第一章 导言 1
1.1进化论是生物学中最大的统一理论 1
1.2进化论是生物学对自然科学最重要的理论贡献 3
1.3地球生命与地球环境协进化的概念是进化理论的新发展 4
第二章 进化（演化）概念与进化生物学 6
2.1时间尺度与历史自然科学 6
2.2进化生物学和进化论 7
2.3广义的进化概念 8
2.4生物进化概念 10
第三章 生物进化研究中的方法论问题 12
3.1进化的因果分析 12
3.2进化生物学的比较方法 13
3.3自然历史资料的搜集与分析 15
3.4自然进化过程的考察 15
3.5进化的实验研究 16
3.6关于“现实主义方法” 17
第四章 进化思想与进化学说 19
4.1从进化思想到进化学说 19
4.2古代的自然哲学——进化思想的萌芽 19
4.3中世纪西方的宗教哲学——反进化思想 22
4.4近代对立的自然观与进化学说的产生 23
4.5达尔文和达尔文的进化理论 30
4.6达尔文以后的进化理论的发展 37
4.7关于进化学说之间的争论和进化学说的分类 39
第五章 地球生命与生物圈 42
5.1地球是一个特殊的行星，其特殊性就在于它具有由多样生命组成的生物圈 42
5.2地球生物圈的形成 46
5.3为什么在太阳系中唯独地球具有生物圈 49
第六章 进化的历程——生命史 53
6.1生命史中的进化事件 53
6.2生命史研究的新进展和新问题 54
6.3生命史的三个阶段 56
6.4生命起源 59
6.5光合作用和光合自养生物的起源及有关的地质记录 72
6.6蓝菌的繁荣与衰落 74
6.7细胞进化——从原核细胞到真核细胞 75
6.8元古宙晚期的生物进化事件和全球环境变化 78
6.9多细胞化和后生动、植物的起源 80
6.10性和有性生殖的起源 89
6.11显生宙生物进化事件 94
6.12动物骨骼的起源与进化 94
6.13维管植物的起源与早期进化 97
6.14从进化历程看形态进化趋势：复杂性和多样性的增长 99
第七章 小进化 102
7.1概念：什么是小进化 102
7.2小进化的基本单位 103
7.3种群的遗传结构 103
7.4小进化因素：引起种群基因库组成变化的原因 104
7.5适应 106
7.6自然选择 110
7.7自然选择作用下的适应进化及实证 117
7.8自然选择在小进化中的作用（小结） 121
7.9小进化的随机性与决定性 122
7.10小进化中的内因 123
7.11关于定向变异和获得性遗传 126
第八章 种和种形成 128
8.1物种问题 128
8.2生物为什么以物种的形式存在？ 129
8.3物种的概念与定义 130
8.4种形成 135
第九章 分类系统与进化谱系 144
9.1分类学与系统学 144
9.2分类学的两种指导思想和两种原则 145
9.3分支系统分析与进化谱系的推断 147
9.4分子特征与分子进化谱系 154
第十章 大进化 158
10.1名词概念 159
10.2大进化型式 161
10.3进化速率 166
10.4进化趋势 173
10.5绝灭 179
10.6大进化与小进化问题讨论 191
第十一章 生态系统进化 197
11.1生物之间的两种联系纽带和两类系统 197
11.2生态系统是随时间而进化的信息系统 198
11.3生态系统的组织化水平 199
11.4在生态系统内的物种进化 199
11.5在短时间尺度上生态系统的变化——演替 202
11.6生态系统进化：在地质时间尺度上的生态系统演变 203
11.7生态系统进化幕 203
11.8生态系统进化的趋势 206
11.9人类影响和控制下的生态系统的进化趋势——理智圈的扩展 207
第十二章 分子进化和分子系统学 209
12.1概念 209
12.2生物大分子进化的特点 209
12.3分子进化中性论：论点和论据 211
12.4中性论与自然选择说是对立的吗？——关于中性论的问题讨论 215
12.5分子系统学和分子系统树 217
12.6古分子系统学 224
12.7分子钟 228
第十三章 人类的起源与进化 231
13.1人类具备创造文化的三个基本条件 231
13.2达尔文把人类回归到自然界 232
13.3人的双重属性和人的概念 232
13.4人类的形态学特征 234
13.5人类的生物学进化 237
13.6人类是一个多态复合种 241
13.7人科谱系和现代智人种的起源 242
13.8从猿到人：关于人与猿的本质区别问题 248
第十四章 文化进化与人类未来 250
14.1人类的生物学进化与文化进化 250
14.2文化进化对人类生物学进化的影响 253
14.3人类社会现象和社会行为的生物学解释——关于社会生物学问题的争议 254
14.4进化与人类未来 259
后记 261
参考文献 263