第1章 序列数据库 1
1.1 发展历史 1
1.2 数据收集和数据发行 3
1.2.1 数据收集 3
1.2.2 数据发行 4
1.3 序列检索与序列数据格式 7
1.4 序列数据库与序列分析软件 12
1.5 其它分子生物学数据库 18
小结 20
第2章 序列对数据库的类似性检索 22
2.1.1 氨基酸的替换与记分方法 23
2.1 序列检索和比较应考虑的问题 23
2.1.2 空位罚分 26
2.1.3 基因重组和序列内部重复 28
2.2 数据库检索的算法 29
2.2.1 片段覆盖法 29
2.2.2 K-tuple匹配法 30
2.3 应用举例：执行一次数据库检索 30
2.4 检索短序列 34
2.5 序列类似性检索的发现 36
小结 38
第3章 序列比较与同源性 39
3.1.1 动态程序对准 40
3.1 双重序列比较 40
3.1.2 点矩阵作图 45
3.1.3 序列同源与类似 58
3.2 序列类似的显著性评价 59
3.2.1 Monte Carlo模拟法 59
3.2.2 类似性积分的分布状况 63
3.2.3 Karlin-Altschul概率法 66
3.2.4 经验判断法 66
3.2.5 短序列对准的显著性评价 68
3.2.6 核酸序列比较的显著性评价 70
3.3 多序列比较 72
3.3.1 Feng和Doolittle的方法 73
3.3.2 Schuler,Altschul和Lipman的方法 77
小结 82
第4章 蛋白质家族与分子进化 84
4.1 蛋白质家族和超家庭 84
4.2 分子进化钟 88
4.3 进化树 93
4.3.1 序列进化树 93
4.3.2 结构进化树 97
小结 105
5.1 物理化学特性 107
5.1.1 由蛋白质序列推算蛋白质的分子量、氨基酸组成、等电点和消光系数 107
第5章 蛋白质结构预测与功能分析 107
5.1.2 氨基酸组成的统计分析 110
5.1.3 根据蛋白质的理化特性快速鉴定蛋白质 120
5.1.4 蛋白质稳定性预测 120
5.2 一级结构特征 126
5.2.1 内部重复单位 126
5.2.2 序列模式和位点 129
5.2.3 序列结构域与模式匹配方法 134
5.3 二级结构特征 148
5.3.1 亲疏水性特征与作图 148
5.3.2 变异矩与螺旋外表面的检测 157
5.3.3 二级结构预测 158
小结 167
第6章 核酸的信号检索与结构预测 169
6.1 限制性酶切位点和固定序列模式 170
6.1.1 限制性酶切位点检索 170
6.1.2 固定序列模式的检索 172
6.2 核酸序列的特殊信号检索 175
6.2.1 细菌启动子 177
6.2.2 mRNA剪接位点 178
6.3 基因编码区鉴定与翻译 180
6.3.1 开放阅读框架分析 180
6.3.2 编码区鉴定 181
6.3.3 基因序列翻译 191
6.4 RNA二级结构预测 194
6.5 寡核苷酸探针和引物设计 199
6.5.1 分子探针数据库 199
6.5.2 计算机辅助的引物和探针设计 201
小结 205
第7章 电子网络与序列分析 208
7.1 使计算机联网 209
7.2 通过电子邮件开展序列分析 209
7.2.1 电子邮件与电子地址 209
7.2.2 电子邮件服务器 212
7.3 文件传送协议 214
7.4 网络信息工具 215
7.5 电子公告牌 217
小结 219
参考文献 220
附录Ⅰ 核苷酸符号 230
附录Ⅱ 遗传密码字典 231
附录Ⅲ 氨基酸符号 232
附录Ⅳ 蛋白质的“平均”组成 233
附录Ⅴ Dayhoff突变数值矩阵(PAM250) 234
附录Ⅵ 一些基因组的大小 235
附录Ⅶ 序列和结构数据库 236
附录Ⅷ 硬件和软件的选择 239
附录Ⅸ 军事医学科学院生物技术软件库 243