1 因特网与生物学家 1
1.1 因特网基础 1
1.2 与因特网连接 3
1.3 电子邮件 4
1.4 文件传输协议 6
1.5 GOPHER 8
1.6 万维网 9
参考文献 15
2 GenBank序列数据库 16
2.1 简介 16
2.2 一级和二级数据库 18
2.3 格式与内容：计算机与人 19
2.4 数据库 21
2.5 剖析GenBank Flatile 21
2.6 小结 31
附录2.1 GenBank记录的例子 32
附录 数据库文件格式 32
参考文献 32
附录2.2 ASN.1记录的例子 34
附录2.3 EMBL记录的例子 41
附录2.4 GenBank总结文件的例子 43
3 结构数据库 46
3.1 简介 46
3.2 PDB：Brookhaven国家实验室蛋白质数据库 49
3.3 MMDB：NCBI的分子建模数据库 55
3.4 结构文件格式 57
3.5 可视结构信息显示 58
3.6 数据库结构浏览器 64
3.7 不能查找出版的结构吗？ 65
参考文献 66
专题论文 68
4 应用GCG进行序列分析 69
4.1 简介 69
4.3 Wisconsin Package使用的数据库 70
4.2 Wisconsin Package 70
4.4 SeqLab环境 71
4.5 用操作和Wisconsin Package程序分析序列 74
4.6 观察输出 76
4.7 监视程序执行过程并解决问题 77
4.8 给序列加注释并在SeqLab Editor中图形化显示注释 78
4.9 在SeqLab Editor中保存序列 79
4.10 在SeqLab中可以实现的分析实例 79
4.11 引人非Wisconsin Package组件的程序扩展SeqLab 84
参考文献 85
附录 86
5 生物数据库的信息检索 91
5.1 检索数据库条目：检索服务器(Retrieve服务器) 91
5.2 集成信息检索：ENTREZ系统 94
5.3 集成的信息访问：查询服务器 105
5.4 NCBI之外的序列数据库 107
5.5 医学数据库 109
参考文献 110
6 NCBI数据模型 112
6.1 简介 112
6.2 出版物 116
6.3 SEQIDS：名称中包含了什么？ 118
6.4 BIOSEQ：生物序列 121
6.5 BIOSEQSETS：序列集合 124
6.6 Seq-annot:序列的注释属性 125
6.7 SEQ-DESCR：序列的描述 129
6.8 模型的使用 129
6.9 小结 131
参考文献 131
7 序列比对和数据库搜索 133
7.1 简介 133
7.2 序列比对的进化基础 133
7.3 蛋白质的模块性质 135
7.4 最佳比对方法 138
7.5 取代分和空位处罚 139
7.6 比对的统计学显著性 142
7.7 数据库中的相似性搜索 143
7.8 FASTA 146
7.9 BLAST 146
7.10 低复杂度区域 152
7.11 重复元件 154
7.12 小结 156
参考文献 156
8 多序列比对的实际应用 160
8.1 渐进比对方法 161
8.2 模体和模式 165
8.3 演示方法 170
参考文献 174
9 系统发育分析 175
9.2 系统发育数据分析：比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估 176
9.1 系统发育模型的组成 176
9.3 建立数据模型(比对) 177
9.4 决定取代模型 183
9.5 建树方法 190
9.6 进化树搜索 195
9.7 确定树根 196
9.8 评估进化树和数据 197
9.9 系统发育软件 201
9.10 一些简单的实际的考虑 208
参考文献 211
10 利用核酸序列的预测方法 216
10.1 框架 216
10.2 遮蔽重复DNA 217
10.3 数据库搜索 218
10.4 密码子偏好的检测 219
10.5 探查DNA中的功能性位点 220
10.6 复合的基因语法分析 222
10.8 未来的展望 225
10.7 搜寻LRNA基因 225
参考文献 227
11 利用蛋白质序列的预测方法 231
11.1 基于组成的蛋白质辨识 232
11.2 基于序列的物理性质 234
11.3 二级结构和折叠类型 236
11.4 特殊结构或结构特征 241
11.5 三级结构 246
参考文献 247
12 鼠类和人类公用物理图谱数据库漫游 251
12.1 物理图谱的类型 252
12.2 大型公用数据库中的基因组范围图谱 254
12.3 个体来源的基因组范围图谱 259
12.4 特定人类染色体图谱 272
12.5 鼠类图谱来源 275
参考文献 278
13.1 ACEDB的一般特点 280
13 ACEDB：基因组信息数据库 280
13.2 ACEDB中的序列分析 285
13.3 多种分析功能 293
14 提交DNA序列到数据库 297
14.1 简介 297
14.2 提交到哪儿？ 298
14.3 提交什么内容？ 298
14.4 如何提交到万维网 301
14.5 如何用Sequin提交 306
14.6 EST／STS／GSS 324
14.7 基因组中心 326
14.8 更新 326
14.9 结论性的评价 327
参考文献 329
附录1 词汇 330
附录2 样本序列文件格式 334