗传缺陷疾病 40
参考文献 45
2.2 蛋白酶体超分子体系 53
2.2.1 泛肽(Ub) 55
2.2.2 26S，2OS，19S 以及 11S 蛋白酶体的结构与功能 58
2.2.3 多泛肽化链形成与脱泛肽化酶(DUBs) 63
参考文献 66
2.3 成纤维细胞因子受体-配体超分子体系 68
2.3.1 成纤维细胞生长因子受体-配体超分子体系 72
2.3.2 成纤维细胞生长因子与其受体结合模型 77
2.3.3 成纤维细胞生长因子的抑制剂 79
2.3.4 噬菌体展示肽库与 FGF 拮抗剂的筛选 80
参考文献 84
2.4.1 转录起始超分子体系的基本概况 86
2.4.2 原核生物基因转录起始体系 86
2.4 转录起始阶段的超分子体系 86
2.4.2.1 E.Coli RNA 聚合酶 88
2.4.2.2 RNA 聚合酶全酶与启动子的结合 88
2.4.2.3 转录启动要求形成一个开放复合物(open complex) 90
2.4.2.4 基因表达由不同的σ因子控制 90
2.4.3 真核生物基因转录起始体系 91
2.4.3.1 RNA 聚合酶Ⅰ转录体系 91
2.4.3.2 RNA 聚合酶Ⅱ系的转求超分子 94
2.4.3.3 RNA 聚合酶Ⅲ转录系统 102
2.4.3.4 真核生物 RNA 聚合酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ系共性与多样性 105
参考文献 106
2.5 核糖体超分子体系 109
2.5.1 核糖体的结构 109
2.5.1.1 原核生物核糖体的结构 110
2.5.1.2 真核生物核糖体的结构 114
2.5.2 蛋白质翻译过程中的超分子体系 114
2.5.2.1 肽链合成的起始阶段的超分子体系 115
2.5.2.2 肽链合成的延伸阶段的超分子体系 116
2.5.2.3 肽链合成的终止 121
参考文献 122
2.6 G 蛋白超分子体系 124
2.6.1 G 蛋白的结构与功能 126
2.6.1.1 G 蛋白α亚基 126
2.6.1.2 G 蛋白βγ亚基 130
2.6.1.3 G 蛋白异源三聚体的形成 134
2.6.2 G 蛋白偶联受体及 G 蛋白的活化 135
2.6.2.1 G 蛋白偶联受体 135
2.6.2.2 G 蛋白偶联受体与 G 蛋白的相互作用 136
2.6.3 G 蛋白信号传递的调节 139
2.6.3.1 RGS 加速终止 G 蛋白信号传递 139
2.6.3.2 对 G 蛋白偶联受体的调控 140
2.6.4 G 蛋白信号传递的选择性与超分子体系 142
参考文献 145
2.7 端粒酶超分子体系 152
2.7.1 端粒酶与端粒复制问题 152
2.7.2 端粒酶的性能 156
2.7.2.1 引物特异性 157
2.7.2.2 端粒酶的持续合成能力 160
2.7.2.3 引物切割 162
2.7.3 端粒酶超分子的组成和功能 163
2.7.3.1 端粒酶 RNA 组分 163
2.7.3.2 端粒酶的催化亚基 169
2.7.3.3 端粒酶其他蛋白组分 173
2.7.4 端粒酶与端粒结合蛋白 175
参考文献 177
3 生物超分子工程 180
3.1 蛋白质的人工组装与分子反应器 180
3.1.1 糖化酶和葡萄糖异构酶双酶共反应器 181
3.1.1.1 调整固定化糖化酶反应最适 pH 值 183
3.1.1.2 固定化葡萄糖异构酶 184
3.1.1.3 双酶分子共反应器的构建 185
3.1.2 分子沉积技术人工组装双酶共固定反应器 186
参考文献 189
3.2 人工酶 190
3.2.1 合成酶 191
3.2.1.1 合成酶的理论基础 191
3.2.1.2 合成酶的分类 193
3.2.1.3 主-客体酶模型 193
3.2.1.4 胶束模拟酶 201
3.2.1.5 肽酶 203
3.2.1.6 半合成酶 204
3.2.2 分子印迹酶 205
3.2.2.1 分子印迹聚合物的制备方法 206
3.2.2.2 生物印迹 207
3.2.2.3 印迹酶实例 208
3.2.2.4 印迹酶的催化效率 212
3.2.3 分子识别模拟酶——模拟谷胱甘肽过氧化物酶 213
3.2.3.1 用抗体模拟 GPX 213
3.2.3.2 用环糊精模拟 GPX 217
3.2.4 人工模拟酶的研究现状及展望 218
参考文献 219
4 蛋白质间相互作用研究 224
4.1 蛋白质间相互作用的研究方法 225
4.1.1 鉴别蛋白质间相互作用一般方法 225
4.1.1.1 亲和层析法 225
4.1.1.2 免疫共沉淀法 225
4.1.2 噬菌体展示肽库 226
4.1.2.1 菌体展示库构建 228
4.1.2.2 亲和筛选 228
4.1.2.3 在遗传包装体上蛋白质的展示和筛选 229
4.1.2.4 展示在丝状噬菌体上的 cDNA 克隆体系 230
4.1.3 酵母双杂交系统 232
4.1.4 BIAcore 技术研究生物大分子间相互作用 236
4.2 蛋白质-蛋白质相互作用关系图 237
4.2.1 确认蛋白质间相互作用 237
4.2.2 结合特异性和能量图 238
4.3 蛋白质和肽的相互作用 239
4.3.1 Fab-肽复合物 243
4.3.2 OppA 蛋白质 244
4.4 蛋白质相互作用数据库 245
4.4.1 DIP 246
4.4.2 BIND 246
4.4.3 MIPS 247
4.4.4 PROTEOME 247
4.4.5 PRONET 247
4.4.6 CURAGEN 247
4.4.7 PIM 247
参考文献 247