第1篇 研究基因组 3
第1章 基因组、转录组和蛋白质组 3
DNA 5
RNA和转录组 14
蛋白质和蛋白质组 17
总结 24
第2章 研究DNA 30
用于DNA操作的酶 33
DNA克隆 44
聚合酶链反应（PCR） 56
总结 59
第3章 基因组作图 66
遗传图谱和物理图谱 68
遗传作图 69
物理作图 88
总结 101
第4章 基因组测序 107
DNA测序方法学 108
连续DNA序列的组装 116
人类基因组计划 125
总结 128
第5章 解读基因组序列 134
在基因组序列中定位基因 135
确定单个基因的功能 147
个例研究：标注酿酒酵母基因组序列 160
总结 163
第6章 理解基因组是如何行使功能的 169
转录组研究 170
蛋白质组研究 176
蛋白质组之外 188
总结 190
第2篇 基因组结构 199
第7章 真核生物核基因组 199
核基因组包含于染色体当中 200
真核生物核基因组的遗传特征 206
总结 221
第8章 原核生物基因组和真核生物细胞器基因组 227
原核生物基因组的物理特征 228
原核生物基因组的遗传学特征 232
真核生物细胞器基因组 239
总结 243
第9章 病毒基因组和可移动的遗传元件 249
噬菌体和真核生物病毒的基因组 250
可移动的遗传元件 257
总结 264
第3篇 基因组如何行使功能 273
第10章 接近基因组 273
细胞核内部 274
染色质修饰和基因组表达 281
DNA修饰和基因组表达 287
总结 291
第11章 转录起始复合物的组装 297
DNA结合蛋白及其结合位点 299
转录起始中DNA-蛋白质的相互作用 310
转录起始的调控 317
总结 326
第12章 RNA的合成和加工 333
细菌RNA的合成和加工 334
真核细胞RNA的合成和加工 346
总结 373
第13章 蛋白质组的合成与加工 381
tRNA在蛋白质合成中的作用 382
核糖体在蛋白质合成中的作用 388
蛋白质翻译后加工 401
蛋白质降解 409
总结 410
第14章 基因组活性的调控 417
基因组活性的瞬时变化 419
基因组活性的永久性和半永久性变化 430
发育过程中基因组活性的调节 436
总结 448
第4篇 基因组如何复制及进化 457
第15章 基因组复制 457
拓扑学问题 458
复制过程 464
真核生物基因组复制的调控 481
总结 486
第16章 突变和DNA修复 493
突变 494
DNA修复 510
总结 519
第17章 重组 526
同源重组 527
位点特异性重组 534
转座 536
总结 540
第18章 基因组如何进化 546
基因组：最初的100亿年 547
新基因的获得 551
非编码DNA与基因组进化 563
人类基因组：最近的500万年 567
总结 568
第19章 分子系统发生学 575
从分类学到分子系统发生学 576
基于DNA的系统发生树的重建 579
分子系统发生学的应用 589
总结 598
附录 604
词汇表 626
索引 660