1进化生物学与健康科学的现代融合 1
2进化与病理 4
2.1病原微生物和病理转变可能具有适应性和／或进化方面的重要性 4
2.2突变的进化与病理悖论 6
3肿瘤广泛发生在多细胞生物体中 7
3.1多细胞生物不同群体中肿瘤发生的比较肿瘤学数据 7
3.2细胞癌基因和抑癌基因的古老起源与保守性 11
3.3肿瘤的广泛存在表明它们可能具有进化意义 13
4进化的肿瘤特征 14
4.1激活的异常基因和基因集可能参与肿瘤新型细胞的起源 14
4.2丢失恶性的肿瘤细胞或许导致新型细胞起源 19
4.3肿瘤提供给生物体较多功能上不必要的细胞群，可以用于新型细胞、组织和器官的起源 22
4.4非典型器官或组织的肿瘤最终可能进化成正常的结构 24
5肿瘤可能参与个体发育进化 28
5.1肿瘤和正常胚胎发育 28
5.2肿瘤是一种分化疾病 33
5.3在正常发育和肿瘤发展中上皮-间质转化发生 35
5.4肿瘤、进化-发育及个体发育进化最后阶段的后加演化 36
5.5最近进化的器官——人类大脑，重现许多肿瘤相似的特征 38
5.6真兽亚纲动物胎盘是进化的创新并重现了多种肿瘤特征 45
6肿瘤或许在进化中发挥作用 46
6.1遗传性肿瘤 46
6.2胎儿、新生儿和婴儿肿瘤 47
6.3良性肿瘤、原位癌和假性疾病 48
6.4早期和中期阶段进展性肿瘤 50
6.5自然消退的肿瘤 51
6.6稳定的肿瘤细胞群 53
7肿瘤在进化中已发挥作用 54
7.1豆类固氮根瘤 54
7.2剑尾鱼的黑色素瘤细胞和巨黑色素细胞 55
7.3金鱼的头冠——一个人工选择的良性肿瘤 56
7.4田鼠胃中的恶性乳头状瘤和共生绒毛 56
7.5真兽亚纲的胎盘——可调控的肿瘤 57
7.6“进化与病理悖论”可能也适用于肿瘤 58
8新基因起源的一般原理与分子机制 60
8.1基因倍增 60
8.2外显子混编 63
8.3新基因从头起源 64
8.4转座子在基因起源中的作用 66
8.5多基因家族的起源 67
8.6非编码RNA基因的起源 68
8.7新基因的起源是普遍且不间断的过程 69
9多细胞生物体中进化的新基因起源和新功能与结构复杂性的进化 70
9.1新基因全新的和改变的功能 70
9.2多细胞生物体中的新基因和进化创新的出现与形态新颖的发生 80
10肿瘤新功能化介导新型细胞、组织与器官的起源 88
10.1肿瘤新功能化介导进化的假说 88
10.2基因竞争与肿瘤可能的进化作用 88
10.3细胞癌基因可能的进化作用 91
10.4调控新功能、新基因表达与新型细胞增殖的反馈回路的起源 91
10.5新型细胞如何遗传给后代 96
10.6荷瘤生物体是一种进化过渡模式 97
10.7“偶然冻结”理论可应用于新型细胞、组织与器官的起源 98
10.8肿瘤提供新进化基因的表达，也促进了新生物体基因功能的起源 98
10.9肿瘤与后生动物的早期进化 99
10.10进化过程中需要连续供应额外细胞群 102
10.11生物体复杂性的非适应性起源 103
10.12肿瘤与复杂性谁在前 103
10.13肿瘤是搜索新型分子组合与创新的引擎 104
11肿瘤新功能化介导进化假说非凡预测的实验验证 105
11.1进化上年轻的和新的基因在肿瘤中表达 105
11.2人工选择的肿瘤 121
12支持肿瘤正向进化作用与肿瘤新功能化介导进化假说的其他证据 128
12.1灵长类谱系中多种肿瘤相关基因的正向选择 128
12.2在肿瘤中表达的进化新基因 129
12.3多种进化新基因在类似肿瘤的器官——胎盘中的表达 130
12.4抗癌选择进化可能与发育和进化限制有关 130
13概述 131
14结论 143
参考文献 144