第1章 什么是生物信息学 1
1.1 生物数据与生物计算 2
1.2 生物信息学与生物实验 4
1.3 期刊和会议 5
1.4 生物信息学参考书 6
第2章 计算机和互联网 11
2.1 计算机和操作系统 12
2.2.1 POP和OOP 14
2.2 语言和软件 14
2.2.2 自由软件系统 17
2.3 互联网和浏览器 20
2.3.1 TCP/IP和IP地址 20
2.3.2 gopher服务器 21
2.3.3 WWW和HTML 21
2.3.4 浏览器和URL 23
2.3.5 文件的下载和上载 25
2.3.6 网上“搜索器” 25
2.4 常见的文件类型 26
2.5 文件的压缩和解压 29
2.6 电子邮件 30
2.7 远程计算机 30
2.7.1 telnet——登录到远程计算机 31
2.7.2 ftp——远程文件传送 31
2.8 多种平台共存的工作环境 33
第3章 生物学引论 35
3.1 地球上的自然史 35
3.2 生物的分类 36
3.3 模式生物 38
3.4 构成生物的四类分子 40
3.4.1 单糖、双糖和多糖 40
3.4.2 脂肪酸 40
3.4.3 核苷酸和核酸 41
3.4.4 氨基酸和蛋白质 42
3.4.5 遗传密码 44
3.5 分子生物学的中心法则 46
3.5.1 DNA的复制 46
3.5.2 DNA到mRNA的转录 48
3.5.3 mRNA翻译为蛋白质 49
3.5.4 mRNA的反转录与cDNA 50
3.5.5 蛋白质的剪接 51
3.5.6 蛋白质的折叠 51
3.6 基因工程技术简介 54
3.6.1 限制性内切酶 54
3.6.2 分子克隆 54
3.6.3 聚合酶链反应(PCR) 56
3.6.4 超速离心、凝胶电泳和印迹法 57
3.6.5 DNA测序方法 58
3.7 进一步阅读书籍 60
第4章 生物信息数据库 61
4.1 重要生物信息中心简介 61
4.1.1 国外生物信息中心 61
4.1.2 国内的生物信息网点 70
4.2 数据库和序列的格式 72
4.2.1 数据库格式 72
4.2.2 序列文件格式 76
4.2.3 多序列格式 77
4.2.4 其他序列格式 79
4.3 数据库检索工具 80
4.3.1 Entrez检索工具 80
4.3.2 SRS检索工具 81
4.3.3 DBGET/LinkDB检索工具 81
4.4 数据库目录 82
4.5 综合数据库 83
4.6 DNA 序列和结构数据库 85
4.7 RNA序列和核糖体数据库 93
4.8 基因图谱数据库 100
4.9 人类基因组有关数据库 101
4.9.1 人类基因组测序中心 103
4.9.2 人类基因组有关数据库 106
4.10 其他物种基因组数据库 114
4.10.1 原核生物基因组 115
4.10.2 真菌基因组 119
4.10.3 原生生物和线虫基因组 121
4.10.4 昆虫基因组 123
4.10.5 鱼类数据库 125
4.10.6 齿齿动物基因组 126
4.10.7 胞器数据库 128
4.10.8 拟南芥基因组 129
4.10.9 病毒数据库 131
4.11 蛋白质序列数据库 132
4.12 蛋白质结构、分类和相互作用数据库 141
4.13 比较基因组学和蛋白质组学数据库 154
4.14 基因表达数据库 156
4.15 基因突变、病理和免疫数据库 158
4.16 代谢途径和细胞调控数据库 164
4.17 农林牧有关数据库 166
4.17.1 农作物 168
4.17.2 家畜、家禽和鱼类 171
4.18 医学药学数据库 173
4.19 生物多样性和分类学数据库 174
4.20 文献检索、名词术语数据库 175
第5章 算法 177
5.1 概率和统计 177
5.1.1 大数和有关公式 178
5.1.2 频度、概率和“能量” 180
5.1.3 离散随机变量及常用分布 181
5.1.4 连续随机变量及常用分布 183
5.1.5 Clarke-Carbon公式和Lander-Waterman曲线 185
5.2 序列模型 187
5.2.1 独立随机模型 187
5.2.2 马尔可夫模型 188
5.2.3 隐马尔可夫模型 190
5.2.4 权重矩阵和代表序列 191
5.2.5 正规表达式 192
5.3 序列联配 193
5.3.1 打分矩阵 194
5.3.2 局域联配和整体联配 198
5.3.3 半经验的直观算法 199
5.4 构建亲缘树的方法 200
5.4.1 距离和相异性 201
5.4.2 亲缘树算法简介 203
5.5 语言学方法 204
5.6 动态规划 207
5.7.2 后缀树算法 208
5.7 其他算法 208
5.7.1 神经网络 208
5.7.3 聚类分析 209
5.7.4 判别分析 209
第6章 软件和网上服务 211
6.1 软件和服务目录 212
6.2 BLAST、FASTA和类似服务 214
6.2.1 BLAST服务 215
6.2.2 FASTA服务 222
6.2.3 与BLAST和FASTA有关的后处理程序 226
6.2.4 BLITZ服务 227
6.2.5 其他序列搜索和联配服务 228
6.3 多序列联配程序 229
6.4 亲缘树的计算和图示 231
6.5 与DNA测序和基因工程有关的软件 234
6.6 DNA序列分析程序 236
6.6.1 寻找基因的程序 236
6.6.2 预测各种信号位点的程序 243
6.6.3 其他DNA分析程序 245
6.6.4 RNA分析预测程序 249
6.7 蛋白质结构和功能预测 250
6.8 显示蛋白质和核酸结构的程序 257
6.9 大规模基因表达的数据库和算法 258
6.10 细胞过程模拟 261
6.11 向数据库提交序列的软件和服务 262
6.12 商业性生物信息资源 263
6.12.1 商业性软件 263
6.12.2 一些公司网页 264
6.13.1 网上论坛：BIOSCI新闻组 266
6.13 其他网上生物医学信息资源 266
6.13.2 网上医学信息资源 267
6.13.3 网上期刊和出版社 268
6.13.4 会议消息和会议文集 270
6.13.5 讲义和课程 272
6.13.6 一些有益的个人网页 273
6.13.7 伦理、法律和社会影响 274
6.14 生物信息资源的近期发展动向 275
索引 281