第一章 cDNA基因文库技术 1
一、cDNA文库的构建 2
(一)构建理想的cDNA文库需要考虑的因素 2
(二)构建cDNA文库的载体系统 3
(三)构建cDNA文库的主要步骤 5
(四)如何构建全长的cDNA文库 8
(五)如何从微量样品中构建cDNA文库 9
(六)提高cDNA文库构建效率的新方法 10
二、cDNA文库的筛选 11
(一)筛选文库的策略 11
(二)cDNA文库筛选的具体方法 11
(三)基于基因编码蛋白的检测筛选cDNA表达文库 14
(四)cDNA文库技术在功能基因组学研究中的应用 20
(五)cDNA文库技术的局限性 22
(一)丝状噬菌体的特点 24
第二章 噬菌体展示随机肽库 24
一、噬菌体展示外源蛋白的原理 24
(二)丝状噬菌体展示外源蛋白的途径 26
(三)丝状噬菌体展示系统的类型 28
二、噬菌体随机肽库的构建 30
(一)简并寡核苷酸插入物的设计 30
(二)噬菌体随机肽库的构建 31
(三)噬菌体随机肽库的类型 32
三、噬菌体展示随机肽库的筛选 34
(一)一般原则 34
(二)亲和筛选 34
(三)其他筛选方法 38
(四)判断特异性序列富集的方法 39
四、噬菌体展示技术的应用 40
(一)抗原表位分析 40
(二)蛋白质分子结合特性的研究 42
(三)先导化合物的发现 43
(四)蛋白质与核酸结合特性的研究 44
(五)定位信号转导途径 44
(六)在功能基因组研究中的可能用途 47
第三章 抗体库技术 53
一、历史背景及初期的抗体库 53
(一)概述 53
(二)初期的抗体库 54
二、噬菌体抗体库技术 55
(一)噬菌体展示技术 55
(二)噬菌体抗体库 58
三、抗体库技术在人源抗体制备中的应用 64
(一)从免疫后个体制备人源抗体 64
(二)不经免疫制备人源抗体 65
(三)鼠单抗的人源化 65
(一)改善scFv接头的性能 67
四、应用抗体库技术改良抗体性能 67
(二)提高抗体的表达量 68
(三)改善抗体的特异性 68
(四)提高抗体亲和力 68
五、不经免疫制备抗体 70
(一)总抗体库的容量 71
(二)总抗体库的多样性 72
六、结语 73
第四章 合成抗体库技术 77
一、合成抗体库的分子基础 77
二、半合成抗体库 78
(一)CDR3序列随机化 78
(二)CDR3长度多样性 79
(三)各CDR区全部随机化 79
(四)蛋白质设计和计算机分子模拟 81
(五)大容量合成抗体库 84
三、全合成抗体库 89
(一)全合成抗体库 89
(二)全合成抗体库的质量控制 91
四、合成抗体库的多种形式 92
(一)dsFv库 93
(二)diabody库 93
(三)minibody库 94
(四)全分子抗体库 94
第五章 细胞表面展示技术 100
一、细菌表面展示 100
(一)革兰氏阴性菌的表面展示 100
(二)革兰氏阳性菌的表面展示 104
二、酵母表面展示 106
三、细胞表面展示技术的应用 107
(一)活的重组疫苗的建立 107
(二)文库的筛选 109
(三)酶的表面展示 110
(四)细胞吸附剂的制备 111
第六章 SELEX技术 116
一、SELEX技术的基本原理 116
(一)SELEX技术的基本技术路线 116
(二)影响SELEX技术的因素 118
二、寡核苷酸配基结合特异性评价 123
(一)配基结合特异性 123
(二)配基序列及空间结构分析 124
三、SELEX技术的改进与发展 125
(一)导向SELEX 126
(二)复合靶分子SELEX 126
(三)基因组SELEX 127
四、SELEX技术的应用 128
(一)SELEX技术在基础医学研究中的应用 128
(三)SELEX技术在药物筛选中的应用 129
(二)SELEX技术在临床诊断方面的应用 129
五、结语 130
第七章 核糖体展示技术 133
一、核糖体展示随机肽库的构建与筛选 134
二、核糖体展示scFv库的构建和筛选 139
三、基于“mRNA-多肽”融合体的文库 147
四、核糖体展示技术的优势和前景 151
(一)核糖体展示技术的主要优点 151
(二)核糖体展示技术的前景 152
第八章 组合化学 156
一、引言 156
二、固相结合合成技术 158
(一)固相合成化学 158
(二)并行合成 162
(三)均分合成 165
(四)编码组合合成 169
三、液相组合合成技术 172
(一)并行式液相合成 172
(二)正交组合合成 173
(三)以可溶性高分子为载体的液相组合合成 173
四、非肽小分子库 174
(一)寡核苷酸库 174
(二)寡糖库 175
(三)衍生库 177
(四)类肽库 178
(五)寡聚氨基甲酸酯库 178
(六)其他非肽小分子库 179
五、组合合成分析及目的物的筛选 181
(一)目的物的筛选 181
(二)组合库的分析 185
六、结语 185