卷一 1
太上灵宝净明道元正印经 1
太上灵宝净明四规明鉴经 2
太上灵宝净明中黄八柱经 5
太上灵宝净明洞神上品经 8
疏 17
衍 17
卷二 19
太阳元晶论 19
日月雌雄论 22
药母论 23
药物是非论 26
丹砂证道歌 27
圣石指玄篇 28
神室圆明论 29
金鼎虚无论 32
明堂正德论 35
疏 38
衍 39
卷三 40
飞仙度人经法 40
灵宝度人大法敷落五篇 58
太上灵宝净明法序 71
太上灵宝净明入道品 72
疏 74
衍 74
卷四 76
四时导引法势 76
十段锦 79
导引子午记 81
引导诀 87
六字诀 87
疏 88
衍 89
卷五 90
太上十二上品飞天法轮劝戒妙经 90
太上灵宝净明初真戒经 95
太上灵宝净明正真戒经 100
太上灵宝净明上真戒经 102
净明女真戒仪 105
净明在家奉持戒仪 107
疏 111
衍 112
净明三真科戒威仪 112
疏 131
衍 132
卷六 134
净明宗派 134
兰公上圣传 134
婴母传 135
旌阳许真君传 136
神烈吴真人传 150
正特陈真人传 151
元通周真人传 151
神会曾真人传 152
洪施时真人传 152
精行甘真人传 153
勇悟施真人传 153
潜惠彭真人传 154
和靖盱真人传 154
普惠钟离真人传 155
冲道黄真人传 155
景纯郭真人传 156
洪崖张真人传 157
净明护道金公地主传 158
许大真官传 159
胡詹二仙官传 160
白马忠懿传 160
洞真胡真人传 160
宗师吕真人传 161
法师白真人传 164
玉真刘真人传 166
中黄黄真人传 166
丹扃徐真人传 167
原阳赵真人传 168
长春刘真人传 168
涵虚朱真人传 169
逍遥张真人传 170
常住马真人传 171
疏 171
衍 172
卷七 173
真诠 173
真机应问 176
疏 194
衍 195
卷八 196
刘玉真真人语录 196
疏 213
衍 213
卷九 215
净明法藏图 215
性命双修起手说 222
性宗起手不运河车说 224
结胎有不在泥丸说 225
附：元神彰露微而望、望而晦说 226
疏 229
卷十 232
朝真礼斗经忏戒坛章奏等式 232
净明祈禳炼度科文 245
净明科仪早晚课诵 267
跋 293
附：如意仙丹方并净明堂诸方净明院妙济神方引 295
都仙真君神功妙济方 296
净明堂神功妙济诸方目录 306
净明堂神功妙济诸方 308