1 生物芯片技术简介 陈忠斌 王艳华 译 1
1.1 引言 2
1.2 DNA微阵列芯片的发展过程 2
1.3 DNA微阵列和基因芯片 3
1.4 基于启动子的DNA微阵列芯片 5
1.5 生物芯片操作中遇到的问题 6
1.6 芯片检测方法 6
参考文献 7
1.7 结论 7
2 微阵列生物芯片操作的实验室自动化 马卓娅 汤华 译 9
2.1 为什么要实现实验室的自动化操作？ 10
2.2 定制微阵列芯片的制作 10
2.3 杂交系统的自动化 13
2.4 芯片数据的读取——扫描仪 13
2.5 实验室的常规自动化 16
2.6 总结 18
参考文献 18
3 DNA芯片与生物芯片中心实验室 刘全俊 潘品良 译 19
3.1 引言 20
3.2 点样芯片——寡核苷酸或PCR扩增子？ 21
3.3 DNA的高通量扩增 21
3.4 小鼠单基因微阵列的制备 25
3.5 RNA的确定和荧光靶标的标记 26
3.6 标记靶标的评价 28
3.7 微阵列芯片的预扫描 28
3.8 杂交和扫描 29
3.9 点制芯片的质量控制 30
3.10 芯片点样仪和扫描仪 31
3.11 数据分析——克隆跟踪、芯片寻点（spotfinding）以及数据发掘 32
3.12 结论 35
参考文献 39
4 生物芯片的纳米颗粒标记 刘全俊 陆祖宏 潘品良 译 40
4.1 引言 41
4.2 RLS粒子作为超灵敏检测标记物的基本原理 41
4.3 光散射理论和选择便于超灵敏检测的颗粒大小组分 42
4.4 仪器 50
4.6 RLS颗粒在固相检测分析中的检测灵敏度和检测范围 51
4.5 蛋白质、DNA探针及配体与RSL颗粒的交联 51
4.7 应用 52
致谢 58
参考文献 59
5 如何评估生物芯片扫描仪 潘品良 刘全俊 译 60
5.1 引言 61
5.2 扫描仪的校准 61
5.3 总结 67
参考文献 69
6 全基因组水平mRNA表达谱分析在农业基因组学研究中的应用 周鑫 徐文英 译 70
6.1 引言 71
6.2 基因转录谱分析芯片 72
6.3 对未测序植物的可选方法 73
6.4 农业研究中的应用范围 73
6.5 整合互补的基因组数据 74
6.6 结论 75
参考文献 76
7 生物芯片技术在药物靶标确证和新药发现中的应用 文思远 王升启 译 80
7.1 基因组学和药物发现 81
7.2 单核苷酸多态性和Crohn病 82
7.3 微阵列技术和精神分裂症 83
参考文献 85
8 蛋白质芯片在蛋白质组学中的应用 周华蕾 马玉媛 吕茂民 译 章金刚 校 87
8.1 引言 88
8.2 芯片构造与表面化学 88
8.3 结合蛋白的检测 91
8.4 蛋白质芯片的应用 93
致谢 94
8.5 结论 94
参考文献 95
9 SpanscriptTM：快速获取非冗余cDNA3'端文库用于制备微阵列芯片的方法 仇华吉 刘丽玲 译 97
9.1 引言 98
9.2 Spanscript方法学 99
9.3 用于微阵列芯片的3'cDNA文库（探针库）制备 102
9.4 Spanscript技术应用实例 102
9.5 基本原理 103
9.6 Spanscript软件 104
9.7 讨论 105
参考文献 107
10 生物芯片数据管理 陆祖宏 刘全俊 潘品良 译 108
10.1 引言 109
10.2 微阵列数据库的分析模块 110
10.3 微阵列数据分析中的噪声采样 115
10.4 数据共享和查询 120
10.5 微阵列芯片实验室信息管理系统 121
10.6 GeneDirector自定义 121
10.7 总结 121
参考文献 122
11 用LFC模型从芯片数据中鉴定差异表达基因 仇华吉 李娜 译 123
11.1 引言 124
11.2 将LFC模型应用于实验数据集 125
11.3 结论 129
参考文献 130
12 应用50mer寡核苷酸芯片分析线虫基因表达 高志贤 张蕾 刘楠 译 陈忠斌 校 131
12.1 引言 132
12.2 结果 133
12.3 讨论 142
12.4 方法 144
致谢 146
参考文献 146
13 生物芯片技术检测大鼠体内药物诱导氧化酶P450 mRNA及其他药物代谢相关基因表达水平：在药物筛选与开发中的应用 马卓娅 汤华 译 陈忠斌 校 148
13.1 引言 149
13.2 材料和方法 149
13.3 结果 151
13.4 讨论 154
参考文献 158
致谢 158
14 寡核苷酸芯片技术在突变分析中的开发与应用 文思远 王升启 译 159
14.1 引言 160
14.2 寡核苷酸制备 161
14.3 点样过程 163
14.4 样品制备 165
14.5 杂交和洗涤 169
14.6 芯片扫描和数据分析 171
致谢 172
参考文献 172
15 生物芯片技术比较、统计分析和实验设计 付俊杰 苏震 译 174
15.1 引言 175
15.2 芯片基因表达平台 175
15.3 芯片偏差的统计分析 178
15.4 偏差来源 179
15.5 统计学定义 179
15.6 芯片功效分析 181
15.7 跨平台数据 185
15.8 样点形态 185
15.9 功能质量控制 187
15.10 芯片质量控制：对照探针 188
15.11 芯片质量控制：检测探针 190
15.12 应用CodeLink Mouse UnisetⅠ芯片的生物实验 190
15.13 公共基因表达数据 193
15.14 可供搜索的公共基因表达数据库和通用数据格式 193
15.15 基因表达谱：差减杂交与微阵列芯片 194
15.16 讨论 196
参考文献 208
16 INFINITITM系统：临床实验室的自动化多功能芯片平台 周华蕾 姚站馨 吕茂民 译 章金刚 校 212
16.1 引言 213
16.2 BioFilmChipTM微阵列芯片 214
16.3 INFINITITM分析仪 215
16.4 QmaticTM操作软件 216
16.5 IntellipacTM试剂管理模块 217
16.6 INFINITITM系统的应用实例：实验过程及结果分析 218
16.7 结论 220
致谢 220
参考文献 221
1 RNA的分离 222
附录Ⅰ 高志贤 张蕾 刘楠 译 陈忠斌 校 222
2 荧光标记靶基因 225
3 分光光度法定量检测Cydye标记的靶标 231
4 用Amersham GENⅢ Microarrayer在氨基硅烷玻片上点制微阵列芯片 232
5 芯片手工杂交操作程序 233
6 芯片扫描 234
附录Ⅱ 高志贤 张蕾 刘楠 译 陈忠斌 校 235
1 寡核苷酸探针与扩增子探针 235
2 芯片表面 235