前言 1
目录 1
第一部分概述 11
第一章计算机时代的生物学 11
计算是如何改变生物学的？ 12
生物信息学难道仅仅是建立数据库吗？ 16
信息学对生物学家意味着什么？ 19
生物学给计算机科学家提出了哪些挑战？ 20
生物信息学家应该有什么样的技巧？ 21
为什么生物学家应使用计算机？ 22
要进行生物信息学研究应该怎样设置PC机？ 24
我们能找到什么信息和软件？ 25
不上课我就能学会一门编程语言吗？ 26
怎样利用Web信息？ 27
怎样理解序列比对数据？ 27
生物信息学能回答什么问题？ 28
怎样编写一个程序来比对两个生物学序列？ 28
怎样通过序列来预测蛋白质结构？ 28
第二章生物学问题的计算方法 30
分子生物学的中心法则 30
生物学家要建什么样的模型？ 35
为什么生物学家要建立模型？ 39
本书覆盖的计算方法 40
一个计算生物学的实验 44
第二部分生物信息学工作站 53
第三章建立工作站 53
在Unix操作系统下工作 53
建立一个Linux工作站 57
如何使软件运行起来 63
什么软件是必需的？ 70
文件系统基础 72
第四章Unix中的文件和目录 72
用于目录和文件的命令 79
在多用户环境中工作 88
第五章在Unix系统下工作 97
Unix Shell 97
在Unix系统上发布命令 99
查看和编辑文件 105
转换和过滤器 112
文件统计和比较 120
正则表达式的语言 123
Unix Shell脚本 126
和其他计算机进行通信 127
在共享环境中和其他人轻松交流 133
第三部分生物信息学工具 149
第六章在Web上进行生物学研究 149
应用搜索引擎 150
查找科学文献 152
公共的生物学数据库 157
搜索生物学数据库 163
在公共的数据库中存储数据 170
查找软件 171
判断信息的质量 173
第七章序列分析、成对比对以及数据库搜索 175
生物分子的化学成分 176
DNA和RNA的组成 177
Watson及Crick解决了DNA的结构问题 179
DNA测序方法的发展 181
genefinder和DNA特征的检测 184
DNA翻译 186
成对序列比较 188
在生物学数据库进行序列查询 197
序列分析的多功能工具 204
第八章多序列比对、进化树和简图 207
从形态到分子 207
多序列比对 209
系统发育分析 215
简图和基序 221
第九章蛋白质结构的可视化和结构性质的计算 231
关于蛋白质结构数据 232
蛋白质的化学性质 233
基于Web的蛋白质结构工具 245
结构可视化 247
结构分类 257
结构比对 263
结构分析 266
溶剂可接近性和相互作用 269
计算物理化学性质 273
结构优化 275
蛋白质资源数据库 279
把一切结合在一起 280
第十章根据序列预测蛋白质的结构和功能 283
蛋白质结构的确定 284
预测蛋白质的结构 287
从三维到一维 290
蛋白质序列中的特征检测 291
二级结构预测 292
三维结构预测 297
把所有的结合在一起：一个蛋白质建模的方案 302
小结 307
第十一章基因组学和蛋白质组学工具 308
从基因测序到基因组测序 310
序列组装 315
在Web上访问基因组信息 316
注释和分析整个基因组序列 320
功能基因组学：新的数据分析挑战 323
蛋白质组学 330
生化途径数据库 334
动力学和生理学建模 337
小结 339
第四部分数据库和可视化 343
第十二章用Perl进行数据自动化分析 343
为什么选择Perl？ 343
Perl基础 344
模式匹配和正则表达式 351
使用Perl解析BLAST输出 352
Perl在生物信息学中的应用 358
第十三章构建生物学数据库 362
数据库类型 363
数据库软件 371
SQL概论 373
安装MySQL DBMS 379
数据库设计 384
开发与数据库互动的基于Web的软件 388
第十四章可视化和数据采集 397
准备数据 398
浏览图形 399
序列数据可视化 400
网络和途径可视化 402
处理数字数据 404
可视化：小结 410
数据采集和生物学信息 411
参考文献 417
词汇表 423