Ⅰ．引言 1
Ⅱ．核酸结构原理 4
2.1 核酸组分的结构特征 4
2.1.1 戊糖和脱氧戊糖的结构和构象性质 5
2.1.1.1 糖环的折叠形式 5
2.1.1.2 糖环折叠的机制 11
2.1.1.3 影响呋喃糖折叠的因素 12
2.1.2 碱基的结构 15
2.1.2.1 修饰碱基 15
2.1.2.2 碱基的互变异构体 18
2.1.2.3 碱基的几何形状 19
2.1.2.4 碱基的不对称性 20
2.1.2.5 碱基的配对 21
2.1.3 磷酸基的几何形状与特性 39
2.1.3.1 磷酸单酯和双酯基及焦磷酸连接的键特性（键特征）和几何学 39
2.1.3.2 焦磷酸基的构象特征 40
2.1.3.3 C—O和P—O酯键的定向 40
2.1.4 核苷 44
2.1.4.1 核苷的顺反构象 44
2.1.4.2 修饰核苷 46
2.1.4.3 C4 —C5 键的定向 50
2.1.5.1 核苷酸在核酸链中的表示方法 52
2.1.5.2 核苷酸的构象性质 52
2.1.5 核苷酸的构象性质 52
2.1.5.3 核苷酸的物理性质 56
2.1.5.4 修饰核苷和核苷酸以及环化核苷酸的构象性质 58
2.2 核酸组分构象性质小结 60
参考文献 61
Ⅲ．DNA结构多态性 63
3.1 单链DNA 63
3.2 双链DNA 65
3.2.1 双螺旋结构的基本特征 66
3.2.2 DNA二级结构与碱基堆积 72
3.2.3 双螺旋结构的种类 76
3.2.4 多聚核苷酸双螺旋的多态性 84
3.2.5 多聚核苷酸右手螺旋：A型和B型 86
3.2.6 天然DNA的构象 93
3.3 三链DNA 93
3.3.1 三链结构的多态性 93
3.3.1.1 历史回顾 93
3.3.1.2 三链DNA的分子基础 94
3.3.1.3 三链DNA分类 99
3.3.1.4 三链DNA的稳定性 102
3.3.1.5 生物学功能及其应用 104
3.3.1.6 研究现状 106
3.3.2 分子内和分子间三螺旋DNA 109
3.3.3 R-DNA、H-DNA和辫状三链DNA 111
3.4 四螺旋DNA 114
3.4.1 含质子化C的四螺旋DNA（i-motif） 117
3.4.2 四螺旋DNA可能的生物学意义 119
参考文献 121
Ⅳ．RNA结构多态性 123
4.1 单链RNA 126
4.1.1 RNA的修饰度 126
4.1.2 原核及真核细胞mRNA一级结构特征及其与功能的关系 128
4.1.2.1 翻译区及其功能 129
4.1.2.2 非翻译区及其功能 130
4.2 RNA的二级结构 131
4.2.1 RNA二级结构的预测 137
4.2.2.1 RNA的二级结构语言的简要回顾 143
4.2.2 RNA二级结构语言与代数拓扑特征 143
4.2.2.2 Dyck文法的功能 149
4.2.2.3 Pseudo-Dyck语言——赝二级结构 153
4.2.3 RNA二级结构的多态性 154
4.3 RNA链的折叠 158
4.3.1 mRNA剪接加工的结构特征 161
4.3.1.1 前体mRNA的剪接 161
4.3.1.2 mRNA的二级结构和剪接位点 165
4.3.2 影响RNA折叠结构稳定性的因素 169
4.4 RNA的三级结构 173
4.4.1 三级氢键相互作用 175
4.4.3 糖环折叠的变化，π转折和存在磷酸-碱基堆积的环 177
4.4.2 碱基堆积相互作用 177
4.5 三链RNA 180
参考文献 182
Ⅴ．核酸分子结构多态性的实验和理论研究 186
5.1 三链新结构DNA（三链辫状DNA与三链辫结结构DNA）研究 186
5.1.1 新结构DNA的形成与性质 186
5.1.2 新结构DNA形成的可能机制 191
5.1.3 三链辫状结构的可能生物学意义 192
5.1.4 酸变性诱导的DNA结构改变 194
5.2 细胞内可能存在多链核酸组分的研究 196
5.2.1 HeLa细胞DNA 198
5.2.2 细胞中提取的RNA多链结构研究 199
5.2.2.1 RNA多链体系的高度和长度分布 200
5.2.2.2 亚多链RNA和多链RNA结构的推测 203
5.2.2.3 四螺旋RNA的形成机制推测 204
5.3 核酸结构态样性的理论研究 205
5.3.1 三链核酸结构的理论研究 205
5.3.1.1 三碱基体模型及能力学分析 205
5.3.1.2 三链核酸碱基配对的相互作用 207
5.3.1.3 DNA三链结构模型和能力学 210
5.3.1.4 λ噬菌体DNA形成三链辫状结构的序列搜索 213
5.3.2 四链DNA（loopG4）螺旋结构的计算机模拟 218
5.3.3 基于碱基配对的DNA四碱基体模型 223
5.3.4 mRNA和编码蛋白质在二级结构上的相关性 240
参考文献 245