第1部分 微生物学概论 1
第1章 微生物学的历史和范围 1
1.1 微生物的发现 2
1.2 自生说之争 2
1.3 微生物在疾病中的作用 7
1.4 工业微生物学和微生物生态学 10
1.5 微生物界的成员 11
1.6 微生物学的范围和现实意义 11
1.7 微生物学的未来 13
第2章 微生物结构的研究：显微术和样品制备 17
2.1 透镜和光线的偏转 18
2.2 光学显微镜 19
2.3 样品的制备和染色 25
2.4 电子显微镜技术 30
2.5 显微术中的新技术 35
第3章 原核细胞结构和功能 41
3.1 原核细胞结构概述 42
3.2 原核细胞膜 46
3.3 细胞质基质 49
3.4 拟核 54
3.5 原核细胞壁 55
3.6 细胞壁外部的组分 62
3.7 趋化性 68
3.8 细菌内生孢子 69
第4章 真核细胞结构和功能 76
4.1 真核细胞结构概述 78
4.2 细胞质基质、微丝、中间丝和微管 78
4.3 内质网 81
4.4 高尔基体 81
4.5 溶酶体和胞吞作用 82
4.6 真核核糖体 84
4.7 线粒体 85
4.8 叶绿体 85
4.9 细胞核和细胞分裂 88
4.10 细胞外部覆盖物 90
4.11 纤毛和鞭毛 91
4.12 原核细胞与真核细胞的比较 92
第Ⅱ部分 微生物的营养、生长和控制 97
第5章 微生物的营养 97
5.1 一般的营养需求 98
5.2 对碳、氢和氧的需求 98
5.3 微生物的营养类型 99
5.4 对氮、磷和硫的需求 100
5.5 生长因子 100
5.6 细胞对营养物质的吸收 102
5.7 培养基 106
5.8 纯培养物的分离 108
第6章 微生物的生长 114
6.1 生长曲线 115
6.2 微生物生长的测定 118
6.3 微生物的连续培养 121
6.4 环境因素对微生物生长的影响 123
6.5 微生物在自然环境中的生长 132
第7章 用物理和化学方法控制微生物 139
7.1 常用术语的定义 140
7.2 微生物死亡的方式 141
7.3 影响抗微生物剂作用效果的条件 142
7.4 控制微生物的物理方法 142
7.5 控制微生物的化学方法 148
7.6 抗微生物剂有效性的评价 151
第Ⅲ部分 微生物代谢 155
第8章 代谢：能量、酶和调节作用 155
8.1 能量和功 156
8.2 热力学定律 157
8.3 自由能和反应 158
8.4 ATP 在代谢中的作用 159
8.5 氧化还原反应和电子载体 159
8.6 酶 162
8.7 代谢调控的性质和意义 166
8.8 代谢通道 166
8.9 酶活性的控制 167
第9章 代谢：能量的释放和贮藏 174
9.1 代谢的概况 175
9.2 葡萄糖分解成丙酮酸 178
9.3 发酵作用 181
9.4 三羧酸循环 184
9.5 电子传递和氧化磷酸化 185
9.6 厌氧呼吸 191
9.7 碳水化合物和胞内贮存聚合物的分解代谢 192
9.8 脂类分解代谢 193
9.9 蛋白质和氨基酸的分解代谢 194
9.10 无机物的氧化 194
9.11 光合作用 197
第10章 代谢：生物合成中能量的利用 206
10.1 支配生物合成的原则 207
10.2 CO2的光合固定 209
10.3 糖和多糖的合成 211
10.4 无机磷、硫和氮的同化 212
10.5 氨基酸的合成 216
10.6 添补反应 216
10.7 嘌呤、嘧啶和核苷酸的合成 219
10.8 脂类的合成 220
10.9 肽聚糖的合成 222
10.10 细胞壁形成的模式 224
第Ⅳ部分 微生物的分子生物学和遗传学 227
第11章 基因：结构、复制和突变 227
11.1 遗传物质 DNA 228
11.2 核酸结构 231
11.3 DNA 复制 235
11.4 遗传密码 240
11.5 基因结构 242
11.6 突变及其化学基础 245
11.7 突变体的检测和分离 252
11.8 DNA 修复 255
第12章 基因：表达和调节 262
12.1 DNA 转录或 RNA 合成 263
12.2 蛋白质的合成 267
12.3 mRNA 合成的调节 279
12.4 弱化作用 282
12.5 全局调节系统 285
12.6 双组分磷酸接力系统 288
12.7 细胞周期的控制 289
第13章 微生物重组和质粒 296
13.1 细菌的重组：一般原理 297
13.2 细菌的质粒 299
13.3 转座因子 302
13.4 细菌的接合 307
13.5 DNA 转化 310
13.6 转导 312
13.7 基因组作图 317
13.8 病毒的重组和基因组作图 318
第Ⅴ部分 DNA 技术和基因组学 325
第14章 重组 DNA 技术 325
14.1 历史的透视 326
14.2 合成 DNA 329
14.3 聚合酶链反应 331
