第1章 土壤微生物研究概述 1
1.1土壤微生物学的研究对象 1
1.1.1土壤微生物多样性 1
1.1.2土壤微生物过程 3
1.1.3土壤微生物与环境的关系 3
1.2土壤微生物学的发展简史 4
1.2.1微生物研究方法进程 5
1.2.2土壤微生物学的创立 5
1.2.3土壤微生物分子生态学的发展 6
1.3土壤微生物学的研究展望 7
1.3.1土壤微生物的分离与纯培养 8
1.3.2土壤宏基因组学技术及应用 9
1.3.3土壤微生物多样性与功能耦合 10
1.3.4土壤微生物的应用技术 11
第2章 实验室的设置与设备 12
2.1实验室的设置与功能 12
2.1.1通用实验室 12
2.1.2专用实验室 13
2.1.3现代实验室 15
2.2实验室的仪器与器皿 18
2.2.1主要仪器 18
2.2.2玻璃器皿 18
2.2.3其他器具 19
2.2.4生物安全柜 19
2.3常规操作与注意事项 20
2.3.1灭菌 20
2.3.2洗涤 26
第3章 土壤微生物的计数与分析 29
3.1土样的采集与预处理 29
3.1.1准备工作 30
3.1.2土样采集与记录 30
3.1.3土样运输与储存 31
3.1.4预处理与预培养 32
3.2土壤微生物的分离与计数 32
3.2.1培养基 32
3.2.2一般微生物的分离与计数 37
3.2.3厌氧微生物的分离与计数 42
3.2.4土壤微生物的纯化与培养 45
3.3土壤微生物区系的分析 52
3.3.1主要类群微生物的分离与计数 53
3.3.2主要功能微生物的测定 54
3.4根际微生物的分析 62
3.4.1根际微生物的分离 63
3.4.2根际优势菌的分群 64
3.4.3根瘤菌与病原菌的检测 65
3.4.4丛枝菌根真菌的分析 68
3.5土壤微生物生物量的测定 73
3.5.1氯仿熏蒸法 73
3.5.2底物诱导呼吸法 81
3.5.3腺苷三磷酸测定法 82
3.5.4土壤麦角甾醇分析法 84
3.5.5土壤几丁质分析法 85
第4章 土壤微生物的鉴定与保藏 87
4.1土壤微生物的分类与鉴定 87
4.1.1土壤微生物的分类 87
4.1.2微生物的传统鉴定方法 93
4.1.3微生物自动化鉴定系统 135
4.2菌种的选育与保藏 143
4.2.1菌种的选育与改造 143
4.2.2菌种的保藏与复壮 157
第5章 土壤微生物多样性的分析 166
5.1微生物的物种多样性分析 166
5.1.1改进培养措施 166
5.1.2新型培养技术 168
5.2微生物的功能多样性分析 170
5.2.1 BIOLOG碳素利用法 170
5.2.2功能基因组学研究 171
5.3微生物的结构多样性分析 173
5.3.1醌指纹法 173
5.3.2脂肪酸谱图法 174
5.4微生物的遗传多样性分析 178
5.4.1基于杂交的分析方法 184
5.4.2基于PCR的分析方法 192
第6章 土壤微生物过程的分析 218
6.1土壤碳转化作用 218
6.1.1土壤呼吸作用 218
6.1.2纤维素分解作用 221
6.1.3土壤产甲烷作用 222
6.2土壤氮转化作用 223
6.2.1土壤氮素矿化作用 223
6.2.2土壤硝化作用 226
6.2.3土壤反硝化作用 230
6.2.4土壤固氮作用 233
6.3土壤磷、铁、硫转化作用 236
6.3.1土壤磷转化作用 236
6.3.2土壤铁转化作用 238
6.3.3土壤硫转化作用 240
6.4土壤酶活性的测定 243
6.4.1氧化还原酶活性 245
6.4.2水解酶活性 249
6.4.3转移酶和裂解酶活性 262
第7章 土壤微生物的原位研究 266
7.1土壤微生物的观察 266
7.1.1土壤微生物细胞的观察 266
7.1.2土壤微生物区系的原位观测 269
7.1.3根际微生物的观测 278
7.2模型生态系统的应用 279
7.2.1环流装置 281
7.2.2根际装置 283
7.2.3温室气体升高模拟装置 289
7.2.4土壤呼吸的田间原位测定装置 290
7.3稳定性同位素技术的应用 294
7.3.1稳定同位素示踪技术 295
7.3.2稳定同位素核酸探针技术 300
第8章 土壤微生物的应用技术 322
8.1微生物肥料 322
8.1.1固氮菌、解磷菌及解钾菌 323
8.1.2菌根真菌 326
8.1.3根际促生菌 331
8.1.4微生物有机肥 333
8.2微生物农药 334
8.2.1苏云金杆菌 335
8.2.2微生物除草剂与农用抗生素 336
8.3微生物修复 336
8.3.1微生物对有机污染物的降解 337
8.3.2微生物对重（类）金属的转化 338
8.3.3微生物对生物污染的防治 340
8.3.4微生物对复合污染的修复 341
第9章 实验设计与数据分析处理 343
9.1实验设计 343
9.1.1实验设计的要素和原则 343
9.1.2正交实验设计 344
9.1.3均匀实验设计 347
9.1.4其他实验设计方法 349
9.2数据分析处理 351
9.2.1显著性检验 352
9.2.2方差分析 353
9.2.3线性相关与一元线性回归分析 354
9.2.4多元分析处理中的主成分分析 357
9.2.5聚类分析 359
9.2.6典范对应分析 359
附录 362
一、培养基配方 362
二、常用酸碱溶液的配制 376
三、常用固态化合物溶液的配制 377
四、常用消毒剂的配制 378
五、常用酸碱指示剂的配制 379
六、常用分子生物学试剂的配制 379
七、常用引物列表 384
八、最大或然数法测数统计表 389
九、标准筛孔对照表 391
十、土壤中常见细菌、放线菌、真菌的检索表 392
十一、国内外微生物菌种保藏机构网络信息 402
十二、土壤系统分类检索表 405
参考文献 407