14.4 重组 DNA 的制备 333
14.5 克隆载体 339
14.6 将基因插入真核细胞 341
14.7 外源基因在细菌中的表达 341
14.8 遗传工程的应用 343
14.9 重组 DNA 技术的社会影响 345
第15章 微生物基因组学 351
15.1 导论 352
15.2 测定 DNA 序列 352
15.3 全基因组鸟枪法测序 353
15.4 生物信息学 355
15.5 微生物基因组的一般特征 355
15.6 功能基因组学 361
15.7 基因组学展望 363
第Ⅵ部分 病毒 367
第16章 病毒：概论和基本特征 367
16.1 病毒学的早期发展 368
16.2 病毒的一般性质 370
16.3 病毒的培养 370
16.4 病毒的纯化与测定 371
16.5 病毒的结构 374
16.6 病毒的分类原则 383
第17章 病毒：噬菌体 388
17.1 噬菌体的分类 389
17.2 双链 DNA 噬菌体的复制：裂解周期 389
17.3 单链 DNA 噬菌体的复制 394
17.4 RNA 噬菌体的复制 395
17.5 温和噬菌体和溶源性 396
第18章 病毒：真核生物的病毒 403
18.1 动物病毒的分类 404
18.2 动物病毒的增殖 404
18.3 杀细胞感染和细胞损伤 415
18.4 持续、潜伏和慢病毒感染 415
18.5 病毒和癌 416
18.6 植物病毒 417
18.7 真菌和藻类病毒 420
18.8 昆虫病毒 420
18.9 类病毒和朊病毒 421
第Ⅶ部分 微生物世界的多样性 427
第19章 微生物分类学 427
19.1 一般介绍和概观 428
19.2 微生物的进化和多样性 429
19.3 分类等级 431
19.4 分类系统 432
19.5 分类学中使用的主要特征 434
19.6 微生物系统发育的评估 438
19.7 生物的主要划分 441
19.8 《伯杰氏系统细菌学手册》 444
19.9 原核系统发育和多样性的概观 447
第20章 古生菌 456
20.1 古生菌的介绍 457
20.2 泉古生菌门 462
20.3 广古生菌门 462
第21章 细菌：异常球菌和革兰氏阴性非变形杆菌 472
21.1 产液菌门和栖热袍菌门 473
21.2 异常球菌-栖热菌 474
21.3 光合细菌 474
21.4 浮霉状菌门 482
21.5 衣原体门 483
21.6 螺旋体门 484
21.7 拟杆菌门 487
第22章 细菌：变形杆菌 492
22.1 α-变形杆菌纲 493
22.2 β-变形杆菌纲 501
23.3 γ-变形杆菌纲 504
22.4 δ-变形杆菌纲 513
22.5 ε-变形杆菌纲 518
第23章 细菌：低 G+C 含量的革兰氏阳性细菌 523
23.1 柔膜菌纲(支原体) 524
23.2 《伯杰氏手册》中低 G+C 含量的革兰氏阳性菌 527
23.3 梭菌纲 529
23.4 芽孢杆菌纲 531
第24章 细菌：高 G+C 含量的革兰氏阳性细菌 542
24.1 放线菌的一般特征 543
24.2 《伯杰氏手册》中高 G+C 含量的革兰氏阳性细菌 545
24.3 放线菌亚目 548
24.4 微球菌亚目 548
24.5 棒杆菌亚目 549
24.6 小单孢菌亚目 550
24.7 丙酸杆菌亚目 552
24.8 链霉菌亚目 552
24.9 链孢囊菌亚目 553
24.10 弗兰克氏菌亚目 554
24.11 双歧杆菌目 555
第25章 真菌(真菌门)、粘菌和水霉 558
25.1 分布 559
25.2 重要性 559
25.3 结构 560
25.4 营养和代谢 563
25.5 繁殖 563
25.6 真菌门的特征 565
25.7 粘菌和水霉 571
第26章 藻类 577
26.1 分布 578
26.2 分类 579
26.3 藻细胞的超微结构 580
26.4 藻的营养 580
26.5 藻的原植体(营养型)的结构 580
26.6 藻的繁殖 580
26.7 藻门的特征 582
第27章 原生动物 590
27.1 分布 591
27.2 重要性 591
27.3 形态学 592
27.4 营养 593
27.5 孢囊形成和孢囊释放 593
27.6 运动的细胞器 593
27.7 繁殖 593
27.8 分类 594
27.9 代表类型 595
第Ⅷ部分 生态学和共生 603
第28章 微生物相互作用和微生物生态学 603
28.1 微生物生态学基础 604
28.2 微生物的相互作用 604
28.3 营养循环的相互作用 619
28.4 自然环境 627
28.5 微生物生态学的方法 634
第29章 水生环境中的微生物 641
29.1 水生环境和微生物 642
29.2 微生物群落 647
29.3 海洋环境 652
29.4 淡水环境 656
29.5 水和疾病传播 659
29.6 废水处理 665
29.7 地下水的质量和家庭处理系统 670
第30章 陆地环境中的微生物 676
30.1 土壤作为微生物的一种环境 677
30.2 土壤环境中的微生物 678
30.3 微生物与各种土壤的形成 680
30.4 维管植物相关的土壤微生物群丛 682
30.5 土壤、植物与营养物质 694
30.6 土壤、植物与大气 696
30.7 微生物与植物分解 698
30.8 地下生物圈 699
30.9 土壤微生物与人类健康 701
30.10 认识土壤中微生物的多样性 702
第Ⅸ部分 非特异性抗性和免疫应答 707
第31章 正常微生物群和非特异性宿主抗性 707
31.1 悉生动物 708
31.2 人体的正常微生物群 709
31.3 宿主抗性概述 714
31.4 免疫系统的细胞、组织和器官 715
31.5 非特异性抗性中的物理和化学屏障 719
31.6 炎症 722
31.7 补体系统 724
31.8 吞噬作用 727
31.9 细胞因子 730
31.10 自然杀伤细胞 733
第32章 特异性免疫 739
32.1 特异性免疫概述 740
32.2 抗原 742
32.3 抗体 744
32.4 T 细胞生物学 755
32.5 B 细胞生物学 762
32.6 抗体的作用 766
32.7 经典补体途径 768
32.8 获得性免疫耐受 768
32.9 抗体和淋巴细胞在抗性中的作用 769
第33章 医学免疫学 774
33.1 疫苗和免疫作用 775
33.2 免疫失调 779
33.3 体外抗原-抗体反应 785
第Ⅹ部分 微生物疾病及其控制 799
第34章 微生物的致病性 799
34.1 宿主-寄生物间的关系 800
34.2 病毒病的发病机理 802
34.3 细菌疾病的发病机理 803
34.4 微生物逃避宿主防御的机制 813
第35章 抗微生物的化学疗法 817
35.1 化学疗法的发展 818
35.2 抗微生物药物的一般特性 819
35.3 抗微生物活性水平的测定 821
35.4 抗微生物药剂的作用机制 823
35.5 影响抗微生物药物效果的因素 824
35.6 抗细菌药物 824
35.7 抗药性 829
35.8 抗真菌药物 832
35.9 抗病毒药物 832
第36章 临床微生物学 838
36.1 标本 839
36.2 标本中微生物的鉴定 843
36.3 敏感性试验 856
36.4 计算机在临床微生物学中的应用 856
第37章 传染病的流行病学 859
37.1 流行病学术语 860
37.2 频率的测量：流行病学家的工具 861
37.3 传染病的流行病学 862
37.4 人群中传染病的识别 862
37.5 流行病的识别 863
37.6 传染病的周期：一种疾病的故事 864
37.7 毒力与传播方式 870
37.8 传染病和病原体的突现和再次突现 871
37.9 流行病的控制 874
37.10 生物恐怖主义威胁的突现 875
37.11 全球旅行与健康注意事项 876
37.12 医院感染 878
第38章 病毒引起的人类疾病 883
38.1 空气传播的疾病 884
38.2 节肢动物媒介的疾病 890
38.3 直接接触传播的疾病 891
38.4 食物和水传播的疾病 905
38.5 慢病毒和朊病毒疾病 906
38.6 其他疾病 908
第39章 细菌引起的人类疾病 913
39.1 空气传播的疾病 914
39.2 节肢动物传播的疾病 923
39.3 直接接触传播的疾病 928
39.4 食物与水源传播的疾病 942
39.5 脓毒和脓毒性休克 947
39.6 牙齿感染 948
第40章 真菌和原生动物引起的人类疾病 957
41.1 真菌疾病 958
40.2 原生动物疾病 966
第Ⅺ部分 食品和工业微生物学 979
第41章 食品微生物学 979
41.1 微生物在食品中的生长 980
41.2 微生物生长和食品腐败 983
41.3 食品腐败的控制 986
41.4 食品导致的疾病 989
41.5 食品携带的病原体的检测 992
41.6 发酵食品的微生物学 994
41.7 微生物作为食品和食品改良剂 1002
第42章 工业微生物学与生物技术 1007
42.1 为工业微生物学和生物技术选择微生物 1008
42.2 微生物在控制的环境中生长 1015
42.3 工业微生物学的主要产物 1018
42.4 复杂环境中微生物的生长 1025
42.5 生物技术的应用 1033
42.6 微生物生物技术的冲击 1038
附录Ⅰ 生物分子的化学复习 1
附录Ⅱ 常见的代谢途径 12
附录Ⅲ 依据第一版《伯杰氏系统细菌学手册》的原核生物分类 22
附录Ⅳ 依据第二版《伯杰氏系统细菌学手册》的原核生物分类 29
附录Ⅴ 病毒的分类 44